平成１３年度決算検査報告
この独立行政法人は、林木の育種事業及びこれにより生産された種苗の配布等を行うことにより、林木について優良な種苗の確保を図ることを目的として設置されているものである。その資本金は１３事業年度末現在で１９億０９２２万余円（全額国の出資）となっている。
同法人の１３事業年度の貸借対照表、損益計算書及び主な業務実績は次のとおりである。
なお、同法人は、１３年４月１日、独立行政法人林木育種センター法（平成１１年法律第１８９号）附則第５条の規定により国が有する権利及び義務のうち農林水産省の林木育種センターに関する権利及び義務を承継して設立されたものである。
１ 貸借対照表
| 区分 | 13事業年度末 | |
| 千円 | ||
| 資産 | 2,475,832 | |
| （うち現金及び預金） | (301,986) | |
| （うち建物） | (1,642,220) | |
| 負債 | 507,450 | |
| （うち未払金） | (327,195) | |
| （うち資産見返負債） | (127,260) | |
| 資本 | 1,968,382 | |
| （うち資本金） | (1,909,227) | |
| （うち資本剰余金） | （△22,314)（注） |
２ 損益計算書
| 区分 | 13事業年度 | |
| 千円 | ||
| 経常費用 | 2,032,445 | |
| （うち業務経費） | (1,155,995) | |
| 経常収益 | 2,032,445 | |
| （うち運営費交付金収益） | (1,967,268) | |
| （うち受託収入） | (866) | |
| 経常利益 | — | |
| 臨時利益 | 81,469 | |
| 当期総利益 | 81,469 | |
| （利益の処分） | ||
| 積立金 | 81,469 |
３ 主な業務実績
| 区分 | 13事業年度 | |
| 千円 | ||
| 成長・材質や病害虫抵抗性に優れた品種を開発する業務等 | 765,031 | |
| 希少樹種や育種素材等を探索・収集し、増殖・保存する業務等 | 185,150 | |
| 熱帯産等の樹種の育種技術開発、海外研究員受入れ、専門家派遣業務等 | 130,478 |
なお、この法人について検査した結果、「第３章 個別の検査結果」に「独立行政法人の会計経理について、資産及び費用等の認識・計上処理を適切に行い、正確な財務諸表等の作成を期するよう是正改善の処置を要求したもの」 を掲記した。