東日本大震災復興特別会計に納付させるべき返納金等を誤って一般会計に納付させていて会計法令に違反するなどしていたり、特会法改正法の規定に基づき同特別会計に繰り入れられるべき返納金等について返納金等の額等を財務省に報告するなどの所要の措置を執っていなかったりしていたもの［水産庁、関東森林管理局、2県］（222）―（225）

（東日本大震災からの復旧・復興事業に関連して発生した返納金等の概要等については、「東日本大震災からの復旧・復興事業に関連して発生した返納金等について誤って一般会計に納付させていた額等を財務省に報告するとともに、今後発生する返納金等について、適正な会計に納付させたり、所要の措置を適正に執らせたりするためのマニュアルを定めることなどにより、復旧・復興事業に充てられる費用等の財源が適時適切に確保されることとなるよう改善させたもの」参照）

本院は、合規性等の観点から、文部科学省、農林水産省、経済産業省、国土交通省及び防衛省（以下「5省」という。）において、復旧・復興事業を実施したことに伴い平成24年度から27年度までの間に一般会計に納付させた返納金等について、特別会計に関する法律の一部を改正する法律（平成24年法律第15号。以下「特会法改正法」という。）の規定に基づくなどして東日本大震災復興特別会計（以下「復興特会」という。）に納付させるべき返納金等はないか、また、特会法改正法の規定に基づき一般会計から復興特会に繰り入れられるよう5省において所要の措置を執っているかなどに着眼して、24年度から27年度までの間の一般会計における収納済歳入額計5,889,402,042,161円を対象として、5省の本省において、当該返納金等の国庫への納付等に関する書類を確認するなどして会計実地検査を行った。

検査したところ、5省の18部局等（表参照）において復旧・復興事業に関連して発生した返納金等の国庫への納付及び納付後の取扱いについて、次のとおり適正とは認められない事態が見受けられた。

(1)　23年度第3次補正予算のうち23年度内に支出された経費及び復興特会から支出された経費に関連して発生した返納金等について、誤って一般会計に納付させていた事態

(2)　23年度第3次補正予算のうち翌年度に繰り越して支出された経費に関連して発生した返納金等について、特会法改正法の規定に基づき復興特会に繰り入れられるよう所要の措置を執っていなかった事態

したがって、文部科学省、農林水産省、国土交通省及び防衛省において復興特会に納付させるべき返納金等を誤って一般会計に納付させていたcの事態は特会法改正法の規定に違反するなどしており、また、(1)の事態に加えて、農林水産省、経済産業省、国土交通省及び防衛省において特会法改正法の規定に基づき復興特会に繰り入れられるべき返納金等について返納金等の額等を財務省に報告するなどの所要の措置を執っていなかった(2)の事態は、復旧・復興事業に充てられる費用等の財源が適時適切に確保されないこととなり、ひいては復興債の償還の適切な管理に支障を来すおそれがあり、これらの返納金等計2,021,388,234円が不当と認められる（表参照）。

このような事態が生じていたのは、5省において、返納金等の国庫への納付及び納付後の取扱いについて、特会法改正法の規定等についての理解が十分でなかったこと、特会法改正法の規定を踏まえた所要の措置を執る必要性についての理解が十分でなかったことなどによると認められる。