公益法人の営む収益事業に対する法人税の課税状況について

第３　公益法人の営む収益事業に対する法人税の課税状況について

１　検査の背景及び公益法人に関する税制の概要

（１）検査の背景

　我が国の公益法人制度は、民法（明治２９年法律第８９号）の制定以来、１００年以上にわたり抜本的な見直しが行われておらず、従来から公益法人（民法第３４条の規定に基づき設立された社団法人及び財団法人をいう。以下同じ。）の在り方に対する批判や問題点の指摘が行われてきた。指摘されていた問題点の主なものは、内閣官房行政改革推進事務局が取りまとめた「公益法人制度についての問題意識」（平成１３年７月）などによると、〔1〕主務官庁による公益性の判断が不統一となっているのではないか、〔2〕公益に関する事業を行うはずの公益法人が、公益とは言い難い事業を行っているのではないか、〔3〕主務官庁の指導監督が行き届いていないのではないか、〔4〕公益法人の適切な運営を確保するための内部管理機能が不十分なのではないか、〔5〕公益法人の情報開示が徹底されていないのではないか、〔6〕営利法人が行う事業内容と大きな差がないものが税の恩典を受けるのは不公平ではないかなどである。政府では、これらの諸問題に適切に対処することが喫緊の課題であることから、同事務局を中心に公益法人制度を抜本的に見直すための検討を進め、平成１５年６月に「公益法人制度の抜本的改革に関する基本方針」を閣議決定した。また、行政改革担当大臣の下に公益法人制度改革に関する有識者会議を設置し、従来の公益法人制度に代わる新たな非営利法人制度の具体的な在り方等についての検討を行った。そして、政府では、１６年１２月に閣議決定した「今後の行政改革の方針」における「公益法人改革の基本的枠組み」及び１７年１２月に閣議決定した「行政改革の重要方針」を踏まえ、第１６４回国会に公益法人制度改革関連３法案を提出した。同法案は１８年５月に可決・成立し、公布の日である同年６月２日から２年６箇月を超えない範囲内において政令で定める日から施行されることとなっている。
　上記の公益法人制度改革関連３法（注１） による新たな公益法人制度の概要は、次のとおりである。
〔1〕 法人格の取得と公益性の判断が分離され、社団又は財団は、主たる事務所の所在地において設立の登記をすることにより、「一般社団法人」又は「一般財団法人」として法人格が与えられる。
〔2〕 「一般社団法人」又は「一般財団法人」は、内閣総理大臣又は都道府県知事に公益性の認定の申請を行い、公益認定等委員会又は都道府県に置かれる合議制の機関の意見に基づき公益性があると認定を受けた場合に、「公益社団法人」又は「公益財団法人」となることができる。
〔3〕 現行の公益法人は、法施行の日から起算して５年を経過する日までの期間（以下「経過期間」という。）は特例民法法人として存続し、経過期間内に、「公益社団法人」若しくは「公益財団法人」へ移行するための認定の申請又は通常の「一般社団法人」若しくは「一般財団法人」へ移行するための認可の申請をすることができる。そして、経過期間内に上記の認定又は認可を受けなかった特例民法法人は、原則として期間満了の日に解散したものとみなされる。
　また、新たな公益法人制度の下での税制に関する検討は、政府税制調査会が１７年４月に設置した基礎問題小委員会及び非営利法人課税ワーキング・グループ合同会議等において行われ、「公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律」第５８条においては、「公益法人が行う公益目的事業に係る活動が果たす役割の重要性にかんがみ、当該活動を促進しつつ適正な課税の確保を図るため、公益法人並びにこれに対する寄附を行う個人及び法人に関する所得課税に関し、所得税、法人税及び相続税並びに地方税の課税についての必要な措置その他所要の税制上の措置を講ずるものとする。」とされている。そして、前記の「行政改革の重要方針」では、具体的な税制については、政府等において公益法人制度改革関連３法の施行期日までに検討することとされている。

