平成１３年度決算検査報告
この特別会計は、国が施行する港湾整備事業に関する経理及び港湾管理者が施行する港湾整備事業に対する負担金又は補助金の交付等に関する経理を一般会計と区分して行うため設置されているものである。
同特別会計は、港湾整備及び特定港湾施設工事の２勘定に区分して経理されており、その勘定別の１３年度の歳入歳出決算及び主な業務実績は次のとおりである。
（港湾整備勘定）
１ 歳入歳出決算
| 区分 | 13年度 | (12年度) |
| 千円 | 千円 | |
| （歳入） | ||
| 徴収決定済額 | 535,262,641 | 588,065,126 |
| 収納済歳入額 | 35,262,520 | 588,064,984 |
| 不納欠損額 | 0 | — |
| 収納未済歳入額 | 120 | 141 |
| （歳出） | ||
| 歳出予算現額 | 611,820,723 | 648,024,384 |
| 支出済歳出額 | 496,945,120 | 539,849,400 |
| 翌年度繰越額 | 111,421,772 | 104,421,480 |
| 不用額 | 3,453,830 | 3,753,503 |
翌年度繰越額の主なものは、港湾事業費（歳出予算現額３４４９億１９１８万余円）の３８９億４１３２万余円、改革推進公共投資港湾事業費（同３８９億２７７９万余円）の３５０億１７０１万余円及び沖縄港湾事業費（同４３０億５８１２万余円）の９７億７６１０万円である。
２ 主な業務実績
| 区分 | 13年度 | (12年度) |
| （直轄事業） | ||
| 港湾の整備 | 128港 | 130港 |
| 航路の整備 | 16航路 | 16航路 |
| （補助事業） | ||
| 港湾の整備 | 408港 | 407港 |
（特定港湾施設工事勘定）
１ 歳入歳出決算
| 区分 | 13年度 | (12年度) |
| 千円 | 千円 | |
| （歳入） | ||
| 徴収決定済額 | 16,268,052 | 16,487,671 |
| 収納済歳入額 | 16,268,052 | 16,487,671 |
| （歳出） | ||
| 歳出予算現額 | 18,414,517 | 19,524,688 |
| 支出済歳出額 | 13,169,914 | 15,537,948 |
| 翌年度繰越額 | 4,370,752 | 3,787,000 |
| 不用額 | 873,850 | 199,739 |
２ 主な業務実績
| 区分 | 13年度 | (12年度) |
| （直轄事業） | ||
| エネルギー港湾施設の整備 | 4港 | 5港 |
なお、この特別会計について検査した結果、「第３章 個別の検査結果」に「離島港湾事業の実施に当たり、コンクリートブロックの海上運搬・仮置工費等の積算を誤ったため、工事費が割高となっているもの」 を、「第４章 特定検査対象に関する検査状況」に「特別会計の決算分析について」 を掲記した。