(1)-(9)　業務の財源に充てることを想定していない預金等について国庫に納付することとなるよう改善させたもの

独立行政法人の運営の基本その他制度の基本となる共通の事項については、独立行政法人通則法（平成11年法律第103号。以下「通則法」という。）において定められており、各独立行政法人の目的及び業務の範囲については、各法人の名称、目的、業務の範囲等に関する事項を定める法律（以下「個別法」という。）等において定められている。

そして、政府は、独立行政法人の業務を確実に実施させるために必要があると認めるときは、個別法で定めるところにより、各独立行政法人に出資することができることとされている。

独立行政法人は、業務を確実に実施するために必要な資産として、設立時等に国、特殊法人等から承継した現金預金、有価証券（投資有価証券を含む。）、貸付金等を保有している。

また、政府は、通則法第46条の規定により、独立行政法人に対して、業務運営の財源に充てる資金として、運営費交付金を交付することができることとされている。

独立行政法人の利益の処分及び損失の処理については、通則法第44条第1項の規定により、毎事業年度（以下、事業年度を「年度」という。）、損益計算において利益を生じたときは、前年度から繰り越した損失を埋めて、なお残余があるときは、その残余の額を、積立金として整理しなければならないこととされている。そして、同条第2項の規定により、毎年度、損益計算において損失を生じたときは、同条第1項の規定による積立金を減額して整理して、なお不足があるときは、その不足額を、繰越欠損金として整理しなければならないこととされている。

また、積立金の処分については、個別法により、中期目標期間の最終年度において上記積立金の整理を行った後、当該積立金の額から次の中期目標期間の業務の財源に充てるために主務大臣の承認を受けた額を繰り越すことができるとともに、繰り越す額を控除してなお残余があるときは、その残余の額を国庫に納付しなければならないこととされている。

独立行政法人は、平成22年の通則法の改正により、中期目標期間の途中であっても、通則法第8条第3項の規定により、その保有する重要な財産であって主務省令で定めるものが将来にわたり業務を確実に実施する上で必要がなくなったと認められる場合には、当該財産（以下「不要財産」という。）を処分しなければならないこととされ、通則法第46条の2の規定により、不要財産であって政府からの出資又は支出（金銭の出資に該当するものを除く。）に係るものについては、遅滞なく、主務大臣の認可を受けて、これを国庫に納付することとされている。

そして、政府は、「独立行政法人の事務・事業の見直しの基本方針」（平成22年12月閣議決定。以下「基本方針」という。）において、各独立行政法人が、幅広い資産を対象に、自主的な見直しを不断に行い、保有する必要性があるかなどについて厳しく検証して、不要と認められるものについては速やかに国庫に納付することなどを掲げている。

独立行政法人が設立された際に、政府からの出資に見合う資産として承継した預金等のうち、承継後も預金等として保有しているが、業務運営に必要な資金の大部分を運営費交付金で賄っていることなどから資産として継続して保有する特段の事情が見受けられないなど、業務の財源に充てることが想定されていない預金等が、表2のとおり、3独立行政法人において見受けられた。

独立行政法人が事務所等を借り上げた際に、政府からの出資、運営費交付金等で差し入れていた敷金及び保証金（以下「敷金等」という。）の返戻金等のうち、受け取った返戻金等を預金等として留保しているが、中期目標期間に係る中期計画において今後の使用計画が定められていないなど、業務の財源に充てることが想定されていない預金等が、表3のとおり、6独立行政法人において見受けられた。

政府からの出資に見合う実験器具、機械装置等の資産を譲渡して得た収入のうち、預金等として留保しているが、中期目標期間に係る中期計画において今後の使用計画が定められていないなど、業務の財源に充てることが想定されていない預金等が、表4のとおり、3独立行政法人において見受けられた。

独立行政法人が設立された際に、政府からの出資に見合う資産として承継した消費税の還付金の未収金等のうち、消費税の還付を受けて得た資金等を預金等として留保しているが、中期目標期間に係る中期計画において今後の使用計画が定められていないなど、業務の財源に充てることが想定されていない預金等が、表5のとおり、2独立行政法人において見受けられた。

独立行政法人が固定資産を処分するなどした際に、売却損等の損失が生じた場合には、損益計算書に固定資産売却損等が計上される。この固定資産売却損等は、キャッシュ・フローを伴わない費用として計上されるため、損益計算において、これと同額で現金の裏付けのある収益が相殺されて、この収益に相当する額は利益処分において積立金として整理されないこととなる。その結果、積立金として整理されなかった資金は、中期目標期間終了後に国庫に納付されないことになる。

政府からの出資に見合う固定資産を処分するなどした際に固定資産売却損等が生じた独立行政法人のうち、積立金として整理されなかった資金を預金等として留保しているが、中期目標期間に係る中期計画において今後の使用計画が定められていないなど、業務の財源に充てることが想定されていない預金等が、表6のとおり、4独立行政法人において見受けられた。