エネルギー使用合理化技術開発事業の実施に当たり、仕入税額控除した消費税額に係る補助金を返還していないもの

（３１５）エネルギー使用合理化技術開発事業の実施に当たり、仕入税額控除した消費税額に係る補助金を返還していないもの

１　補助事業の概要

（１）補助事業の概要

　この補助事業は、株式会社神戸製鋼所が、国からエネルギー使用合理化鉄鋼関連技術等開発費補助金等の交付を受け、エネルギーの使用の合理化に資するため、平成１５、１６両年度に電気炉で発生したダストに含まれる亜鉛、鉛、鉄分等を回転炉床炉を用いて高効率に回収するための技術開発を実施したものである。
　同会社では、本件補助事業を消費税（地方消費税を含む。以下同じ。）を含め、事業費計３０５，９５６，５３７円（補助対象事業費同額、これに対する国庫補助金計２８１，９５５，６５８円）で実施している。そして、経済産業省に対し１６年４月及び１７年４月に実績報告書を提出するなどし、これにより国庫補助対象事業費の精算を受けていた。

（２）補助事業における消費税の取扱い

　消費税は、事業者が課税対象となる取引を行った場合に納税義務が生じるが、生産、流通の各段階で重ねて課税されないように、確定申告において、課税売上高に対する消費税額から課税仕入れに係る消費税額を控除（以下、この控除を「仕入税額控除」といい、控除する額を「消費税仕入控除税額」という。）する仕組みが採られている。
　そして、補助事業の事業主体が補助対象の設備を取得することなども課税仕入れに該当し、上記の仕組みにより確定申告の際に課税仕入れに係る消費税額を仕入税額控除した場合には、事業主体は補助事業で取得した設備等に係る消費税を実質的に負担していないことになる。
　このため、補助事業の事業主体は、「エネルギー使用合理化鉄鋼関連技術等開発費補助金交付要綱」（平成１５・０４・２５財製第４号）等により、実績報告書の提出後に、消費税の申告により課税売上高に対する消費税額から補助事業に係る消費税額を課税仕入れに係るものとして控除し、補助金に係る消費税仕入控除税額が確定したときには、その金額を速やかに経済産業大臣に報告するとともに、当該金額を返還しなければならないこととなっている。

２　検査の結果

　この補助事業について、実績報告書等により検査したところ、同会社は１６年５月及び１７年５月に両年度の消費税の確定申告を行い、本件補助事業に係る消費税額計１０，６６３，６６２円を課税仕入れに係る消費税額として控除していた。
　しかし、同会社では、上記の消費税仕入控除税額のうち本件補助金に係る額計９，７７４，３８０円を経済産業大臣に報告、返還しておらず、不当と認められる。
　このような事態が生じていたのは、同会社において、補助事業における消費税の取扱いについての理解が十分でなかったこと、経済産業省において、本件補助事業の消費税の取扱いについての指導が十分でなかったことなどによると認められる。