消費税の簡易課税制度について

３　検査の状況

(１)　みなし仕入率と課税仕入率の状況

　簡易課税制度は、前記のとおり、課税期間の課税売上げに係る消費税額に事業区分に応じたみなし仕入率を乗じて計算した金額を課税仕入れに係る消費税額とみなして控除することができることとされている。
　そして、財務省は、みなし仕入率に関して、消費税の課税事業者における課税仕入率の実態を把握するための調査を実施し、「平成２０年度分課税仕入率の実態調査について」として、政府税制調査会に提出している。調査対象者は簡易課税制度適用者３３０,０６７事業者（全国の税務署から抽出した４,９６９法人及び３２５,０９８個人事業者）及び本則課税適用者６０万５千事業者（国税庁の課税事績による売上１０００万円超から５０００万円以下の２８万２千法人及び３２万２千個人事業者）、調査対象期間は法人が２０年４月決算期から２１年３月決算期まで、個人事業者が２０年分である。
　現行のみなし仕入率について、財務省は、５年度分の本則課税適用者及び簡易課税制度適用者の双方を含むサンプル調査により把握した業種別の課税仕入率を基に設定したとしているが、財務省の２０年度分の調査結果によれば、全ての業種において、本則課税適用者と簡易課税制度適用者を合わせた全体の課税仕入率より簡易課税制度適用者の課税仕入率が下回っているなどの状況となっていた（表４ 参照）。

　会計検査院においては、検査の効率性を勘案して、直近の課税期間（法人については２２年２月から２３年１月までの間に終了する課税期間、個人事業者については２２年分の課税期間。以下同じ。）を対象として、実際に簡易課税制度を適用している事業者ごとに、その課税仕入率の状況を検査した。そして、複数の事業を行っている事業者の兼業による影響を排除するために、全体の課税売上高のうち、一つの事業の課税売上高の割合が９０％超となっている事業者を対象として、１,０４０法人、９９１個人事業者、計２,０３１事業者について、決算書等を基に課税仕入率の平均を試算したところ、事業区分ごとにみなし仕入率と課税仕入率の平均を比較すると、みなし仕入率が全ての事業区分において課税仕入率の平均を上回っていた。その中でも第５種事業（運輸・通信業、サービス業及び不動産業）の法人と個人事業者を合わせた課税仕入率の平均は３２.４％となっていて、みなし仕入率５０％との開差が顕著な状況となっていた（表５ 参照）。

　そして、事業者ごとの課税仕入率について、事業区分ごとにみなし仕入率との開差を分析したところ、同じみなし仕入率を適用している事業区分においても、課税仕入率がみなし仕入率を上回っている事業者もいるが、課税仕入率がみなし仕入率を下回っている事業者の方が６７.０％から８４.９％と多数となっており、第５種事業においては課税仕入率がみなし仕入率を２０ポイント超下回っている事業者が全体の４９.４％となっていた（表６ 参照）。

　これらの１,０４０法人、９９１個人事業者、計２,０３１事業者について、簡易課税制度を適用して計算した納付消費税額が、本則課税を適用したとして試算した推計納付消費税額（注６） に対して、低額となっている事業者数及び金額は１,５８３事業者で５億０３５２万余円、高額となっている事業者数及び金額は４４８事業者で６７５３万余円となっていた（表７ 参照）。

　このように、多くの簡易課税制度適用者において、みなし仕入率が課税仕入率を上回っており、簡易課税制度の適用により事務負担に配慮され事務の簡素化が図られた上に、簡易課税制度を適用して計算した納付消費税額が本則課税を適用したとして試算した推計納付消費税額に対して低額となっていて、いわゆる益税が生じている状況となっていた。
　なお、財務省は、消費税法改正法に定められたみなし仕入率の水準についての必要な見直しの検討のために、みなし仕入率に関して、消費税の課税事業者における課税仕入率の更なる実態調査を行っている。

(２)　過去に本則課税を適用してその後簡易課税制度を適用している事業者の状況

　(１)のとおり、多くの簡易課税制度適用者において、みなし仕入率が課税仕入率を上回っている状況となっていた。そこで、同一の事業者について、簡易課税制度を適用した課税期間の納付消費税額の課税標準額（注７） に対する割合（以下「消費税納付率」という。）と本則課税を適用した課税期間の消費税納付率とを比較するために、直近の課税期間において簡易課税制度を適用していて、法人の場合は過去４年以内に、個人事業者の場合は過去２年以内にそれぞれ本則課税を適用したことがある２,０２３法人、６３３個人事業者、計２,６５６事業者の各課税期間における消費税納付率を分析したところ、法人及び個人事業者とも簡易課税制度を適用した課税期間の消費税納付率の方が、本則課税を適用した課税期間の消費税納付率より低くなっていた（表８ 及び表９ 参照）。

　また、前記の２,０２３法人及び６３３個人事業者について簡易課税制度を適用した各課税期間と本則課税を適用した課税期間の消費税納付率を事業者ごとに比較すると、簡易課税制度を適用した課税期間の消費税納付率の方が低くなっているのは１,６６９法人及び４７５個人事業者であり、高くなっているのは３６８法人及び１６１個人事業者（注８） であった。
　これらの２,０２３法人、６３３個人事業者、計２,６５６事業者について、簡易課税制度を適用して計算した納付消費税額が、本則課税を適用したとして試算した推計納付消費税額（注９） に対して、低額となっている事業者数及び金額は２,１４８事業者で１３億１７９８万余円、高額となっている事業者数及び金額は５０８事業者で１億５００５万余円となっていた（表１０ 参照）。