（２）公益法人に関する税制の概要

ア　沿革

　公益法人の営む収益事業に対して法人税を課税することとなったのは、シャウプ勧告に基づく昭和２５年の法人税法改正によるもので、それまでは収益事業、収益事業以外の事業（以下「非収益事業」という。）を問わず非課税とされていた。同勧告に基づく公益法人の収益事業に対する課税は、他の競争関係にある営利事業を営む法人との課税の公平性を考慮した結果であり、収益事業から生じた所得に対する法人税率は普通法人に対する法人税率と同率とされた。また、同時に公益法人の本来目的である公益活動の財源に充てるために収益事業を行っているという実態に配慮し、収益事業から非収益事業への支出を寄附金とみなして損金算入限度額まで損金算入を認めることとした。
　その後、公益法人の営む収益事業から生じた所得に対する法人税率については、２７年に普通法人に対する法人税率が引き上げられた際に据え置かれ、図１のとおり、普通法人に対する法人税率と比べて軽減されている。そして、現行の法人税率は、「経済社会の変化等に対応して早急に講ずべき所得税及び法人税の負担軽減措置に関する法律」（平成１１年法律第８号）第１６条の規定により、普通法人３０％に対して公益法人２２％となっている。また、収益事業の業種は、旧法人税法施行規則（昭和２２年勅令第１１１号）第１条の２の規定により物品販売業等の２９業種に限定されていたが、その後、不動産貸付業等の数業種が追加等され、現在は、法人税法施行令（昭和４０年政令第９７号）第５条第１項において、３３業種（注２） が収益事業として規定されている。

図１　公益法人に係る法人税率の推移

イ　公益法人に対する課税に関する処理状況

　公益法人の数は、「平成１７年版公益法人白書」によると、２５，５４１法人となっている。そして、国税庁公表資料によると、税務署等における公益法人の課税に関する処理状況は、表１のとおり、各年とも１万法人程度で推移している。

ウ　公益法人と普通法人の法人税の課税における相違点

　公益法人と普通法人の法人税の課税における相違点は表２のとおりであり、公益法人に係る法人税率は２２％と普通法人の３０％に比べて低率になっている。また、公益法人が収益事業に属する資産のうちから非収益事業のために支出した金額は寄附金の額とみなすこととされている。

エ　収益事業を営む公益法人の区分経理等

　法人税法施行令第６条では、公益法人は、収益事業から生ずる所得に関する経理と非収益事業から生ずる所得に関する経理とを区分して行わなければならないこととされている（以下、それぞれの経理を「収益事業会計」、「非収益事業会計」という。）。そして、この区分経理は、収益及び費用に関する経理ばかりでなく、資産及び負債に関する経理についても行われなければならず、また、公益法人は、法人税法第７４条（確定申告）の規定により事業年度終了後２箇月以内に所轄税務署に提出を要する法人税確定申告書に、上記の規定に基づき作成された収益事業会計及び非収益事業会計の貸借対照表、損益計算書を添付しなければならないこととなっている。

オ　みなし寄附金

　法人税法第３７条第５項等の規定により、公益法人が収益事業に属する資産のうちから非収益事業のために支出（以下、この資産の移動を「非収益事業会計への繰入れ」又は「収益事業会計からの繰入れ」という。）した金額は、その額を収益事業に係る寄附金の額とみなして、収益事業に係る所得の計算上、他の寄附金と合わせ損金算入限度額（原則として所得の金額の２０％）の範囲内で損金算入できること（以下「みなし寄附金」という。）となっている。そして、このみなし寄附金の規定の適用により、公益法人の課税所得は実質的に減殺されるといわれている。すなわち、公益法人の営む収益事業から生じた所得に対しては、法人税率２２％が適用されることとなっているが、このみなし寄附金の規定の適用により損金算入限度額をすべて利用した場合、法人税額の実質的な負担割合は１７．６％に軽減されることになる。

