第4　高額の不動産等の売買等を行う特別目的会社に係る消費税の取扱いについて

上記236法人の還付申告後の事業者免税点制度及び簡易課税制度の適用状況は、以下のとおりである。

• ①　還付申告後、事業者免税点制度を適用していた法人数22法人
• ②　還付申告後、簡易課税制度を適用していた法人数182法人
• ③　還付申告後、事業者免税点制度及び簡易課税制度を適用していた法人数32法人

これら236法人のうち事業者免税点制度を適用していた課税期間における推計課税売上高（注4）及び簡易課税制度を適用していた課税期間における課税売上高（以下、これらを合わせて「課税売上高等」という。）の把握が可能な229法人の課税売上高等についてみると、表1のとおりである。

注（4）

推計課税売上高事業者免税点制度を適用していた課税期間について、課税事業者で本則課税を適用していたとして推計した課税売上高。事業者免税点制度を適用していた課税期間の売上高に、事業者免税点制度を適用していた課税期間後、本則課税を適用していた課税期間の売上高に対する課税売上高の割合を乗じて推計している。

表1　特別目的会社の課税売上高等の分布状況

(1)事業者免税点制度適用課税期間における推計課税売上高の状況

（単位：法人、千円）

推計課税 売上高 ＼ 区分	1000万円 以下	1000 万円超 1 億円以下	1億円超 5億円以下	5億円超 10億円以下	10億円超 50億円以下	50億円超 100億円以下	100億円超	計
法人数	—	2	15	12	7	—	—	36
推計課税売上高の総額	—	177,625	3,943,548	8,687,497	12,902,319	—	—	25,710,991
1法人当たりの平均	—	88,812	262,903	723,958	1,843,188	—	—	714,194

(2)簡易課税制度適用課税期間における課税売上高の状況

（単位：法人、千円）

課税売上高 ＼ 区分	5000万円 以下	5000 万円超 1 億円以下	1億円超 5億円以下	5億円超 10億円以下	10億円超 50億円以下	50億円超 100億円以下	100億円超	計
法人数	9	10	65	47	73	7	3	214
課税売上高の総額	253,574	773,375	17,447,467	33,691,037	158,507,682	39,163,571	38,728,207	288,564,916
1法人当たりの平均	28,174	77,337	268,422	716,830	2,171,338	5,594,795	12,909,402	1,348,434

（注）

事業者免税点制度を適用していた36法人及び簡易課税制度を適用していた214法人の計250法人のうち、両制度を適用していた法人が21法人あり、法人数の純計は229法人である。

36法人の事業者免税点制度を適用していた課税期間における推計課税売上高の1法人当たりの平均は7億1419万余円と多額となっており、このうち10億円超の推計課税売上高を有している法人が7法人見受けられた。また、214法人の簡易課税制度を適用していた課税期間における課税売上高の1法人当たりの平均は13億4843万余円と多額となっており、このうち50億円超の課税売上高を有している法人が10法人見受けられた。

このように、基準期間における課税売上高が1000万円以下又は5000万円以下である課税期間後において多額の課税売上高等が生ずるのは、特別目的会社において、事業計画等により、高額の不動産等を一時期に取得して、その後の課税期間に当該不動産等の賃貸、売却等をするためである。

そこで、これら236法人のうち事業者免税点制度や簡易課税制度を適用していた課税期間の直前の課税期間末における資産の把握が可能な191法人の資産の状況についてみると、表2のとおりである。

表2　特別目的会社の資産の状況

（単位：法人、千円）

資産 ＼ 区分		10億円以下	10億円超 50億円以下	50億円超 100億円以下	100億円超	計
法人数		1	45	54	91	191
資産の総額 （1法人当たりの平均）		479,906 （479,906）	150,623,668 （3,347,192）	399,532,430 （7,398,748）	2,259,422,310 （24,828,816）	2,810,058,315 （14,712,347）
	うち不動産等の総額 （1法人当たりの不動産等の平均）	468,162 （468,162）	137,455,130 （3,054,558）	363,017,664 （6,722,549）	2,078,828,062 （22,844,264）	2,579,769,019 （13,506,644）

191法人の資産の額は1法人を除いて全て10億円を超えており、その総額は2兆8100億5831万余円、1法人当たりの平均は147億1234万余円と多額となっていた。

以上のとおり、これら236法人の中には、高額の不動産等を取得して、当該不動産等の賃貸、売却等により課税売上高等が多額であるのに、基準期間における課税売上高が1000万円以下又は5000万円以下であることから、小規模事業者の事務処理能力等を勘案して設けられた事業者免税点制度や中小事業者の事務負担に配慮して設けられた簡易課税制度を適用していた法人が、相当数見受けられた。

そして、これら236法人のうち事業者免税点制度適用課税期間の推計納付消費税額（注5）並びに簡易課税制度適用課税期間の消費税差額及び推計消費税差額（以下、簡易課税制度適用課税期間の消費税差額及び推計消費税差額を合わせて「消費税差額等」という。）の把握が可能な177法人の推計納付消費税額及び消費税差額等についてみると、表3のとおりである。

注（5）

推計納付消費税額　　事業者免税点制度を適用していた課税期間について、課税事業者で本則課税を適用していたとして推計した納付消費税額。事業者免税点制度を適用していた課税期間の売上高に、事業者免税点制度を適用していた課税期間後、本則課税を適用していた課税期間の売上高に対する納付消費税額の割合を乗じて推計している。

注（6）

推計消費税差額　　税抜経理方式を採っていて消費税差額を計上しているかどうか明確でない法人及び税込経理方式を採っている法人について推計した消費税差額。損益計算書等の明細書等から課税仕入れに係る消費税額を把握するなどして、本則課税を適用していたとして納付消費税額を推計して、その額と簡易課税制度適用時の納付消費税額との差額としている。

