平成１６年度決算検査報告
| 科目 | (新エネルギー勘定) | 電源多様化業務経理 |
| (項)その他の石油代替エネルギー開発等事業費 |
| 部局等の名称 | 新エネルギー・産業技術総合開発機構(平成15年10月1日以降は独立行政法人新エネルギー・産業技術総合開発機構)本部 |
| 補助の根拠 | 石油代替エネルギーの開発及び導入の促進に関する法律(昭和55年法律第71号) |
| 補助事業者(事業主体) | 大阪府 |
| 補助事業 | 新エネルギー導入事業、新エネルギー導入促進普及啓発事業 |
| 補助事業の概要 | 新エネルギーの導入促進等を図るため、平成14年度に三島浄水場に太陽光発電設備を設置し、併せて太陽光発電発電量表示装置を設置するもの |
| 事業費 | 175,939,000円 |
| 補助対象事業費 | 149,105,179円 |
| 上記に対する補助金交付額 | 75,050,019円 |
| 不当と認める事業費 | 7,100,246円 |
| 不当と認める補助金交付額 | 3,573,810円 |
１ 補助事業の概要
この補助事業は、大阪府が、新エネルギーの導入促進等を図るため、平成１４年度に、三島浄水場に太陽光発電設備を設置し、併せて太陽光発電発電量表示装置を設置したものである。
同府では、本件補助事業を消費税（地方消費税を含む。以下同じ。）を含め、事業費１７５，９３９，０００円（うち補助対象事業費１４９，１０５，１７９円、これに対する補助金７５，０５０，０１９円）で実施している。そして、１５年２月に、新エネルギー・産業技術総合開発機構（以下「機構」という。）に実績報告書を提出し、これにより補助対象事業費の精算を受けていた。
消費税法（昭和６３年法律第１０８号）によれば、事業者は、課税期間における課税売上高に対する消費税額から課税仕入れに係る消費税額を控除した額を消費税として納付することとなっており、地方公共団体が特別会計を設けて行う事業については、その特別会計ごとに事業者とみなされる。
そして、同法等によれば、特別会計に係る消費税の納付税額の計算に当たり、補助金収入など売上げ以外の収入（以下「特定収入」という。）の額を売上高と特定収入の合計額で除した割合（以下「特定収入割合」という。）が１００分の５以下の場合には、特定収入により賄われる消費税額は、課税仕入れに係る消費税額として課税売上高に対する消費税額から控除することができることとなっている。そして、この場合、特別会計は、特定収入により賄われる消費税額を実質的に負担していないことになる。
このため、補助事業の事業主体は、地域新エネルギー導入促進対策費補助金交付規程（平成１０年度規程第１７号）により、実績報告書の提出後に、消費税の申告により、課税売上高に対する消費税額から補助事業に係る消費税額を課税仕入れに係るものとして控除し、補助金に含まれる消費税額のうち課税仕入れに係る消費税として控除できる金額（以下「消費税仕入控除税額」という。）が確定したときには、その金額を速やかに報告するとともに、当該金額を返還しなければならないこととなっている。
２ 検査の結果
検査したところ、大阪府では、１４年度の水道事業に係る特別会計の消費税の確定申告に当たり、特定収入割合が１００分の５以下であったことから、本件補助対象事業に係る消費税額７，１００，２４６円全額を課税仕入れに係る消費税額として課税売上高に対する消費税額から控除していた。
しかし、同府は、上記の補助金に係る消費税仕入控除税額３，５７３，８１０円を機構に報告、返還しておらず、不当と認められる。
このような事態が生じていたのは、同府において、補助事業における消費税の取扱いに対する認識が十分でなかったこと、機構において、本件補助事業の消費税の取扱いについての確認が適切でなかったことなどによると認められる。