会計検査院は、下記の特別会計の決算額を確認した。
| 所管及び会計名 | 歳入 | 歳出 |
| 円 | 円 | |
| 総理府、大蔵省及び通商産業省 | ||
| 電源開発促進対策 | ||
| 電源立地勘定 | 306,057,983,874 | 102,407,365,323 |
| 電源多様化勘定 | 244,769,534,296 | 188,111,178,509 |
| 総理府、大蔵省及び自治省 | ||
| 交付税及び譲与税配付金 | ||
| 交付税及び譲与税配付金勘定 | 19,305,710,162,179 | 19,117,658,152,430 |
| 交通安全対策特別交付金勘定 | 86,616,348,327 | 79,369,520,951 |
| 法務省 | ||
| 登記 | 128,121,269,833 | 122,741,289,521 |
| 大蔵省 | ||
| 造幣局 | 169,540,682,427 | 169,767,620,573 |
| 印刷局 | 90,540,630,753 | 81,797,160,351 |
| 資金運用部 | 14,232,516,820,059 | 14,222,454,472,255 |
| 国債整理基金 | 45,615,547,746,089 | 41,516,609,303,473 |
| 外国為替資金 | 1,256,607,249,574 | 1,009,198,476,119 |
| 産業投資 | ||
| 産業投資勘定 | 97,900,962,351 | 64,464,246,566 |
| 社会資本整備勘定 | 1,468,772,574,234 | 1,270,207,194,718 |
| 地震再保険 | 26,989,734,853 | 50,506,139 |
| 大蔵省、通商産業省及び労働省 | ||
| 石炭並びに石油及び石油代替エネルギー対策 | ||
| 石炭勘定 | 127,992,049,582 | 97,349,217,239 |
| 石油及び石油代替エネルギー勘定 | 641,516,776,303 | 428,590,958,260 |
| 大蔵省及び建設省 | ||
| 特定国有財産整備 | 322,714,357,995 | 141,764,879,889 |
| 文部省 | ||
| 国立学校 | 2,076,648,514,263 | 2,002,356,913,902 |
| 厚生省 | ||
| 厚生保険 | ||
| 健康勘定 | 6,851,517,644,329 | 6,510,333,417,698 |
| 年金勘定 | 26,058,022,627,416 | 19,415,241,541,803 |
| 制度間調整勘定 | 5,605,209,670,000 | 5,605,209,670,000 |
| 児童手当勘定 | 150,760,414,032 | 118,828,225,606 |
| 業務勘定 | 477,381,114,694 | 470,698,942,951 |
| 船員保険 | 110,488,467,048 | 101,553,511,594 |
| 国立病院 | ||
| 病院勘定 | 471,056,025,218 | 466,350,422,139 |
| 療養所勘定 | 395,857,726,453 | 389,826,252,123 |
| 国民年金 | ||
| 基礎年金勘定 | 7,735,568,451,476 | 7,062,217,278,187 |
| 国民年金勘定 | 5,714,790,673,996 | 5,070,944,938,388 |
| 福祉年金勘定 | 473,206,803,206 | 361,955,470,790 |
| 業務勘定 | 1,405,443,837,982 | 1,402,872,707,864 |
| 農林水産省 | ||
| 食糧管理 | ||
| 国内米管理勘定 | 1,246,684,932,691 | 1,231,674,469,435 |
| 国内麦管理勘定 | 165,065,641,879 | 163,155,888,564 |
| 輸入食糧管理勘定 | 271,220,322,975 | 270,480,861,308 |
| 農産物等安定勘定 | 0 | 0 |
| 輸入飼料勘定 | 93,676,443,201 | 91,596,323,025 |
| 業務勘定 | 168,162,655,093 | 156,661,371,699 |
| 調整勘定 | 1,434,079,364,721 | 1,434,079,364,721 |
| 農業共済再保険 | ||
| 再保険金支払基金勘定 | 14,334,517,697 | 0 |
| 農業勘定 | 51,469,080,233 | 18,656,111,055 |
| 家畜勘定 | 44,890,931,574 | 35,419,306,452 |
| 果樹勘定 | 4,503,673,476 | 2,527,578,778 |
| 園芸施設勘定 | 3,106,286,991 | 2,386,346,009 |
| 業務勘定 | 1,245,552,623 | 1,245,552,590 |
| 森林保険 | 13,402,765,037 | 1,839,606,960 |
| 漁船再保険及漁業共済保険 | ||
| 漁船普通保険勘定 | 37,494,335,578 | 21,222,339,811 |
| 漁船特殊保険勘定 | 237,797,491 | 314,001,000 |
| 漁船乗組員給与保険勘定 | 50,974,588 | 15,223,878 |
| 漁業共済保険勘定 | 7,741,064,000 | 5,393,694,762 |
| 業務勘定 | 959,256,209 | 959,241,495 |
| 農業経営基盤強化措置 | 56,672,463,970 | 18,395,632,381 |
| 国有林野事業 | ||
| 国有林野事業勘定 | 575,202,321,354 | 576,357,501,915 |
| 治山勘定 | 174,135,944,057 | 174,015,520,669 |
| 国営土地改良事業 | 479,946,759,048 | 463,909,392,387 |
| 通商産業省 | ||
| アルコール専売事業 | 39,288,561,121 | 28,528,880,438 |
| 貿易保険 | 520,951,621,345 | 520,754,579,863 |
| 特許 | 60,035,404,084 | 53,754,693,553 |
| 運輸省 | ||
| 自動車損害賠償責任再保険 | ||
| 保険勘定 | 2,865,538,350,487 | 470,296,179,188 |
| 保障勘定 | 122,689,359,150 | 7,429,961,731 |
| 業務勘定 | 1,798,804,840 | 1,765,679,104 |
| 港湾整備 | ||
| 港湾整備勘定 | 408,875,525,046 | 401,876,264,851 |
| 特定港湾施設工事勘定 | 8,880,313,465 | 8,353,346,637 |
| 自動車検査登録 | 44,536,249,546 | 36,800,270,258 |
| 空港整備 | 422,635,267,577 | 349,825,023,531 |
| 郵政省 | ||
| 郵政事業 | 5,992,445,749,145 | 5,995,514,287,197 |
| 郵便貯金 | ||
| 一般勘定 | 9,181,187,359,904 | 7,526,995,787,019 |
| 金融自由化対策特別勘定 | 4,018,530,482,431 | 4,003,991,664,378 |
| 簡易生命保険及郵便年金 | ||
| 保険勘定 | 10,738,196,772,753 | 5,851,442,729,165 |
| 年金勘定 | 570,749,160,920 | 89,578,134,336 |
| 労働省 | ||
| 労働保険 | ||
| 労災勘定 | 2,173,477,733,686 | 1,087,945,729,802 |
| 雇用勘定 | 2,307,028,963,985 | 1,509,109,777,378 |
| 徴収勘定 | 3,534,993,582,356 | 3,521,325,115,739 |
| 建設省 | ||
| 道路整備 | 3,453,160,195,019 | 3,328,051,932,816 |
| 治水 | ||
| 治水勘定 | 1,209,849,375,510 | 1,172,724,001,843 |
| 特定多目的ダム建設工事勘定 | 270,212,049,457 | 250,882,389,175 |
| 都市開発資金融通 | 106,235,073,379 | 105,659,052,330 |
| 計 | 194,543,445,892,534 | 168,583,841,644,587 |