平成２１年度決算検査報告
| 会計名及び科目 | 一般会計 | （組織）農林水産本省 | |
| （項）総合食料対策費 （項）食の安全・消費者の信頼確保対策費（平成19年度以前は、総合食料対策費） （項）国産農畜産物競争力強化対策費（平成19年度以前は、農業・食品産業強化対策費） （項）牛肉等関税財源畜産振興費 （項）農業・食品産業強化対策費 （項）農業経営対策費 （項）農地等整備・保全推進費 （項）農業生産基盤整備・保全事業費（平成19年度以前は、農業生産基盤整備事業費） （項）農村振興費 （項）沖縄開発事業費 等 |
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| （組織）林野庁 | |||
| （項）林業・木材産業等振興対策費（平成19年度以前は、林業振興費） 等 | |||
| （組織）水産庁 | |||
| （項）水産物安定供給対策費（項）水産業振興費 等 | |||
| 食料安定供給特別会計（農業経営基盤強化勘定）（平成18年度以前は、農業経営基盤強化措置特別会計） | |||
| （項）農業経営基盤強化事業費（平成19年度以前は、農地保有合理化促進対策費） | |||
| 食料安定供給特別会計（農業経営安定勘定） | |||
| （項）農業経営安定事業費 | |||
| 食糧管理特別会計（国内米管理勘定） | |||
| （項）国内米管理費（平成19年度以降は、食料安定供給特別会計（米管理勘定）（項）米管理費） | |||
| 森林保険特別会計 | （項）事務取扱費（平成19年度以前は、森林保険業務費） | ||
| 部局等 | 農林水産本省、林野庁、水産庁、7農政局、沖縄総合事務局、16県 | ||
| 補助等の根拠 | 土地改良法（昭和24年法律第195号）、農業の担い手に対する経営安定のための交付金の交付に関する法律（平成18年法律第88号）等 | ||
| 補助事業者等（事業主体） | 都、府2、県29、市22、団体7、その他23、計84補助事業者等（都、府1、県13、団体5、その他23、計43事業主体） | ||
| 間接補助事業者等（事業主体） | 市43、町3、村2、団体2、その他5、計55間接補助事業者等（市42、町2、村2、団体2、その他5、計53事業主体） | ||
| 補助事業等 | 中山間地域等直接支払交付金事業、面的集積強化促進事業等 | ||
| 事業費の合計 | 20,530,661,442円 | ||
| 上記に対する国庫補助金等交付額の合計 | 14,688,479,530円 | ||
| 不当と認める事業費の合計 | 582,607,497円 | ||
| 上記に対する不当と認める国庫補助金等相当額の合計(1) | 356,014,318円 | ||
| 不適正な経理処理等により支出された国庫補助事務費等の合計 | 674,449,489円 | ||
| 上記に対する不当と認める国庫補助金等相当額の合計(2) | 340,560,112円 | ||
| 貸付対象事業費（貸付金額） | 8,400,000円 | ||
| 不当と認める貸付金額 | 8,109,900円 | ||
| 上記のうち不当と認める国庫補助金相当額(3) | 5,406,600円 | ||
| 不当と認める国庫補助金等相当額の総計(1)＋(2)＋(3) | 701,981,030円 | ||
農林水産省所管の補助事業は、地方公共団体等が事業主体となって実施するもので、同省は、この事業に要する経費について、直接又は間接に事業主体に対して補助金等を交付している。
本院は、合規性、経済性、有効性等の観点から、４５都道府県及びその管内の１，１７４市町村等並びに２２７団体において、実績報告書、設計図面等の書類により会計実地検査を行った。また、上記のほか、２町村について、実績報告書等の書類により書面検査を行った。
その結果、１５都府県、２５府県管内の５１市町村等及び３０団体等計９６事業主体が実施した中山間地域等直接支払交付金事業、面的集積強化促進事業等に係る国庫補助金７０１，９８１，０３０円が不当と認められる。
これを不当の態様別に示すと次のとおりである。
（１） 補助の対象とならないもの
（２） 補助対象事業費を過大に精算するなどしていたもの
（３） 補助金の交付額の算定が適切でなかったもの
（４） 補助の対象とならないもの及び補助金の交付額の算定が適切でなかったもの
（５） 工事の設計が適切でなかったもの
（６） 補助金の交付の必要がなかったもの
（７） 補助の目的を達していないもの
（８） 不適正な経理処理となっていたもの及び補助の対象とならないもの
（９） 貸付けの対象とならないもの
また、不当の態様別・事業主体別に掲げると次のとおりである。