（1）地域医療再生基金及び医療施設耐震化臨時特例基金を活用して実施する助成事業における消費税の取扱いを適切に行うことにより、両基金が効率的に活用されるよう改善させたもの

厚生労働省は、「平成21年度地域医療再生臨時特例交付金の交付について」（平成21年厚生労働省発医政第0605003号）等に基づき、都道府県が地域の医療課題の解決等に向けて策定する地域医療再生計画等に基づいて行う事業を支援するために、都道府県が設置する地域医療再生基金の造成に必要な経費として、地域医療再生臨時特例交付金を、平成21年度から24年度までの間に計5549億9792万余円交付している。

また、厚生労働省は、「平成21年度医療施設耐震化臨時特例交付金の交付について」（平成21年厚生労働省発医政第0605004号）等に基づき、災害拠点病院等の医療機関の耐震整備を行い、地震発生時において適切な医療提供体制の維持を図るために、都道府県が設置する医療施設耐震化臨時特例基金の造成に必要な経費として、医療施設耐震化臨時特例交付金を、21年度から24年度までの間に計1959億0750万余円交付している。

地域医療再生基金及び医療施設耐震化臨時特例基金（以下、これらを合わせて「両基金」という。）を活用して行う地域医療再生基金事業及び耐震化整備事業（以下、これらを合わせて「両助成事業」という。）の実施に当たっては、都道府県が、両助成事業における助成金の交付事務に係る手続等を定めた助成要綱を作成することとなっており、両助成事業の内容に合わせて要綱を複数定めるなどしている。

消費税法（昭和63年法律第108号）等に基づき、消費税（地方消費税を含む。以下同じ。）は、事業者が課税対象となる取引を行った場合に納税義務が生ずるが、生産及び流通の各段階の取引で重ねて課税されないように、確定申告において、課税売上げ（消費税の課税対象となる資産の譲渡等）に係る消費税額から課税仕入れ（消費税の課税対象となる資産の譲受け等）に係る消費税額を控除（以下「仕入税額控除」という。）する仕組みとなっている。

また、確定申告をする者は、原則として課税期間（注1）終了後2か月以内に確定申告書を提出することとなっている。

（注1）

課税期間　　納付する消費税額の計算の基礎となる期間をいい、原則として法人は事業年度、個人事業者は暦年である。

両助成事業の事業者が消費税の課税事業者であり、かつ、両助成事業の対象となる建物の取得、設備機器の購入等の設備投資等により得られる売上げが課税売上げとなるなどの場合には、その設備投資等は課税仕入れに該当する。そして、両助成事業の事業者が確定申告の際に課税仕入れに係る消費税額を仕入税額控除した場合には、当該事業者はこれらに係る消費税額を実質的に負担していないこととなる。

24都道府県の47両基金により603事業者が実施した1,058両助成事業（助成対象事業費計2315億0830万余円、助成金計479億6944万余円（うち両交付金計414億5010万余円））において、事業者は、消費税の課税事業者であり、両助成事業の対象となる設備投資等により得られる売上げが課税売上げとなることなどから、確定申告により課税売上高に対する消費税額から、上記の助成金に係る消費税額を仕入税額控除していた。

一方、上記の603事業者が実施した1,058両助成事業に係る助成要綱によれば、助成対象事業費に係る消費税額のうち仕入税額控除できる額が確定した場合、事業者は、速やかに都道府県知事等に対して報告書（以下、この報告書を「仕入税額控除報告書」という。）を提出するとともに、仕入税額控除報告書に基づいて都道府県知事等から返還命令を受けた場合、これを都道府県に返還しなければならないこととされている。

しかし、事業者において、仕入税額控除できる額が確定する確定申告書の提出日から、おおむね6か月以上経過しても仕入税額控除報告書を都道府県知事等に提出していなかったり、都道府県において、事業者の仕入税額控除報告書の提出から、おおむね6か月以上経過しても都道府県に報告額を返還させていなかったりしていて、1,058両助成事業において仕入税額控除した消費税額に係る助成金相当額計2億0676万余円（うち地域医療再生臨時特例交付金相当額5939万余円、医療施設耐震化臨時特例交付金相当額1億2895万余円、計1億8835万余円）が事業者に対して交付されたままとなっていた。

これを都道府県別及び基金別に示すと表1のとおりである。

表1　助成要綱に基づく事務処理を適時適切に行っていなかった事態の都道府県別及び基金別内訳

9都道府県（注3）の10両基金により139事業者が実施した226両助成事業（助成対象事業費計273億6484万余円、助成金計59億8147万余円（両交付金同額））において、事業者は、消費税の課税事業者であり、両助成事業の対象となる設備投資等により得られる売上げが課税売上げとなることなどから、確定申告により課税売上高に対する消費税額から、上記の助成金に係る消費税額を仕入税額控除していた。

（注3）

9都道府県　　東京都、北海道、京都府、神奈川、愛知、鳥取、愛媛、福岡、佐賀各県

しかし、上記の139事業者が実施した226両助成事業に係る助成要綱には、事業者が確定申告を行い、助成対象事業費に係る消費税額のうち仕入税額控除できる額が確定した場合、その額に係る助成金を返還することなどの規定が定められていなかった。このため、226両助成事業において仕入税額控除した消費税額に係る助成金相当額計1779万余円（地域医療再生臨時特例交付金相当額886万余円、医療施設耐震化臨時特例交付金相当額893万余円、計1779万余円）が事業者に対して交付されたままとなっていた。

これを都道府県別及び基金別に示すと表2のとおりである。

表2　助成要綱に消費税の取扱いを定めていなかった事態の都道府県別及び基金別内訳