平成１６年度決算検査報告
この特別会計は、国が施行する直轄治水事業及び多目的ダム建設工事に関する経理並びに都道府県知事が施行する治水事業に係る負担金又は補助金の交付等に関する経理を一般会計と区分して行うため設置されているものである。
同特別会計は、治水及び特定多目的ダム建設工事の２勘定に区分して経理されており、その勘定別の１６年度の歳入歳出決算及び主な業務実績は次のとおりである。
（治水勘定）
１ 歳入歳出決算
| 区分 | 16年度 | (15年度) |
| 千円 | 千円 | |
| (歳入) | ||
| 徴収決定済額 | 1,567,887,572 | 1,515,123,057 |
| 収納済歳入額 | 1,567,868,758 | 1,515,119,986 |
| 不納欠損額 | 11,258 | 1,161 |
| 収納未済歳入額 | 7,555 | 1,909 |
| (歳出) | ||
| 歳出予算現額 | 1,615,411,052 | 1,599,561,692 |
| 支出済歳出額 | 1,331,065,418 | 1,377,241,627 |
| 翌年度繰越額 | 276,599,340 | 211,144,590 |
| 不用額 | 7,746,293 | 11,175,475 |
翌年度繰越額の主なものは、河川事業費（歳出予算現額６４１７億４６４１万余円）の１６７４億５５８５万余円、砂防事業費（同２１２２億７８７１万余円）の４３８億８７７２万余円及び河川総合開発事業費（同１３２０億６６０８万余円）の１５０億６８４８万余円である。
２ 主な業務実績
| 区分 | 16年度 | (15年度) | ||
| 直轄事業 | 補助事業 | 直轄事業 | 補助事業 | |
| 河川改修 | 119河川 | 853河川 | 119河川 | 867河川 |
| 河川総合開発 | 10ダム | 141ダム | 9ダム | 159ダム |
| 砂防施設の整備 | 34水系 | 1,497流域 | 34水系 | 1,584流域 |
（特定多目的ダム建設工事勘定）
１ 歳入歳出決算
| 区分 | 16年度 | (15年度) |
| 千円 | 千円 | |
| (歳入) | ||
| 徴収決定済額 | 248,116,588 | 276,232,734 |
| 収納済歳入額 | 248,115,848 | 276,230,853 |
| 収納未済歳入額 | 740 | 1,881 |
| (歳出) | ||
| 歳出予算現額 | 243,217,613 | 281,216,945 |
| 支出済歳出額 | 209,989,275 | 245,332,662 |
| 翌年度繰越額 | 30,607,829 | 32,433,578 |
| 不用額 | 2,620,508 | 3,450,704 |
翌年度繰越額の主なものは、多目的ダム建設事業費（歳出予算現額１６５７億８３０４万余円）の２４３億７８７２万余円、沖縄多目的ダム建設事業費（同１５５億６４９４万余円）の４５億０５３７万余円及び受託工事費（同１１５億２２６６万余円）の１７億２３７３万余円である。
２ 主な業務実績
| 区分 | 16年度 | (15年度) |
| ダム建設 | 40ダム | 41ダム |
なお、この特別会計について検査した結果、「第３章 個別の検査結果」に「通常砂防事業の実施に当たり、鉄線籠型多段積護岸の基礎部の保護工の設計及び施工が適切でなかったため、工事の目的を達していないもの」
及び「独立行政法人水資源機構が建設したダム等を利用して流水をかんがいの用に供する者の受益者負担金について、かんがい工事の実施状況を適切に把握することにより完了時期等に合わせ徴収を開始するよう改善させたもの」
を掲記した。