カ　公益法人に対する法人税が非課税となっている事業等

　収益事業とされている前記の３３業種から除外され、法人税が非課税となる主な事業には、次のようなものがある。
（ア）国又は地方公共団体に対し直接貸し付けられる不動産の貸付業
（イ）主として住宅の用に供される土地の貸付けで、その貸付けの対価の額が低廉であるなどの所定の要件を満たす不動産の貸付業
（ウ）国又は地方公共団体の用に供するための席貸業（不特定又は多数の者の娯楽、遊興等の用に供するためのものを除く。）
（エ）保証料が低額であるなどの所定の要件を満たす信用保証業
　また、預金の受取利息、有価証券の受取配当、固定資産売却益、有価証券売却益等のうち収益事業に付随しないものは、法人税が非課税となっている。

２　検査の観点、着眼点及び方法

　前記のとおり、公益法人制度改革関連３法では、公益性があるとの認定を受けて新制度へ移行する公益法人を含め、新たに認定される「公益社団法人」及び「公益財団法人」について税制上必要な措置を講ずることとされており、その具体的な内容については、今後政府等において検討されることとなっている。
　そこで、有効性等の観点から、公益法人の営む収益事業に対する現行の法人税の課税がどのような状況になっているかに着眼して検査した。
　検査は、東京国税局及び札幌中税務署ほか９２税務署（注３） において、平成１６年４月から１７年３月までの間に法人税の申告があった公益法人から９９７法人（３７４社団法人、６２３財団法人）を抽出し、法人税確定申告書及びこれに添付された決算書等に基づき、損益計算書等の提出状況、法人の収入に占める収益事業の割合並びに収益事業会計及び非収益事業会計の収支状況等を把握するとともに、収益事業会計と非収益事業会計の損益計算書等及び貸借対照表等からその資産の移動等を分析するなどして行った。

３　検査の状況

（１）収益事業の状況

ア　申告した所得の状況について

　９９７法人が提出した法人税の確定申告書等をみたところ、表３のとおり、課税所得金額を計上した法人は８４７法人で、法人税額は２１３億７３１１万円、１法人当たりの平均税額は２５２３万円となっていた。また、欠損金額を計上した法人は４８法人で、欠損金額は１０億６２５２万円となっていた。そして、残り１０２法人は、課税所得を０円と申告していた。

イ　損益計算書等の提出状況及びみなし寄附金の規定の適用状況について

　前記のとおり、公益法人は、法人税の確定申告に当たり、収益事業会計及び非収益事業会計の両会計の損益計算書等を確定申告書に添付して提出することとなっている。しかし、９９７法人のうち２９７法人において、両会計の損益計算書等が添付されていなかった。
　また、表４のとおり、両会計の損益計算書等を提出している７００法人のうち４８７法人において、みなし寄附金の規定が適用されていた。

ウ　公益法人が営む収益事業の業種について

　法人税が課税される収益事業の業種は、物品販売業等の３３業種に限定されている。９９７法人についてみたところ、収益事業の業種を確認できたのは９７８法人で、営まれている業種は２７業種となっていた。そして、表５のとおり、その件数は１，８３８件、収入金額は１兆６５２３億５３４２万円となっており、請負業、物品販売業等の上位５業種で１，２７２件、およそ７０％を占めていた。

　また、法人が営んでいる業種の数についてみたところ、図２のとおり、１業種を営んでいる法人が４９１法人（５０．２％）、２業種以上を営んでいる法人が４８７法人（４９．８％）となっており、そのうち８０法人（８．２％）では、４業種以上を営んでいた。

図２　法人が営んでいる業種の数

（２）法人の収入に占める収益事業の割合について

　９９７法人のうち、法人税の確定申告に際し、収益事業会計と非収益事業会計の両会計に係る損益計算書等を提出している７００法人について、収益事業に係る収入金額と非収益事業に係る収入金額（非収益事業会計への繰入額を除いた金額）の合計額に占める収益事業の収入金額の割合（以下「収益事業割合」という。）をみたところ、表６のとおり、４８５法人において収益事業割合が５０％超となっており、そのうち収入金額のすべてが収益事業によるもので収益事業割合が１００％となっている法人は２０法人となっていた。

　上記の収益事業割合が１００％となっている２０法人のうち、課税所得金額を計上した法人は、表７のとおり、１５法人となっており、その法人税額は１億１００７万円となっていた。

