（単位：億円）
| 基金番号 | 所管府省庁名 | 予算の移替先 | 基金名 | 基金事業名 | 国庫補助金等交付額 | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 令和元年度 | 2年度 | 3年度 | 4年度 | 5年度 | 計 | |||||
| 1001 | 内閣府本府 | - | 革新的研究開発推進基金 | 健康・医療分野におけるムーンショット型研究開発等事業 | 100 | 2 | 52 | 83 | 368 | 605 |
| 1002 | 内閣府本府 | - | 革新的研究開発推進基金 | ワクチン・新規モダリティ研究開発事業 | - | - | 1504 | 3 | 3 | 1510 |
| 1003 | 内閣府本府 | 文部科学省 | 中小企業イノベーション創出推進基金 | 中小企業イノベーション創出推進事業（文部科学省） | - | - | - | 694 | - | 694 |
| 1004 | 内閣府本府 | 農林水産省 | 中小企業イノベーション創出推進基金 | 中小企業イノベーション創出推進事業（農林水産省） | - | - | - | 467 | - | 467 |
| 1005 | 内閣府本府 | 経済産業省 | 中小企業イノベーション創出推進基金 | 中小企業イノベーション創出推進事業（経済産業省） | - | - | - | 542 | - | 542 |
| 1006 | 内閣府本府 | 厚生労働省 | 中小企業イノベーション創出推進基金 | 中小企業イノベーション創出推進事業（厚生労働省） | - | - | - | 52 | - | 52 |
| 1007 | 内閣府本府 | 国土交通省 | 中小企業イノベーション創出推進基金 | 中小企業イノベーション創出推進事業（国土交通省） | - | - | - | 303 | - | 303 |
| 1008 | こども家庭庁 | - | 旧優生保護法補償金等支払基金 | 旧優生保護法補償金等支給等業務費交付金 | 118 | - | - | - | - | 118 |
| 1009 | 復興庁 | - | 被災者住宅再建支援対策給付基金 | 住まいの復興給付金による被災者住宅再建支援対策事業 | 50 | - | - | - | - | 50 |
| 1013 | 復興庁 | 農林水産省 | 漁業者等緊急保証対策事業交付金 | 漁業者等緊急保証対策事業交付金 | 4 | 4 | 0 | 0 | 1 | 11 |
| 1014 | 復興庁 | 農林水産省 | 漁業者等緊急保証対策事業 | 漁業者等緊急保証対策事業 | 2 | 2 | 1 | 1 | 1 | 9 |
| 1016 | 復興庁 | 経済産業省 | 福島相双復興官民合同チーム相談支援基金 | 官民合同チーム専門家支援事業 | - | - | 14 | - | 10 | 25 |
| 1017 | 復興庁 | 経済産業省 | 自立・帰還支援雇用創出企業立地補助事業基金 | 自立・帰還支援雇用創出企業立地補助事業 | 88 | - | 215 | 140 | 140 | 584 |
| 1019 | 総務省 | - | デジタル基盤改革支援基金 | デジタル基盤改革支援補助金 | - | 1787 | 316 | - | 5163 | 7267 |
| 1020 | 総務省 | - | 革新的情報通信技術研究開発推進基金 | Beyond 5G研究開発促進事業 | - | 300 | - | - | - | 300 |
| 1021 | 総務省 | - | デジタルインフラ整備基金 | データセンター、海底ケーブル等の地方分散によるデジタルインフラ強靱化事業 | - | - | 500 | - | 100 | 600 |
| 1022 | 総務省 | - | デジタルインフラ整備基金 | 自動運転の社会実装に向けたデジタルインフラ整備事業 | - | - | - | - | 205 | 205 |
| 1023 | 総務省 | - | 情報通信研究開発基金 | 革新的情報通信技術（Beyond5G（6G））基金事業 | - | - | - | 662 | 340 | 1002 |
| 1024 | 総務省 | - | 宇宙戦略基金 | 宇宙戦略基金事業 | - | - | - | - | 240 | 240 |
| 1025 | 外務省 | - | アジア文化交流強化基金 | アジア文化交流強化事業 | - | - | - | - | 400 | 400 |
| 1028 | 文部科学省 | - | 学術研究助成基金 | 科学研究費助成事業（科研費） | 972 | 979 | 1089 | 1135 | 1702 | 5878 |
