平成25年度決算検査報告
農林水産省は、「中山間地域等直接支払交付金実施要領」（平成12年12構改B第38号農林水産事務次官依命通知。以下「実施要領」という。）等に基づき、耕作放棄地の増加等により多面的機能（注1）の低下が特に懸念されている中山間地域等において、担い手の育成等による農業生産の維持を通じて多面的機能を確保する観点から、平地地域と中山間地域等との農業生産条件の不利を補正するために、平成12年度から16年度までを第1期対策、17年度から21年度までを第2期対策、22年度から26年度までを第3期対策として、中山間地域等直接支払交付金事業を実施している。
本事業は、事業主体である市町村が農業者等の交付金の交付対象となる者に対して中山間地域等直接支払交付金（以下「交付金」という。）を交付するものであり、その負担割合は、原則として、国が2分の1、都道府県及び市町村がそれぞれ4分の1となっている。そして、第2期対策及び第3期対策のうち21年度から25年度までの間の交付金交付額は計2647億余円（国庫交付金計1283億余円）となっている。
実施要領等によれば、交付金の交付対象となる者は、対象農用地（注2）において、農業生産活動等（耕作や農用地、水路、農道等の適切な維持管理）や多面的機能を増進する活動として取り組むべき事項等について合意し市町村の認定を受けた集落協定に基づき、5年間以上継続して農業生産活動等を行う農業者等（以下「農業者等」という。）とされている。
上記の多面的機能を増進する活動については、農業者等の集団（以下「集落」という。）が、農用地と一体となった周辺林地の下草刈りなどの管理、景観作物の作付けなどの実施要領等に例示されている活動の中から、集落の実態に合った活動を一つ以上選択して集落協定に記載することとされている。
また、農業者等に対する毎年度の交付金の交付額は、集落協定に位置付けられている対象農用地（以下「協定農用地」という。）の田、畑等の地目及び傾斜等の区分ごとの面積にそれぞれ所定の単価を乗じた金額の合計額とされている。そして、市町村は、集落協定に定められた農業生産活動等や多面的機能を増進する活動の実施状況について、毎年度、9月末又は10月末までに現地見回りにより確認し、協定農用地確認野帳（以下「確認野帳」という。）にその適否を記入することとされており、これらの活動が行われなかった場合は、協定農用地の全てについての交付金を協定認定年度に遡って返還することとされている。
集落は、集落協定に規定した農業生産活動等や多面的機能を増進する活動等を共同で取り組むことにより実施する場合（以下、農業者等が共同で取り組むこととした活動を「共同取組活動」という。）、これに要する経費の支出等に充てる各年度の交付金の使途の内容を集落協定等に記載すること、また、交付金を毎年度計画的に積み立てたり、年度内に使用することができずに繰り越したりする（以下、これらの行為を「繰越しなど」という。）場合、集落協定等においてその目的、積立計画、使途計画等を明らかにすることとなっている。
農林水産省は、国民に対する交付金の使用・管理に係る一層の透明性の確保の必要性から、共同取組活動を実施するために集落が交付金で取得した財産（以下「共用財産」という。）の管理について、一般的な機械施設整備に係る補助金等により取得した資産の管理に準ずるような管理を行う必要があるとし、管理担当者を集落内で明確にするとともに、管理担当者が資産台帳、管理規程、管理日誌等の整備に努めることとしている。
（検査の観点、着眼点、対象及び方法）
農林水産省は、これまでに多額の国費を投じて中山間地域等直接支払交付金事業を実施しており、今後も引き続き同事業を実施していくこととしている。また、実施要領等によれば、同事業について広く国民の理解を得るために、その実施に当たっては、明確かつ合理的・客観的な基準の下に透明性を確保する必要があるとされている。
そこで、本院は、効率性、有効性等の観点から、集落において、集落協定に規定した活動が事業の目的に沿って適切に実施されているか、交付金の使用状況が事業の目的に沿った適切なものとなっているか、共用財産の管理は適切に行われているかなどに着眼して検査した。
