会計検査院は、下記の特別会計の決算額を確認した。
| 所管及び会計名 | 歳入 | 歳出 |
| 円 | 円 | |
| 総理府、大蔵省及び通商産業省 | ||
| 電源開発促進対策 | ||
| 電源立地勘定 | 320,058,280,579 | 106,877,740,003 |
| 電源多様化勘定 | 252,981,717,630 | 190,704,612,884 |
| 総理府、大蔵省及び自治省 | ||
| 交付税及び譲与税配付金 | ||
| 交付税及び譲与税配付金勘定 | 18,534,986,835,896 | 18,186,038,003,815 |
| 交通安全対策特別交付金勘定 | 102,836,895,009 | 94,930,432,271 |
| 法務省 | ||
| 登記 | 134,411,929,637 | 129,396,634,578 |
| 大蔵省 | ||
| 造幣局 | 25,147,121,020 | 26,210,765,443 |
| 印刷局 | 95,826,016,831 | 87,167,385,073 |
| 資金運用部 | 15,703,886,125,687 | 15,690,428,089,560 |
| 国債整理基金 | 46,486,809,023,565 | 41,392,493,391,566 |
| 外国為替資金 | 1,106,687,594,538 | 817,493,740,447 |
| 産業投資 | ||
| 産業投資勘定 | 93,747,006,191 | 61,767,801,301 |
| 社会資本整備勘定 | 1,473,726,762,998 | 1,326,403,936,875 |
| 地震再保険 | 29,319,185,540 | 55,548,687 |
| 大蔵省、通商産業省及び労働省 | ||
| 石炭並びに石油及び石油代替エネルギー対策 | ||
| 石炭勘定 | 128,273,932,571 | 104,671,380,316 |
| 石油及び石油代替エネルギー勘定 | 649,833,048,101 | 439,508,460,202 |
| 大蔵省及び建設省 | ||
| 特定国有財産整備 | 302,854,914,780 | 152,477,280,705 |
| 文部省 | ||
| 国立学校 | 2,162,271,220,983 | 2,087,660,811,151 |
| 厚生省 | ||
| 厚生保険 | ||
| 健康勘定 | 7,342,393,766,979 | 6,973,402,629,928 |
| 年金勘定 | 29,513,863,734,384 | 22,378,057,826,492 |
| 制度間調整勘定 | 7,539,910,896,000 | 7,539,910,896,000 |
| 児童手当勘定 | 151,590,125,369 | 120,756,940,986 |
| 業務勘定 | 518,606,147,938 | 509,558,156,606 |
| 船員保険 | 113,840,099,529 | 99,747,524,748 |
| 国立病院 | ||
| 病院勘定 | 492,445,052,629 | 486,128,548,878 |
| 療養所勘定 | 409,656,682,395 | 405,039,416,868 |
| 国民年金 | ||
| 基礎年金勘定 | 8,493,467,679,704 | 7,749,728,618,030 |
| 国民年金勘定 | 6,239,948,545,827 | 5,281,517,016,069 |
| 福祉年金勘定 | 402,567,150,390 | 314,294,386,206 |
| 業務勘定 | 1,542,051,532,970 | 1,538,079,593,373 |
| 農林水産省 | ||
| 食糧管理 | ||
| 国内米管理勘定 | 998,368,890,192 | 990,099,629,914 |
| 国内麦管理勘定 | 125,857,631,941 | 125,606,948,593 |
| 輸入食糧管理勘定 | 267,945,250,162 | 262,492,459,507 |
| 農産物等安定勘定 | 0 | 0 |
| 輸入飼料勘定 | 94,233,377,959 | 92,623,709,646 |
| 業務勘定 | 146,496,380,256 | 145,896,346,950 |
| 調整勘定 | 1,148,172,096,980 | 1,148,172,096,980 |
| 農業共済再保険 | ||
| 再保険金支払基金勘定 | 15,020,053,852 | 5,261,439,000 |
| 農業勘定 | 76,822,950,472 | 72,528,765,240 |
| 家畜勘定 | 45,932,179,884 | 33,893,997,163 |
| 果樹勘定 | 9,690,249,237 | 8,028,310,921 |
| 園芸施設勘定 | 7,054,435,679 | 4,970,854,958 |
| 業務勘定 | 1,327,980,393 | 1,327,979,840 |
| 森林保険 | 13,247,133,618 | 2,718,577,694 |
| 漁船再保険及漁業共済保険 | ||
| 漁船普通保険勘定 | 38,225,693,678 | 23,241,974,673 |
| 漁船特殊保険勘定 | 228,547,625 | 143,559,860 |
| 漁船乗組員給与保険勘定 | 53,310,139 | 7,639,200 |
| 漁業共済保険勘定 | 9,140,887,238 | 8,057,588,414 |
| 業務勘定 | 984,150,859 | 984,140,235 |
| 農業経営基盤強化措置 | 56,281,340,531 | 20,644,337,614 |
| 国有林野事業 | ||
| 国有林野事業勘定 | 576,518,807,059 | 587,811,813,886 |
| 治山勘定 | 178,364,361,804 | 178,331,319,731 |
| 国営土地改良事業 | 486,348,647,197 | 469,889,483,706 |
| 通商産業省 | ||
| アルコール専売事業 | 41,150,285,766 | 29,466,001,427 |
| 貿易保険 | 747,233,533,147 | 747,042,163,650 |
| 特許 | 65,650,467,936 | 60,727,961,086 |
| 運輸省 | ||
| 自動車損害賠償責任再保険 | ||
| 保険勘定 | 3,100,862,717,561 | 490,704,257,342 |
| 保障勘定 | 128,361,817,392 | 7,153,119,400 |
| 業務勘定 | 2,053,148,537 | 1,989,145,184 |
| 港湾整備 | ||
| 港湾整備勘定 | 419,674,082,018 | 407,165,686,847 |
| 特定港湾施設工事勘定 | 13,177,823,267 | 12,871,974,105 |
| 自動車検査登録 | 48,539,135,967 | 39,798,470,607 |
| 空港整備 | 502,833,082,731 | 448,206,503,937 |
| 郵政省 | ||
| 郵政事業 | 6,087,338,654,340 | 6,110,633,274,920 |
| 郵便貯金 | ||
| 一般勘定 | 10,628,876,174,002 | 8,077,557,688,634 |
| 金融自由化対策特別勘定 | 4,738,294,648,667 | 4,733,403,391,555 |
| 簡易生命保険 | 12,701,728,402,001 | 6,667,865,433,970 |
| 労働省 | ||
| 労働保険 | ||
| 労災勘定 | 2,246,925,172,124 | 1,131,455,206,449 |
| 雇用勘定 | 2,551,407,986,360 | 1,558,672,566,219 |
| 徴収勘定 | 3,811,577,809,032 | 3,810,821,254,026 |
| 建設省 | ||
| 道路整備 | 3,615,380,523,946 | 3,466,597,859,673 |
| 治水 | ||
| 治水勘定 | 1,257,910,230,404 | 1,220,039,853,801 |
| 特定多目的ダム建設工事勘定 | 266,948,343,200 | 253,798,874,806 |
| 都市開発資金融通 | 130,216,308,610 | 130,117,269,608 |
| 計 | 207,766,453,729,433 | 177,879,328,500,032 |