平成１７年度決算検査報告
会計名及び科目
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一般会計 (組織)農林水産本省 (項)農業経営対策費
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部局等の名称
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沖縄総合事務局
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補助の根拠
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予算補助
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補助事業者
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沖縄県
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間接補助事業者
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沖縄県宮古郡城辺町(平成17年10月1日以降は宮古島市)
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間接補助事業者
(事業主体)
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有限会社野菜工房すなかわ
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補助事業
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経営体質強化施設整備
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補助事業の概要
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農業経営の規模を拡大し経営の安定を図るため、平成16年度(15年度事業を繰越し)に野菜栽培用の温室施設を設置するもの
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事業費
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190,575,000円
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上記に対する国庫補助金交付額
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127,050,000円
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不当と認める事業費
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9,075,000円
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不当と認める国庫補助金交付額
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6,050,000円
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この補助事業は、有限会社野菜工房すなかわ（沖縄県宮古郡城辺町（平成１７年１０月１日以降は宮古島市））が、経営体質強化施設整備事業の一環として、農業経営の規模を拡大し経営の安定を図るため、１６年度（１５年度事業を繰越し）に野菜栽培用の温室施設を設置したものである。
同会社では、本件補助事業を消費税（地方消費税を含む。以下同じ。）を含め、事業費１９０，５７５，０００円（国庫補助金１２７，０５０，０００円）で実施している。そして、１６年９月に城辺町に実績報告書を提出し、これにより国庫補助対象事業費の精算を受けていた。
消費税は、事業者が課税対象となる取引を行った場合に納税義務が生じるが、生産、流通の各段階で重ねて課税されないように、確定申告において、課税売上高に対する消費税額から課税仕入れに係る消費税額を控除（以下、この控除を「仕入税額控除」といい、控除する額を「消費税仕入控除税額」という。）する仕組みが採られている。
そして、補助事業の事業主体が補助対象の施設等を取得することも課税仕入れに該当し、上記の仕組みにより確定申告の際に課税仕入れに係る消費税額を仕入税額控除した場合には、事業主体は補助事業で取得した施設等に係る消費税額を実質的に負担していないことになる。
このため、補助事業の事業主体は、「農業経営対策事業費補助金等交付要綱」（平成１２年１２構改Ｂ第３５０号農林水産事務次官依命通知）等により、実績報告書の提出後に、消費税の申告により課税売上高に対する消費税額から補助事業に係る消費税額を課税仕入れに係るものとして控除し、補助金に係る消費税仕入控除税額が確定したときには、その金額を速やかに報告するとともに、当該金額を返還しなければならないこととなっている。
この補助事業について、実績報告書等により検査したところ、同会社は１７年５月に消費税の確定申告を行い、本件補助事業に係る消費税額９，０７５，０００円を課税仕入れに係る消費税額として控除し、同年７月に消費税の還付を受けていた。
しかし、同会社では、上記の消費税仕入控除税額９，０７５，０００円のうち本件補助金に係る額６，０５０，０００円を報告、返還しておらず、不当と認められる。
このような事態が生じていたのは、同会社において、補助事業における消費税の取扱いについての理解が十分でなかったこと、沖縄県及び城辺町において、本件補助事業の消費税の取扱いについての指導及び確認が十分でなかったことによると認められる。