　また、上記の収益事業割合が１００％となっている２０法人が営む収益事業の業種及びその収入金額をみたところ、図３のとおり、請負業が３３億２８５０万円、医療保健業が２０億９０８５万円、遊技所業が１７億９７７５万円となっていた。そして、主な収入は、請負業では地方公共団体等からの公共建築物の施設管理等に係る収入、医療保健業では病院経営による収入、遊技所業ではゴルフ場経営等による収入となっていた。

図３　収益事業割合１００％の法人が営む収益事業の業種等の状況

（３）みなし寄附金の規定を適用していた場合等の法人税の負担割合について

　前記のとおり、公益法人がみなし寄附金の規定を適用して損金算入をする場合、収益事業に課税される所得の額が実質的に減殺されるといわれている。そこで、みなし寄附金の規定を適用している４８７法人のうち、収益事業会計の収支が黒字で非収益事業会計への繰入れを行った後も課税される所得があり、かつ、外部への寄附金の支出がない４３４法人についてみたところ、表８のとおり、法人税の実質的な負担割合が１７．６％となっている法人は３２４法人、１７．６％超２２％未満となっている法人は１１０法人となっていた。そして、法人税率が３０％となっている普通法人と比較すると、軽減されていると推計される税額は１９２億００１２万円となっていた。

（４）収益事業会計及び非収益事業会計の収支状況等について

ア　非収益事業会計への繰入れを行った収益事業会計の収支状況等

　収益事業会計と非収益事業会計の両会計の損益計算書等を提出している７００法人のうち、非収益事業会計への繰入れがある４８７法人についてみたところ、図４のとおり、１６法人において非収益事業会計への繰入れ前における収益事業会計の収支が赤字となっており（図４のＡ）、残り４７１法人では、その営む収益事業会計の収支が黒字となっていた。また、非収益事業会計への繰入れ後の収益事業会計の収支状況をみたところ、８２法人において繰入れにより収支が０となっており（繰入額７６億５６０４万円。図４のＣ）、７１法人において収支が赤字となっていた（同８６億０２６６万円。図４のＢ）。
　そして、これら１５３法人（図４のＢ及びＣ）のうち、欠損を申告したものは４法人、課税所得０円を申告したものは３法人となっており、残り１４６法人は、課税所得を申告していた。

図４　収益事業会計の収支と非収益事業会計への繰入れとの関係

Ａ　収益事業会計の収支が赤字だが、非収益事業会計への繰入れを行っているもの
Ｂ　収益事業会計の収支が黒字だが、非収益事業会計への繰入れにより収益事業会計の収支が赤字となるもの
Ｃ　収益事業会計の収支が黒字だが、非収益事業会計への繰入れにより収益事業会計の収支が０となるもの
Ｄ　収益事業会計の収支が黒字で、非収益事業会計への繰入れを行っても収益事業会計の収支が黒字であるもの

イ　非収益事業会計の収支と収益事業会計からの繰入れとの関係

　前記の４８７法人における非収益事業会計の収支状況についてみたところ、図５のとおり、３７７法人（図５のＢ、Ｃ及びＤ）では、収益事業会計からの繰入れによって非収益事業会計の費用を賄っていた（繰入額３０７億７００２万円）。しかし、１１０法人（図５のＡ、同２４２億１１２２万円）においては、非収益事業会計の収支は黒字であるのに、収益事業会計からの繰入れを受けていた。