　このように、同一の事業者について比較しても、多くの簡易課税制度適用者において、消費税納付率が本則課税を適用した課税期間より低くなっており、簡易課税制度の適用により事務負担に配慮され事務の簡素化が図られた上に、簡易課税制度を適用して計算した納付消費税額が本則課税を適用したとして試算した推計納付消費税額に対して低額となっていて、いわゆる益税が生じている状況となっていた。

(３)　多額の課税売上高を有する法人の簡易課税制度適用状況

　第１期課税期間又は第２期課税期間（注１０） において多額の課税売上高（５億円超）を有し、簡易課税制度を適用して申告している法人で、消費税等差額を計上している１１法人、消費税等差額の推計が可能な１法人、計１２法人について、両課税期間の課税売上高の状況をみたところ、表１１ のとおりとなっており、これらの１２法人では、後述のとおりいわゆる益税が生じている状況となっていた。

　このように各法人の課税売上高が多額であるのに、簡易課税制度を適用していることから、法人の設立の経緯等について検査したところ、次のとおりとなっていた。

　前記のとおり、吸収合併又は吸収分割があった場合の事業者免税点制度の適用に当たり、当該吸収合併に係る合併法人又は当該吸収分割に係る分割承継法人の基準期間における課税売上高が１０００万円を超えるかどうかについては、当該合併法人又は当該分割承継法人の基準期間における課税売上高のみならず、当該吸収合併に係る被合併法人又は当該吸収分割に係る分割法人の課税売上高も考慮して判定することとされている。一方、簡易課税制度の適用に当たり、当該吸収合併に係る合併法人又は当該吸収分割に係る分割承継法人の基準期間における課税売上高が５０００万円を超えるかどうかについては、当該合併法人又は当該分割承継法人の基準期間における課税売上高のみによって判定することとされている。
　吸収合併又は吸収分割により事業を承継し、多額の課税売上高を有する課税期間において簡易課税制度を適用して申告している合併法人及び分割承継法人が計７法人あった。これらの吸収合併に係る合併法人と被合併法人及び吸収分割に係る分割承継法人と分割法人は親子会社関係等の密接な関係にあり、簡易課税制度を適用できる規模の小さな合併法人又は分割承継法人が、簡易課税制度を適用できない規模の大きな被合併法人又は分割法人から多額の売上げを有する事業を承継して簡易課税制度を適用していた。

　上場企業である法人等が設立した法人で簡易課税制度を適用して申告している法人が５法人あった。これらの５法人は、新設法人であり、設立当初の両課税期間は基準期間がないことから、簡易課税制度を適用することが可能となったものである。

　これらの１２法人が、簡易課税制度を適用して申告している各課税期間の課税標準額、納付消費税額及び消費税差額の状況についてみると、簡易課税制度を適用して申告している上記１２法人の課税期間の課税標準額は計３４２億７６９８万余円、消費税差額は計３億４５４２万余円となっていて、特に、吸収分割に係る分割承継法人の場合が多額となっていた（表１２ 参照）。
　そして、これらのうち１１法人は、簡易課税制度の適用により事務負担に配慮され事務の簡素化が図られている上に、消費税差額３億５４９５万余円を法人税の申告において益金に算入し納付消費税額が本則課税を適用した場合と比較して低額となっていて、いわゆる益税が生じている状況となっていた。また、１法人は、消費税差額として第１期課税期間は８３０万余円を益金に、第２期課税期間は１７８３万余円を損金に算入していて、両課税期間でみると納付消費税額９５２万余円が本則課税を適用した場合と比較して高額となっていた。

　吸収分割に係る分割承継法人について、事例を示すと次のとおりである。

　＜事例＞

　Ａ法人は、平成２２年３月に、Ｂ法人の１００％子会社として設立され、同年７月にＢ法人の事業の一部を吸収分割により承継した分割承継法人である。
　Ａ法人の第１期課税期間（２２年３月から２２年１２月まで）及び第２期課税期間（２３年１月から２３年１２月まで）の両課税期間の課税標準額は、それぞれ１０億余円、２４億余円となっている。そして、Ａ法人の第１期課税期間及び第２期課税期間の基準期間に対応するＢ法人の２０年１月から２０年１２月までの課税期間及び２１年１月から２１年１２月までの課税期間の課税売上高はそれぞれ２４２億余円、３１２億余円となっていて、消費税の納税義務は吸収分割に係る分割法人であるＢ法人の課税売上高も考慮して判定するので課税事業者となる。これに対して、簡易課税制度において、Ａ法人の基準期間における課税売上高が５０００万円を超えるかどうかについては、分割承継法人であるＡ法人の基準期間における課税売上高のみによって判定することとなっており、Ａ法人の第１期課税期間及び第２期課税期間に基準期間がないことから簡易課税制度の適用が可能となる。このことから、Ａ法人は、簡易課税制度による申告を行い、消費税差額として第１期課税期間１３９２万余円、第２期課税期間３０５３万余円、計４４４６万余円を益金に算入していた。

　そして、(１)から(３)までの検査の対象とした３,０７５法人、１,６２４個人事業者、計４,６９９事業者の簡易課税制度を適用したことにより納付消費税額が低額となっている事業者数及び納付消費税額の推計額は３,７４２事業者で２１億７６４７万余円、高額となっている事業者数及び納付消費税額の推計額は９５７事業者で２億２７１２万余円となる。