この特別会計は、国が施行する港湾整備事業に関する経理及び港湾管理者が施行する港湾整備事業に対する負担金又は補助金の交付等に関する経理を一般会計と区分して行うため設置されているものである。
 同特別会計は、港湾整備及び特定港湾施設工事の2勘定に区分して経理されており、その勘定別の2年度の歳入歳出決算及び主な業務実績は次のとおりである。
(港湾整備勘定)
1 歳入歳出決算
| 区分 | 2年度 | (元年度) | 
| (歳入) | ||
| 徴収決定済額 | 千円 408,875,525 | 千円 402,385,390 | 
| 収納済歳入額 | 408,875,525 | 402,385,390 | 
| (歳出) | ||
| 歳出予算現額 | 413,154,396 | 411,387,255 | 
| 支出済歳出額 | 401,876,264 | 397,607,988 | 
| 翌年度繰越額 | 8,710,908 | 10,107,506 | 
| 不用額 | 2,567,223 | 3,671,761 | 
2 主な業務実績
| 区分 | 2年度 | (元年度) | 
| (直轄事業) | ||
| 港湾の整備 | 124港 | 120港 | 
| 航路の整備 | 15航路 | 15航路 | 
| (補助事業) | ||
| 港湾の整備 | 530港 | 528港 | 
(特定港湾施設工事勘定)
1 歳入歳出決算
| 区分 | 2年度 | (元年度) | 
| (歳入) | ||
| 徴収決定済額 | 千円 8,880,313 | 千円 9,437,060 | 
| 収納済歳入額 | 8,880,313 | 9,437,060 | 
| (歳出) | ||
| 歳出予算現額 | 8,947,606 | 9,318,052 | 
| 支出済歳出額 | 8,353,346 | 9,053,457 | 
| 翌年度繰越額 | 413,236 | 47,427 | 
| 不用額 | 181,023 | 217,167 | 
2主な業務実績
| 区分 | 2年度 | (元年度) | 
| (直轄事業) | ||
| エネルギー港湾施設の整備 | 6港 | 5港 | 
| 物資別専門埠頭港湾施設の整備 | 2港 | 1港 |