表3　推計納付消費税額及び消費税差額等の分布状況

(1)事業者免税点制度適用課税期間の推計納付消費税額の状況

（単位：法人、千円）

推計納付 消費税額 ＼ 区分	100万円以下 以下	100万円超 1000万円以下	1000万円超 5000万円以下	5000万円超 1億円以下	1億円超	計
法人数	—	6	12	1	—	19
推計納付消費税額の総額	—	35,199	303,841	76,479	—	415,520
1法人当たりの平均	—	5,866	25,320	76,479	—	21,869

(2)簡易課税制度適用課税期間の消費税差額等の状況

（単位：法人、千円）

消費税差額等 ＼ 区分	100万円以下 以下	100万円超 1000万円以下	1000万円超 5000万円以下	5000万円超 1億円以下	1億円超	計
法人数	16	54	66	10	9	155
推計納付消費税額の総額	8,663	260,038	1,444,948	710,741	1,718,724	4,143,116
1法人当たりの平均	541	4,815	21,893	71,074	190,969	26,729

注(1)

このほか、消費税差額を損金に計上しているなどしていた法人が7法人ある。

注(2)

事業者免税点制度を適用していた19法人、簡易課税制度を適用していた155法人及び消費税差額を損金に計上等していた7法人の計181法人のうち、両制度を適用していた法人が4法人あり、法人数の純計は177法人である。

19法人の事業者免税点制度を適用していた課税期間の推計納付消費税額は4億1552万余円、その1法人当たりの平均は2186万余円と多額となっていた。また、155法人の簡易課税制度を適用していた課税期間の消費税差額等は41億4311万余円、その1法人当たりの平均は2672万余円と多額となっており、このうち1億円超の法人が9法人見受けられた。

このように、多額の課税売上高等を有する課税期間に事業者免税点制度や簡易課税制度を適用することができることとなっていて、多額の推計納付消費税額及び消費税差額等が生じている状況となっていた。

これらの法人について、事例を示すと次のとおりである。

前記236法人のうち12法人は、譲渡時期の特例を適用した上で簡易課税制度を適用しており、全てPFI事業を実施するために選定事業者により設立された特別目的会社であった。そして、12法人が実施したPFI事業において完成した施設の譲渡に係る対価の額は、分割して受領する賦払金であり、法人税法に規定する延払基準の方法により経理されていた。

これら12法人のうち8法人は、完成した施設を国に引き渡した課税期間に譲渡時期の特例を適用して、資産の譲渡等の時期を、原則である施設の引渡しを行った日の属する課税期間ではなく、それぞれの賦払金の支払期日の属する課税期間において、当該賦払金に係る部分について、資産の譲渡等を行ったものとみなして、基準期間における課税売上高が5000万円以下の課税期間において簡易課税制度を適用していた。

また、残りの4法人は、上記の8法人と同様に完成した施設を国に引き渡した課税期間に譲渡時期の特例を適用したが、当該課税期間の翌課税期間において、法人税法に規定する延払基準の適用を継続していたが、消費税においては譲渡時期の特例の適用を受けないこととして、繰り延べられていた賦払金に係る部分を当該翌課税期間において、資産の譲渡等を一括して行ったものとみなして当該賦払金の全額を課税売上高とした上で簡易課税制度を適用していた。

これら12法人が簡易課税制度を適用していた課税期間における課税売上高及び消費税差額等の状況についてみると、表4のとおりである。

表4　譲渡時期の特例を適用していた特別目的会社の課税売上高及び消費税差額等の状況

（単位：法人、千円）

課税売上高 ＼ 区分		1億円超 10億円以下	10億円超 30億円以下	30億円超 50億円以下	50億円超 100億円以下	100億円超	計
譲渡時期の特例を継続していた 8法人	法人数	4	4	—	—	—	8
	課税売上高	1,641,399	7,584,003	—	—	—	9,225,402
	1法人当たりの平均	410,349	1,896,000	—	—	—	1,153,175
	消費税差額等	41,011	147,349	—	—	—	188,361
	1法人当たりの平均	10,252	36,837	—	—	—	23,545
譲渡時期の特例適用後同特例を不適用とした4法人	法人数	—	—	2	1	1	4
	課税売上高	—	—	9,301,490	5,664,927	10,619,814	25,586,232
	1法人当たりの平均	—	—	4,650,745	5,664,927	10,619,814	6,396,558
	消費税差額等	—	—	259,145	157,969	293,870	710,986
	1法人当たりの平均	—	—	129,572	157,969	293,870	177,746
計12法人	法人数	4	4	2	1	1	12
	課税売上高	1,641,399	7,584,003	9,301,490	5,664,927	10,619,814	34,811,635
	1法人当たりの平均	410,349	1,896,000	4,650,745	5,664,927	10,619,814	2,900,969
	消費税差額等	41,011	147,349	259,145	157,969	293,870	899,347
	1法人当たりの平均	10,252	36,837	129,572	157,969	293,870	74,945

12法人の課税売上高の1法人当たりの平均は29億0096万余円、消費税差額等の合計は8億9934万余円、その1法人当たりの平均は7494万余円と多額となっていた。また、譲渡時期の特例を適用した課税期間の翌課税期間に、譲渡時期の特例の適用を受けないこととした4法人の課税売上高の1法人当たりの平均は63億9655万余円、消費税差額等の合計は7億1098万余円、その1法人当たりの平均は1億7774万余円と多額となっており、4法人とも1億円を超えていた。

これら4法人について、事例を示すと次のとおりである。