補助金を過大に受給しているもの仕入税額控除した消費税額に係る補助金等を返還していないもの

（１）　補助金を過大に受給しているもの　　　３１件　不当と認める国庫補助金　５８，５５６，２２６円

仕入税額控除した消費税額に係る補助金等を返還していないもの

　これらの補助事業（注８） 及び交付金事業（注９） （以下、これらを合わせて「補助事業等」という。）は、２５都県土地改良事業団体連合会、５漁業協同組合及び１有限会社の計３１事業主体が、それぞれ土地改良事業等の適切かつ効率的な運営を確保することや漁家経営の安定化を図ることなどを目的として施設を整備するなどしたものである。このうち、２５都県土地改良事業団体連合会が実施する補助事業には、国庫補助金が農林水産本省から全国土地改良事業団体連合会を経由して交付されるもの、地方農政局から直接交付されるもの及び地方農政局から都県を経由して交付されるものがある。

　そして、前記の３１事業主体は、補助事業等を消費税（地方消費税を含む。以下同じ。）を含め、事業費計２２，１６２，９４５，０５０円（国庫補助金等計８，００８，７４０，５７６円）で実施している。
　消費税は、事業者が課税対象となる取引を行った場合に納税義務が生ずるが、生産、流通の各段階で重ねて課税されないように、確定申告において、課税売上高に対する消費税額から課税仕入れに係る消費税額を控除（以下、この控除を「仕入税額控除」という。）する仕組みが採られている。
　そして、補助事業等の事業主体が補助対象の施設、物品等を取得することなども課税仕入れに該当して、上記の仕組みにより確定申告の際に補助事業等で取得した施設、物品等に係る消費税額を仕入税額控除した場合には、事業主体は当該施設、当該物品等に係る消費税額を実質的に負担していないことになる。
　また、事業主体が公益法人等（注１０） である場合は、消費税の確定申告において、補助金収入など資産の譲渡等の対価以外の収入（以下「特定収入」という。）の額を特定収入とそれ以外の収入の合計額で除した割合（以下「特定収入割合」という。）が１００分の５以下の場合、特定収入により賄われる消費税額は、課税仕入れに係る消費税額として仕入税額控除できることとなっている。そして、この場合、上記と同様に、事業主体は当該消費税額を実質的に負担していないことになる。
　このため、補助事業等の事業主体は、「土地改良事業関係補助金交付要綱」（昭和３１年３１農地第３９６６号農林事務次官依命通知）等により、実績報告書の提出後に消費税の申告をして仕入税額控除した消費税額に係る補助金等の額が確定したときには、その金額を速やかに報告するとともに、当該金額を返還しなければならないこととなっている。
　上記の３１事業主体は、平成１５年６月から２０年６月までに消費税の確定申告を行い、補助事業等に係る消費税額計１０４，８１５，８６８円を仕入税額控除していた。
　しかし、３１事業主体は、上記の仕入税額控除した消費税額計１０４，８１５，８６８円に係る補助金等の額計５８，５５６，２２６円を報告、返還しておらず、不当と認められる。
　このような事態が生じていたのは、３１事業主体において、補助事業等における消費税の取扱いについての理解が十分でなかったこと、農林水産省、都、県、市、町、村及び全国土地改良事業団体連合会において、補助事業等の消費税の取扱いについての指導及び確認が十分でなかったことなどによると認められる。
　上記の事態について、事例を示すと次のとおりである。

＜事例１＞ 　補助事業に係る消費税額を仕入税額控除していたのに、当該消費税額に係る補助金の額を報告、返還していなかったもの

　知念村漁業協同組合は、平成１５年度に、高度衛生管理型水産物供給施設モデル整備事業を消費税を含めて事業費４４３，２８１，６５０円（国庫補助金２９５，５２１，０００円）で実施して、１６年３月に知念村に実績報告書を提出して、これにより国庫補助対象事業費の精算を受けていた。
　そして、同組合は１７年５月に消費税の確定申告を行い、本件補助事業に係る消費税額２１，１０８，６５０円を仕入税額控除していた。
　しかし、同組合は、上記の仕入税額控除した消費税額２１，１０８，６５０円に係る補助金の額１４，０７２，４２８円を報告、返還していなかった。

＜事例２＞ 　特定収入割合が１００分の５以下で補助事業に係る消費税額を仕入税額控除していたのに、当該消費税額に係る補助金の額を報告、返還していなかったもの

　広島県土地改良事業団体連合会は、平成１５年度から１９年度までの間に、団体営調査設計事業等の６補助事業を消費税を含めて事業費計５８２，０２０，０００円（国庫補助金計２９５，８３８，４９０円）で実施して、１６年３月から２０年４月までに中国四国農政局等に実績報告書を提出して、これにより国庫補助対象事業費の精算を受けていた。
　そして、同連合会は１６年５月から２０年５月までに各事業年度の消費税の確定申告を行い、特定収入割合がいずれも１００分の５以下であることから、本件補助事業に係る消費税額計５，２５８，９００円を仕入税額控除していた。
　しかし、同連合会は、上記の仕入税額控除した消費税額計５，２５８，９００円に係る補助金の額計４，３９３，９６１円を報告、返還していなかった。