平成１５年度
第３章 個別の検査結果
第１節 省庁別の検査結果
第８ 厚生労働省
不当事項
補助金（２２）−（１３２）
（２２）血液確保事業等補助金等の経理において、仕入税額控除した消費税額に係る補助金を返還していないもの
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１ 補助金の概要
（補助金の概要）
日本赤十字社のうち本社では、厚生労働省から平成１２年度から１４年度までの各年度に、血液確保事業等補助金、骨髄提供者登録事業費等補助金（骨髄データバンク登録事業分。以下「登録事業費等補助金」という。）及び日本赤十字社救護業務費等補助金（以下「救護業務費等補助金」という。）の交付を受けている。
上記の補助金は、〔1〕血液確保事業等補助金は、我が国の血液確保事業等の発展を期することなどを、〔2〕登録事業費等補助金は、白血病患者等に対する骨髄移植等の円滑な推進に資することを、〔3〕救護業務費等補助金は、非常災害時における救護活動の円滑化と適正な実施を図ることなどを目的として行う事業について、それぞれに要する費用の全部又は一部を補助するものである。交付された額の合計は１２年度１，３２７，１１７，０００円、１３年度１，３７８，５００，０００円、１４年度１，３９２，０６９，０００円となっている。
（補助事業における消費税の取扱い）
消費税法（昭和６３年法律第１０８号）によれば、事業者は、課税期間における課税売上高に対する消費税額から課税仕入れに係る消費税額を控除した額を消費税として納付することとなっている。
そして、同法等によれば、日本赤十字社等の公益法人に係る消費税の納付税額の計算に当たり、補助金収入など売上以外の収入（以下「特定収入」という。）の額を売上高と特定収入の合計額で除した割合（以下「特定収入割合」という。）が１００分の５以下の場合には、特定収入により賄われる消費税額は、課税仕入れに係る消費税額として課税売上高に対する消費税額から控除できることとなっている。そして、この場合、特定収入により賄われる消費税額は日本赤十字社等の公益法人において負担されないことになる。
このため、血液確保事業等補助金交付要綱（平成６年厚生省発薬第５号）、骨髄提供者確保事業推進費等補助金交付要綱（平成７年厚生省発健医第３０５号）及び日本赤十字社救護業務費等補助金交付要綱（平成７年厚生省発社援第２８３号）では、それぞれ、補助事業完了後に消費税（地方消費税を含む。以下同じ。）の申告により補助金に係る消費税仕入控除税額が確定した場合には、速やかに厚生労働大臣に報告するとともに、当該金額を返還することとなっている。
２ 検査の結果
検査したところ、日本赤十字社では、１２年度から１４年度までの各年度の消費税の確定申告に当たり、各年度の特定収入割合がいずれも１００分の５以下であったことから、本社に交付された血液確保事業等補助金、登録事業費等補助金及び救護業務費等補助金に係る消費税相当額、合計１０４，２７５，２５２円（血液確保事業等補助金計８０，６８６，７９２円、登録事業費等補助金計２１，４１３，２９２円及び救護業務費等補助金計２，１７５，１６８円）を各年度の課税売上高に対する消費税額から控除していた。
しかし、日本赤十字社では、上記の補助金に係る消費税仕入控除税額を厚生労働省に報告し、返還する措置を執っておらず、上記の消費税相当額合計１０４，２７５，２５２円が不当と認められる。
このような事態が生じていたのは、日本赤十字社において補助事業における消費税の取扱いに対する認識が十分でなかったこと、厚生労働省において適正な事務処理の執行について日本赤十字社に対する指導や確認が十分でなかったことによると認められる。