| 1029 | 文部科学省 | - | 学資支給基金 | 給付型奨学金事業 | 140 | - | - | - | - | 140 |
| 1030 | 文部科学省 | - | 革新的研究開発推進基金 | ムーンショット型研究開発プログラム | 16 | 16 | 696 | 29 | 1551 | 2309 |
| 1031 | 文部科学省 | - | 革新的研究開発推進基金 | ワクチン開発のための世界トップレベル研究開発拠点の形成事業 | - | - | 515 | - | - | 515 |
| 1032 | 文部科学省 | - | 革新的研究開発推進基金 | 大学発医療系スタートアップ支援プログラム | - | - | - | - | 152 | 152 |
| 1033 | 文部科学省 | - | 創発的研究推進基金 | 創発的研究支援事業 | 500 | 134 | 53 | 554 | 8 | 1249 |
| 1034 | 文部科学省 | - | 創発的研究推進基金 | 博士後期課程学生の処遇向上と研究環境確保 | - | 173 | 347 | 33 | 534 | 1088 |
| 1035 | 文部科学省 | - | 創発的研究推進基金 | 国家戦略分野の若手研究者及び博士後期課程学生の育成（次世代AI人材育成プログラム） | - | - | - | - | 213 | 213 |
| 1036 | 文部科学省 | - | 経済安全保障重要技術育成基金 | 経済安全保障重要技術育成プログラム | - | - | 1250 | 1250 | - | 2500 |
| 1037 | 文部科学省 | - | 大学等成長分野転換支援基金 | 大学・高専機能強化支援事業 | - | - | - | 3002 | - | 3002 |
| 1038 | 文部科学省 | - | 地域中核研究大学等強化促進基金 | 地域中核・特色ある研究大学強化促進事業 | - | - | - | 1498 | - | 1498 |
| 1039 | 文部科学省 | - | 大学発新産業創出基金 | 大学発新産業創出基金事業 | - | - | - | 987 | - | 987 |
| 1040 | 文部科学省 | - | 先端国際共同研究推進基金 | 先端国際共同研究推進事業 | - | - | - | 440 | 1 | 441 |
| 1041 | 文部科学省 | - | 先端国際共同研究推進基金 | グローバル・スタートアップ・キャンパス構想先行国際共同研究事業 | - | - | - | 66 | 570 | 636 |
| 1042 | 文部科学省 | - | 先端国際共同研究推進基金 | 日ASEAN科学技術・イノベーション協働連携 | - | - | - | - | 145 | 145 |
| 1043 | 文部科学省 | - | 先端国際共同研究推進基金 | 先端国際共同研究推進プログラム | - | - | - | 60 | - | 60 |
| 1044 | 文部科学省 | - | 革新的GX技術創出事業基金 | 革新的GX技術創出事業（GteX） | - | - | - | 495 | - | 495 |
| 1045 | 文部科学省 | - | 宇宙戦略基金 | 宇宙戦略基金事業 | - | - | - | - | 1500 | 1500 |
| 1046 | 文部科学省 | - | 文化芸術活動基盤強化基金 | クリエイター等育成・文化施設高付加価値化支援事業 | - | - | - | - | 60 | 60 |
| 1047 | 厚生労働省 | - | 特定C型肝炎ウイルス感染者救済基金 | 特定C型肝炎ウイルス感染者等救済給付金支給等業務費交付金 | - | - | - | 22 | - | 22 |
| 1048 | 厚生労働省 | - | 特定B型肝炎ウイルス感染者給付金等支給基金 | 特定B型肝炎ウイルス感染者給付金等支給業務費交付金 | 748 | 1221 | 1328 | 1175 | 1179 | 5653 |
| 1049 | 厚生労働省 | - | ハンセン病元患者家族補償金支払基金 | ハンセン病元患者家族補償金支給等業務費交付金 | 175 | - | - | - | - | 175 |
| 1050 | 厚生労働省 | - | 医療情報化支援基金 | 医療提供体制設備整備交付金 | 300 | 768 | - | 735 | 289 | 2092 |
| 1051 | 厚生労働省 | - | ワクチン生産体制等緊急整備基金 | ワクチン生産体制等緊急整備事業 | - | 9846 | 2兆9595 | 4750 | - | 4兆4191 |
| 1052 | 厚生労働省 | - | 革新的研究開発推進基金 | ワクチン開発推進事業 | - | 500 | 1 | 1 | 1 | 505 |
