会計検査院は、下記の特別会計の決算額を確認した。
| 所管及び会計名 | 歳入 | 歳出 |
| 円 | 円 | |
| 総理府、大蔵省及び通商産業省 | ||
| 電源開発促進対策 | ||
| 電源立地勘定 | 262,521,878,597 | 148,768,658,256 |
| 電源多様化勘定 | 311,149,577,839 | 211,450,236,712 |
| 総理府、大蔵省及び自治省 | ||
| 交付税及び譲与税配付金 | ||
| 交付税及び譲与税配付金勘定 | 32,100,059,224,425 | 30,974,074,179,450 |
| 交通安全対策特別交付金勘定 | 97,961,960,216 | 89,934,322,946 |
| 法務省 | ||
| 登記 | 189,995,582,961 | 159,387,961,408 |
| 大蔵省 | ||
| 造幣局 | 31,654,423,261 | 31,694,655,713 |
| 印刷局 | 105,530,088,217 | 96,733,563,950 |
| 資金運用部 | 19,066,964,335,287 | 19,053,834,013,885 |
| 国債整理基金 | 67,114,047,200,735 | 59,718,912,740,555 |
| 外国為替資金 | 1,549,168,681,629 | 312,332,911,898 |
| 産業投資 | ||
| 産業投資勘定 | 110,108,418,533 | 58,066,183,633 |
| 社会資本整備勘定 | 238,716,385,301 | 219,325,324,918 |
| 地震再保険 | 49,263,476,690 | 375,234,138 |
| 大蔵省、通商産業省及び労働省 | ||
| 石炭並びに石油及びエネルギー需給構造高度化対策 | ||
| 石炭勘定 | 117,626,922,245 | 82,685,752,957 |
| 石油及びエネルギー需給構造高度化勘定 | 862,189,514,889 | 469,375,672,413 |
| 大蔵省及び建設省 | ||
| 特定国有財産整備 | 299,859,399,248 | 181,737,840,892 |
| 文部省 | ||
| 国立学校 | 2,879,221,414,565 | 2,666,676,789,790 |
| 厚生省 | ||
| 厚生保険 | ||
| 健康勘定 | 8,667,992,890,473 | 8,688,276,903,922 |
| 年金勘定 | 39,314,653,837,411 | 32,676,554,917,699 |
| 制度間調整勘定 | 11,619,332,699,669 | 11,619,332,699,669 |
| 児童手当勘定 | 180,551,093,859 | 167,209,353,262 |
| 業務勘定 | 726,594,005,879 | 694,564,233,004 |
| 船員保険 | 103,921,996,042 | 100,462,491,415 |
| 国立病院 | ||
| 病院勘定 | 674,492,180,486 | 611,143,931,377 |
| 療養所勘定 | 480,345,414,376 | 436,902,650,173 |
| 国民年金 | ||
| 基礎年金勘定 | 12,857,532,327,247 | 11,624,721,210,196 |
| 国民年金勘定 | 6,863,492,261,361 | 5,919,125,939,150 |
| 福祉年金勘定 | 171,781,944,314 | 144,565,107,042 |
| 業務勘定 | 2,039,323,339,638 | 2,028,080,292,546 |
| 農林水産省 | ||
| 食糧管理 | ||
| 国内米管理勘定 | 998,665,924,468 | 998,523,560,121 |
| 国内麦管理勘定 | 97,150,102,065 | 97,107,741,055 |
| 輸入食糧管理勘定 | 307,472,144,318 | 306,844,115,021 |
| 農産物等安定勘定 | 0 | 0 |
| 輸入飼料勘定 | 96,082,054,138 | 96,062,505,562 |
| 業務勘定 | 151,760,354,315 | 148,522,468,905 |
| 調整勘定 | 1,584,688,713,017 | 1,584,688,713,017 |
| 農業共済再保険 | ||
| 再保険金支払基金勘定 | 8,872,614,816 | 0 |
| 農業勘定 | 146,670,931,350 | 146,542,093,976 |
| 家畜勘定 | 55,709,643,961 | 32,386,594,436 |
| 果樹勘定 | 9,090,694,990 | 4,332,039,933 |
| 園芸施設勘定 | 5,387,983,249 | 3,383,506,821 |
| 業務勘定 | 1,351,731,163 | 1,351,730,948 |
| 森林保険 | 12,124,379,774 | 1,867,948,658 |
| 漁船再保険及漁業共済保険 | ||
| 漁船普通保険勘定 | 39,945,217,236 | 23,632,310,599 |
| 漁船特殊保険勘定 | 348,887,675 | 70,973,000 |
| 漁船乗組員給与保険勘定 | 75,821,868 | 0 |
| 漁業共済保険勘定 | 10,147,722,107 | 8,417,270,682 |
| 業務勘定 | 1,167,903,259 | 1,167,903,241 |
| 農業経営基盤強化措置 | 112,133,665,609 | 29,374,509,004 |
| 国有林野事業 | ||
| 国有林野事業勘定 | 558,419,121,235 | 558,466,573,543 |
| 治山勘定 | 224,722,717,878 | 224,134,175,653 |
| 国営土地改良事業 | 645,457,448,929 | 624,311,999,989 |
| 通商産業省 | ||
| アルコール専売事業 | 48,650,999,048 | 32,237,761,449 |
| 貿易保険 | 609,825,877,846 | 599,750,279,542 |
| 特許 | 129,737,880,158 | 72,235,959,027 |
| 運輸省 | ||
| 自動車損害賠償責任再保険 | ||
| 保険勘定 | 2,640,258,833,115 | 532,171,143,802 |
| 保障勘定 | 96,398,101,888 | 8,567,882,751 |
| 業務勘定 | 2,412,617,001 | 2,392,954,417 |
| 港湾整備 | ||
| 港湾整備勘定 | 609,230,538,112 | 579,014,224,045 |
| 特定港湾施設工事勘定 | 28,769,932,295 | 28,503,116,787 |
| 自動車検査登録 | 61,866,812,329 | 44,376,310,234 |
| 空港整備 | 602,132,871,960 | 530,172,513,500 |
| 郵政省 | ||
| 郵政事業 | 7,331,246,949,757 | 7,347,533,489,974 |
| 郵便貯金 | ||
| 一般勘定 | 14,528,448,434,952 | 9,378,384,219,837 |
| 金融自由化対策特別勘定 | 6,725,972,213,564 | 6,720,728,151,157 |
| 簡易生命保険 | 17,566,076,488,831 | 11,196,274,427,358 |
| 労働省 | ||
| 労働保険 | ||
| 労災勘定 | 2,061,493,207,843 | 1,280,352,694,994 |
| 雇用勘定 | 2,723,947,030,831 | 2,715,028,540,284 |
| 徴収勘定 | 3,478,056,709,406 | 3,477,590,026,772 |
| 建設省 | ||
| 道路整備 | 5,114,390,644,487 | 4,559,601,478,220 |
| 治水 | ||
| 治水勘定 | 1,704,853,399,615 | 1,577,990,417,718 |
| 特定多目的ダム建設工事勘定 | 323,457,454,827 | 297,170,742,202 |
| 都市開発資金融通 | 173,773,812,320 | 152,900,066,721 |
| 計 | 280,714,499,062,998 | 245,210,470,907,924 |