平成２０年度決算検査報告
この特別会計は、国立高度専門医療センター（国立がんセンター、国立循環器病センター、国立精神・神経センター、国立国際医療センター、国立成育医療センター及び国立長寿医療センター）の円滑な運営と経理の適正を図ることを目的として、その経理を一般会計と区分して行うため設置されているものである。
同特別会計の２０年度の歳入歳出決算、損益、借入金等及び主な業務実績は次のとおりである。
（ア） 歳入歳出決算
| 歳入 | 徴収決定済額（千円） | 収納済歳入額（千円） | 不納欠損額（千円） | 収納未済歳入額（千円） |
| 20年度 19年度 |
171,112,790 161,250,566 |
169,874,955 160,049,000 |
43,230 5,580 |
1,194,604 1,195,985 |
| 歳出 | 歳出予算現額（千円） | 支出済歳出額（千円） | 翌年度繰越額（千円） | 不用額（千円） |
| 20年度 19年度 |
171,564,028 161,670,763 |
152,437,826 144,943,334 |
17,181,896 14,612,463 |
1,944,305 2,114,965 |
翌年度繰越額の主なものは施設整備費（歳出予算現額３１０億６９９８万余円）の１３１億３３９８万余円である。
（イ） 損益
| 区分 | 20年度（千円） | 19年度（千円） | ||
| 利益 | 148,098,376 | 141,996,031 | ||
| （うち診療収入 | 86,874,060） | （うち診療収入 | 85,962,303） | |
| 損失 | 123,944,473 | 124,889,323 | ||
| （うち政策医療推進費（注） | 108,445,438） | （うち経営費 | 107,456,684） | |
| 利益金 | 24,153,903 | 17,106,707 | ||
| （利益金の処理） | （翌年度に基金に組入れ） | （翌年度に基金に組入れ） | ||
（ウ） 借入金等
| 区分 | 20年度末（千円） | 19年度末（千円） |
| 借入金現在額（財政融資資金） 基金現在額 積立金現在額 |
176,540,260 266,514,144 655,590 |
180,728,637 249,407,437 1,862,388 |
（エ） 主な業務実績
| 区分 | ２０年度 | （１９年度） | |
| 入院患者延べ数 外来患者延べ数 |
１，２７４千人 １，５９８千人 |
１，３３５千人 １，６４８千人 |
なお、この特別会計について検査した結果、不当事項３件（（７４）—（７６） 参照）及び意見を表示し又は処置を要求した事項１件 を掲記した。