| 1053 | 厚生労働省 | - | 特定石綿被害建設業務労働者等給付金等支払基金 | 特定石綿被害建設業務労働者等給付金等支給業務費交付金 | - | - | 1726 | - | - | 1726 |
| 1054 | 厚生労働省 | - | 抗菌薬原薬国産化支援基金 | 抗菌薬原薬国産化事業 | - | - | - | 552 | - | 552 |
| 1056 | 農林水産省 | - | 食品等流通合理化対策債務保証事業基金 | 食品等流通合理化対策債務保証事業 | - | 11 | - | - | - | 11 |
| 1058 | 農林水産省 | - | 中堅外食事業者資金融通円滑化基金 | 中堅外食事業者資金融通円滑化事業 | - | 11 | 1 | - | - | 12 |
| 1059 | 農林水産省 | - | 野菜生産出荷安定資金 | 野菜価格安定対策事業 | 30 | 108 | 137 | 146 | 55 | 478 |
| 1060 | 農林水産省 | - | 施設園芸等燃料価格高騰対策基金 | 施設園芸等燃料価格高騰対策 | - | - | - | 84 | 45 | 129 |
| 1062 | 農林水産省 | - | 産地パワーアップ事業基金 | 産地生産基盤パワーアップ事業 | 99 | 49 | 45 | 1 | - | 196 |
| 1063 | 農林水産省 | - | さとうきび増産基金 | 甘味資源作物安定生産体制確立事業 | 7 | 19 | 7 | 7 | 7 | 49 |
| 1064 | 農林水産省 | - | 肥料原料備蓄対策事業基金 | 肥料原料備蓄対策事業 | - | - | - | 159 | 0 | 160 |
| 1065 | 農林水産省 | - | 畜産・酪農収益力強化総合対策基金 | 畜産・酪農収益力強化総合対策基金等事業 | 270 | 264 | 151 | 30 | - | 716 |
| 1066 | 農林水産省 | - | 異常補てん積立基金 | 配合飼料価格安定対策事業 | - | - | 230 | 917 | - | 1147 |
| 1069 | 農林水産省 | - | 鶏卵生産者経営安定対策基金 | 鶏卵生産者経営安定対策事業 | - | 51 | 51 | 31 | 27 | 162 |
| 1073 | 農林水産省 | - | 担い手経営発展支援基金 | 担い手経営発展支援金融対策事業 | - | 17 | - | - | - | 17 |
| 1074 | 農林水産省 | - | 農業経営収入保険特約補塡資金 | 農業経営収入保険特約補塡金造成費交付金 | 163 | 150 | 61 | 22 | 192 | 590 |
| 1075 | 農林水産省 | - | 革新的研究開発推進基金 | ムーンショット型農林水産研究開発事業 | 50 | 1 | 31 | 1 | 21 | 105 |
| 1081 | 農林水産省 | - | 国際漁業等再編対策事業資金 | 国際漁業等再編対策事業 | 1 | - | - | - | - | 1 |
| 1083 | 農林水産省 | - | 漁業経営安定対策基金 | 漁業収入安定対策事業 | 274 | 940 | 787 | 575 | 421 | 2999 |
| 1087 | 農林水産省 | - | 漁業経営セーフティーネット構築等事業基金 | 漁業経営セーフティーネット構築事業 | - | - | 187 | 346 | 382 | 916 |
| 1088 | 農林水産省 | - | 韓国・中国等外国漁船操業対策基金 | 韓国・中国等外国漁船操業対策基金事業 | 50 | 40 | 30 | 25 | 20 | 165 |
| 1089 | 農林水産省 | - | 沖縄漁業基金 | 沖縄漁業基金事業、沖縄漁業安定基金事業 | 20 | 30 | 20 | 15 | 20 | 105 |
| 1090 | 農林水産省 | - | 水産業競争力強化基金 | 水産業競争力強化緊急事業 | 230 | 150 | 46 | 19 | 80 | 526 |
| 1091 | 農林水産省 | - | 資源管理・漁業革新推進基金（資源管理・漁業革新推進勘定、競争力強化型勘定） | 漁業構造改革総合対策事業 | - | 92 | 84 | 90 | 82 | 349 |
| 1092 | 農林水産省 | - | 加工原料乳生産者積立金 | 加工原料乳生産者経営安定対策事業 | 3 | 0 | - | 20 | 30 | 55 |
| 1095 | 農林水産省 | - | 生産者積立金 | 肉用子牛生産者補給金 | 9 | 11 | 11 | 11 | 11 | 55 |