図５　非収益事業会計の収支と収益事業会計からの繰入れとの関係

Ａ　収益事業会計からの繰入れがなくても非収益事業会計の収支は黒字だが、収益事業会計からの繰入れがあるもの
Ｂ　収益事業会計からの繰入れがないと非収益事業会計の収支は赤字だが、収益事業会計からの繰入れにより黒字となるもの
Ｃ　収益事業会計からの繰入れがないと非収益事業会計の収支は赤字だが、収益事業会計からの繰入れにより０となるもの
Ｄ　非収益事業会計の収支が赤字で、収益事業会計からの繰入れがあっても非収益事業会計は赤字であるもの
　また、非収益事業会計が黒字となっている１１０法人（図５のＡ）及び収益事業会計からの繰入れにより黒字となる２００法人（図５のＢ）について収益事業会計の収支をみたところ、それぞれ３１法人（２８．１％）及び５７法人（２８．５％）、計８８法人において、非収益事業会計への繰入れにより収益事業会計の収支が０又は赤字となっていた。
　そして、この８８法人においては、図６のとおり、収益事業会計からの繰入額７７億３５５５万円と収益事業会計から繰入れを受ける前の非収益事業会計の収支差額△７億１１３７万円を合わせた７０億２４１８万円が、非収益事業会計における繰越剰余金となっていた。

図６　８８法人における収支差額等の状況

（５）法人税が非課税となっている事業等に係る収入の状況及び資産規模の状況について

ア　法人税が非課税となっている事業等に係る収入の状況について

　収益事業会計と非収益事業会計の両会計の損益計算書等を提出している７００法人のうち４７１法人では、法人税が非課税となっている事業等に係る収入があり、その金額は、表９のとおり、８３８億３２４０万円となっていた。その内訳をみると、計上している収入区分に係る法人数が最も多いのは、受取利息・配当金（８７億１２３０万円）の４４３法人であり、金額が最も多いのは、有価証券売却収入６６５億６６１６万円（１０法人）となっていた。

　さらに、上記の有価証券売却収入を計上した１０法人のうち、総資産及び総負債の状況を確認することができる８法人についてみたところ、表１０のとおり、総資産の額は収益事業会計６３９６億７０１７万円に対し、非収益事業会計１０３１億８２４１万円となっていた。
　そして、１法人当たりの平均総資産額をみると、９２８億５６５７万円となっていた。また、総資産の額に占める有価証券等の金融資産の額は、収益事業会計３５万円（０．００００５％）に対し、非収益事業会計５７６億１８６４万円（５５．８％）となっていた。

イ　資産規模の状況について

　法人税の確定申告に当たり、収益事業会計及び非収益事業会計の両会計の貸借対照表等を提出していたのは、９９７法人のうち５３８法人となっており、その総資産及び総負債についてみたところ、表１１のとおり、総資産の額は、収益事業会計２兆６０２０億１４２６万円、非収益事業会計１９兆８６５１億１９５３万円となっていた。また、総負債の額は、収益事業会計２兆１６０２億６７２８万円、非収益事業会計１９兆０５０６億９９８８万円となっていた。
　そして、上記５３８法人の１法人当たりの平均総資産額は、社団法人９６２億８６７８万円、財団法人１２９億４８２７万円となっていた。

４　本院の所見

　公益法人が営む収益事業に対する法人税の課税状況についてみると、営んでいる収益事業の業種は、確認できた９７８法人において請負業、物品販売業及び不動産貸付業等となっており、半数の公益法人が２業種以上を営んでいた。法人の収入に占める収益事業の割合が１００％となっているものが２０法人見受けられた。みなし寄附金の規定を適用した４８７法人の中には、実質的な法人税負担割合が２２％よりも軽減されているものが４３４法人見受けられた。そして、その４８７法人における収支の状況をみると、１５３法人において収益事業会計の収支が０又は赤字となっており、８８法人において非収益事業会計に繰越剰余金が生じていた。また、非課税とされている事業等に係る収入は、４４３法人において受取利息・配当金が計上され、金額が最も多いのは有価証券売却収入となっていた。さらに、両会計の貸借対照表等を提出した５３８法人の１法人当たりの平均総資産額は、社団法人９６２億８６７８万円、財団法人１２９億４８２７万円となっていた。
　公益法人に関しては、従来からその在り方に対する批判や問題点の指摘が行われてきたが、１８年５月に公益法人制度改革関連３法が成立した。今回の公益法人制度改革は、民法に基づく公益法人制度に代えて新たな非営利法人制度を創設したものであり、今後は新たな制度への円滑な移行に向けて、必要な準備がなされ、みなし寄附金など現行の公益法人における税制上の措置の適用状況の把握に努めつつ、専門的な検討が進められることが重要である。