会計検査院の検査を必要とするものは、会計検査院法第22条の規定により、次のとおりとされている。
① 国の毎月の収入支出
② 国の所有する現金及び物品並びに国有財産の受払
③ 国の債権の得喪又は国債その他の債務の増減
④ 日本銀行が国のために取り扱う現金、貴金属及び有価証券の受払
⑤ 国が資本金の2分の1以上を出資している法人の会計
⑥ 法律により特に会計検査院の検査に付するものと定められた会計
このほか、会計検査院は、必要と認めるとき又は内閣の請求があるときは、会計検査院法第23条第1項の規定により、次に掲げる会計経理の検査をすることができることとされている。
⑦ 国の所有又は保管する有価証券又は国の保管する現金及び物品
⑧ 国以外のものが国のために取り扱う現金、物品又は有価証券の受払
⑨ 国が直接又は間接に補助金、奨励金、助成金等を交付し又は貸付金、損失補償等の財政援助を与えているものの会計
⑩ 国が資本金の一部を出資しているものの会計
⑪ 国が資本金を出資したものが更に出資しているものの会計
⑫ 国が借入金の元金又は利子の支払を保証しているものの会計
⑬ 国若しくは国が資本金の2分の1以上を出資している法人（以下「国等」という。）の工事その他の役務の請負人若しくは事務若しくは業務の受託者又は国等に対する物品の納入者のその契約に関する会計
令和7年次の検査（検査実施期間 6年10月から7年9月まで）において検査の対象となったもののうち、⑤は政府関係機関、事業団、独立行政法人等211法人の会計、⑥は日本放送協会の会計、⑨は4,872の団体等の会計、⑩は9法人の会計、⑪は27法人の会計、⑫は3法人の会計、⑬は63法人等の契約に関する会計である。
これらの検査の対象のうち主なものの令和6年度決算等の概要は、第6章の「歳入歳出決算その他検査対象の概要」に記載したとおりである。
検査対象機関に対する検査の方法は、在庁検査と実地検査に区分される。
在庁検査は、次のような方法等により、在庁して常時行う検査である。
① 検査対象機関から、会計検査院の定める計算証明規則により、当該機関で行った会計経理の実績を計数的に表示した計算書、その裏付けとなる各種の契約書、請求書、領収証書等の証拠書類等を提出させて（注）その内容を確認するなどの方法
② 検査対象機関から、その事務、事業等の実施状況等に関する資料やデータ等を提出させてその内容を確認し、また、情報通信システムを活用して関係者から説明を聴取するなどの方法
また、実地検査は、検査対象機関である省庁等の官署、事務所、国が補助金その他の財政援助を与えた団体等に職員を派遣して、実地に、関係帳簿や事務・事業の実態を調査し、関係者から説明を聴取するなどして行う検査である。
会計検査院が7年次に省庁等の官署、事務所等において実施した実地検査の実施率を検査上の重要性に応じて区分してみると、次のとおり、①本省、本社等の中央機関、地方ブロックごとに設置されている主要な地方出先機関等の検査上重要な箇所4,543か所についての実施率は34.8％、②地方出先機関等であって検査上の重要性が①に準ずる箇所6,568か所についての実施率は11.2％となっており、これらを合わせた計11,111か所についての実施率は20.9％となっている。
| 区 分 | 左の箇所数 （A） |
左のうち実地検査 を実施した箇所数 （B） |
実地検査 実施率（％） （B/A） |
|---|---|---|---|
| ① 検査上重要な箇所（本省、本社、主要な地方出先機関等） | 4,543 | 1,584 | 34.8 |
| ② ①に準ずる箇所（その他の地方出先機関等） | 6,568 | 742 | 11.2 |
| 計 | 11,111 | 2,326 | 20.9 |
上記のほか、国が補助金その他の財政援助を与えた4,025の団体等について実地検査を実施した。
そして、これらの実地検査に要した人日数は、2万4千余人日となっている。
また、検査の進行に伴い、疑義のある事態について、疑問点をただし、見解を求めるなどするために、関係者に対して質問を発しており、7年次の検査において発した質問は6百余事項となっている。