| 1097 | 農林水産省 | - | 調整資金 | 調整資金 | 352 | 352 | 407 | 352 | 372 | 1838 |
| 1098 | 農林水産省 | - | 畜産業振興資金 | 畜産業振興資金 | 79 | 231 | 56 | 743 | 163 | 1273 |
| 1102 | 農林水産省 | - | 農業信用保険事業交付金 | 農業信用保証保険基盤強化事業（大規模災害被災農業者等支援対策（実質無担保無保証人事業）） | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 2 |
| 1106 | 農林水産省 | - | 農業経営金融支援対策費補助金 | 農業信用保証保険基盤強化事業（大規模災害被災農業者等支援対策（実質無担保無保証人事業）） | - | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| 1107 | 農林水産省 | - | 林業信用保証事業交付金 | 林業信用保証事業交付金 | 2 | 16 | 5 | 3 | 2 | 31 |
| 1109 | 農林水産省 | - | 漁業緊急保証対策事業 | 漁業緊急保証対策事業 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| 1114 | 経済産業省 | - | 経営安定関連保証等特別基金 | 経営安定関連保証等対策費補助事業 | 79 | 1兆2510 | 60 | 1888 | 90 | 1兆4630 |
| - | 経済産業省 | - | 中小企業再生支援基金 | 中小企業再生支援利子補給金 | - | - | - | - | 0 | 0 |
| 1128 | 経済産業省 | - | 認定支援機関による経営改善計画策定支援補助金により造成された基金 | 認定支援機関による経営改善計画策定支援補助金 | - | 48 | - | 50 | - | 98 |
| - | 経済産業省 | - | 先端設備等導入促進補償制度推進基金 | 先端低炭素設備導入促進補償制度推進事業 | - | 37 | - | - | - | 37 |
| 1133 | 経済産業省 | - | 廃炉・汚染水・処理水対策基金（平成30年度補正予算に係るもの） | 廃炉・汚染水・処理水対策事業 | 155 | 167 | 125 | 120 | 100 | 667 |
| 1135 | 経済産業省 | - | ムーンショット型研究開発基金 | ムーンショット型研究開発事業 | 4 | 4 | 44 | 4 | 240 | 297 |
| 1136 | 経済産業省 | - | ポスト5G情報通信システム基盤強化研究開発基金 | ポスト5G情報通信システム基盤強化研究開発事業 | 1100 | 900 | 1100 | 4850 | 6772 | 1兆4723 |
| 1137 | 経済産業省 | - | 新型コロナウイルス感染症基金 | 新型コロナウイルス感染症特別利子補給事業 | 47 | 3323 | - | - | - | 3370 |
| 1138 | 経済産業省 | - | 新型コロナウイルス感染症基金 | 新型コロナウイルス感染症民間制度融資利子補給事業 | - | 1兆5127 | - | - | - | 1兆5127 |
| 1139 | 経済産業省 | - | 革新的研究開発推進基金 | 創薬ベンチャーエコシステム強化事業 | - | - | 500 | 2999 | - | 3499 |
| 1140 | 経済産業省 | - | 国内投資促進基金 | サプライチェーン対策のための国内投資促進事業費補助金 | - | 5168 | - | 104 | - | 5272 |
| 1141 | 経済産業省 | - | 国内投資促進基金 | 蓄電池の国内生産基盤確保のための先端生産技術導入・開発促進事業 | - | - | 1000 | 15 | - | 1015 |
| 1142 | 経済産業省 | - | 国内投資促進基金 | ワクチン生産体制強化のためのバイオ医薬品製造拠点等整備事業 | - | - | 2273 | 1000 | - | 3274 |
| 1143 | 経済産業省 | - | グリーンイノベーション基金 | グリーンイノベーション基金事業 | - | 2兆0000 | - | 3000 | 4564 | 2兆7564 |
| 1144 | 経済産業省 | - | 中小企業等事業再構築促進基金 | 中小企業等事業再構築促進事業、中小企業省力化投資補助事業、中小企業新事業進出促進事業 | - | 1兆1485 | 6123 | 6800 | 999 | 2兆5408 |
| 1145 | 経済産業省 | - | 特定半導体基金 | 特定半導体基金事業 | - | - | 6170 | 4500 | 6322 | 1兆6992 |
