会計検査院は、前記の15部局において、以下の観点、着眼点及び方法により会計実地検査を行った。
すなわち、番組制作費等のうち不正経理や不適切な経理が行われていた出演・委嘱料、旅費・交通費等の経費や資産等の管理を対象として、合規性等の観点から、架空の取引先への不正な支払が生じていないか、架空出張等の不正な事態が生じていないかなどに着眼して、会計実地検査の時点で各部局に保存されていた放送料計算書、旅費請求書等の書類を調査・照合したり、協会の関係者から業務実態を聴取したりするなどの方法により検査を実施した。また、協会が実施した前記の各調査について、調査対象や調査方法は適切なものとなっているかなどに着眼して、業務調査報告書等の内容を調査するなどして検査を実施した。
そして、協会が不正抑止、再発防止を目的として実施した経理適正化策や内部監査体制の強化について、有効性の観点から、これらの経理適正化策や内部監査体制は十分機能してその実効性が確保されているかなどに着眼して、文芸委嘱等起用申請書、出張報告書等の書類を調査するなどして検査を実施した。
なお、以下の3の(1)から(8)でそれぞれ記述するとおり、前記の15部局ごとに検査の対象とした費目は異なっている。