| 1146 | 経済産業省 | - | 処理水風評影響対策基金 | 多核種除去設備等処理水風評影響対策事業 | - | - | 300 | - | - | 300 |
| 1147 | 経済産業省 | - | 経済安全保障重要技術育成基金 | 経済安全保障重要技術育成プログラム | - | - | 1250 | 1250 | - | 2500 |
| 1148 | 経済産業省 | - | 燃料油価格激変緩和基金 | 燃料油価格激変緩和対策事業 | - | - | 4472 | 5兆6660 | 1452 | 6兆2585 |
| 1149 | 経済産業省 | - | ディープテック・スタートアップ支援基金 | ディープテック・スタートアップ支援事業 | - | - | - | 1000 | - | 1000 |
| 1150 | 経済産業省 | - | リスキリングを通じたキャリアアップ支援事業基金 | リスキリングを通じたキャリアアップ支援事業 | - | - | - | 752 | 97 | 850 |
| 1151 | 経済産業省 | - | 安定供給確保支援基金 | 安定供給確保支援事業（永久磁石） | - | - | - | 253 | - | 253 |
| 1152 | 経済産業省 | - | 安定供給確保支援基金 | 安定供給確保支援事業(工作機械及び産業用ロボット) | - | - | - | 416 | 78 | 494 |
| 1153 | 経済産業省 | - | 安定供給確保支援基金 | 安定供給確保支援事業（航空機の部品） | - | - | - | 417 | 326 | 743 |
| 1154 | 経済産業省 | - | 安定供給確保支援基金 | 安定供給確保支援事業（半導体） | - | - | - | 3686 | 4375 | 8062 |
| 1155 | 経済産業省 | - | 安定供給確保支援基金 | 安定供給確保支援事業(クラウドプログラム) | - | - | - | 200 | 1165 | 1365 |
| 1156 | 経済産業省 | - | 安定供給確保支援基金 | 安定供給確保支援事業（蓄電池） | - | - | - | 3316 | 2658 | 5974 |
| 1157 | 経済産業省 | - | 安定供給確保支援基金 | 安定供給確保支援事業（電子部品） | - | - | - | - | 211 | 211 |
| 1158 | 経済産業省 | - | 安定供給確保支援基金 | 安定供給確保支援事業（可燃性天然ガス） | - | - | - | 235 | 329 | 565 |
| 1159 | 経済産業省 | - | 安定供給確保支援基金 | 安定供給確保支援事業（重要鉱物） | - | - | - | 1058 | - | 1058 |
| 1160 | 経済産業省 | - | バイオものづくり革命推進基金 | バイオものづくり革命推進事業 | - | - | - | 3000 | - | 3000 |
| 1161 | 経済産業省 | - | 処理水影響対策支援基金 | ALPS処理水の海洋放出に伴う影響を乗り越えるための漁業者支援事業 | - | - | - | 500 | - | 500 |
| 1162 | 経済産業省 | - | 宇宙戦略基金 | 宇宙戦略基金事業 | - | - | - | - | 1260 | 1260 |
| 1169 | 国土交通省 | - | まち再生基金 | まち再生出資事業 | 55 | - | - | - | - | 55 |
| 1181 | 国土交通省 | - | 住宅市場安定化対策給付基金 | 住宅市場安定化対策事業 | 785 | 1922 | 1190 | 356 | - | 4253 |
| 1185 | 環境省 | - | 産業廃棄物適正処理推進基金（補助率7/10） | 産業廃棄物不法投棄等原状回復支援事業 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 3 |
| 1186 | 環境省 | - | ポリ塩化ビフェニル廃棄物処理基金 | PCB廃棄物対策推進費補助金 | 1 | - | - | - | - | 1 |
| 1189 | 環境省 | - | 地域脱炭素化出資事業基金 | 地域脱炭素化出資事業 | 46 | 48 | 48 | 10 | - | 152 |
| 1191 | 防衛省 | - | 防衛装備移転円滑化基金 | 防衛装備移転円滑化事業 | - | - | - | - | 400 | 400 |
| 計 | 7133 | 8兆9031 | 6兆6220 | 12兆1798 | 4兆8267 | 33兆2451 | ||||