検査に当たっては、交付金の交付に関する証拠書類の保管期間が5年間であることから、農林水産省が第2期対策及び第3期対策のうち21年度から25年度までの間に29道府県（注3）の624市町村（25年度末現在。以下同じ。）に所在する15,252集落における農業者等に対して交付した国庫交付金計760億7309万余円を対象として、道府県及び市町村において、集落協定等の関係書類や現地の状況を確認するなどの方法により会計実地検査を行った。
（検査の結果）
検査したところ、次のような事態が見受けられた。
多面的機能を増進する活動の実施状況に対して市町村が行った確認の方法についてみたところ、市町村の職員が、現地確認に当たり活動が実施された場所に赴いていなかったり、赴いた時期が実際の活動時期と異なり確認ができなかったりしたため、集落の代表者等からの聞き取りにより確認したとしている事態が多数見受けられるなどしていて、市町村の確認野帳には「適」と記入されているものの、これにより実際に活動が行われたかを客観的に判断できない状況となっていた。
そこで、直近の25年度における活動の実施状況を確認するために、活動記録、写真、活動の実施箇所を示した位置図等の書類の作成状況についてみたところ、26道府県の163市町村に所在する3,596集落においてこれらの書類が全く作成されておらず、活動の実施箇所や時期が特定できないため、事業主体である市町村において集落による活動が適切に実施されていたかを具体的、客観的に確認できない状況となっていた（22年度から25年度までの間に3,596集落における農業者等に交付された国庫交付金計107億3734万余円）。
第2期対策終了時に、29道府県の360市町村に所在する4,792集落は、水路等の改修や農業用機械の購入等の共同取組活動のために第2期対策分として交付された交付金計53億4341万余円を使用せず第3期対策に繰越しなどしていた。そこで、これらについて繰越しなどする場合、第2期対策の集落協定等においてその目的、積立計画、使途計画等が明らかにされているかについてみたところ、29道府県の320市町村に所在する4,264集落は、繰越しなどしていた交付金計44億7567万余円（国庫交付金相当額計21億6264万余円）について、実施要領等に繰越しなどする際の手続が具体的に定められていないことから、具体的な使途、金額、支出時期の予定、各年度の積立額等を記載しておらず、その目的、積立計画、使途計画等が明らかになっていなかった。
28道府県の277市町村に所在する1,155集落は、第3期対策においてコンバインやトラクター等の機械器具等の共用財産2,032点（取得価格計48億0204万余円、交付金支弁額計39億7135万余円）を取得していたが、このうち、21道府県の87市町村に所在する363集落は、取得した共用財産505点（取得価格計9億4919万余円、交付金支弁額計8億1740万余円、国庫交付金相当額計3億9396万余円）について、管理担当者を明確にしていたものの、資産台帳、管理規程、管理日誌等を全く整備していなかった。このため、共用財産の利用状況が明確となっておらず、集落が本事業以外の事業等により取得した財産との区分がされていない状況となっていて、その管理が十分とは認められない事態となっていた。
以上のように、多面的機能を増進する活動の実施状況を具体的、客観的に確認できない状況となっていたり、共同取組活動に係る交付金を繰越しなどする際にその目的、積立計画、使途計画等が明らかになっていなかったり、共用財産について資産台帳等を整備しておらずその管理が十分でなかったりしている事態は適切ではなく、改善の必要があると認められた。
（発生原因）
このような事態が生じていたのは、次のことなどによると認められた。
上記についての本院の指摘に基づき、農林水産省は、26年9月に各地方農政局等に対して通知を発するなどして、次のような処置を講じた。
ア 集落が集落協定に基づき多面的機能を増進する活動を適切に実施しているかについて、市町村が具体的、客観的に確認できるようにその方法を実施要領等に定め、周知した。
イ 集落が交付金を繰越しなどする際の手続及び集落が共用財産の適切な管理を行う方法について、実施要領等に具体的に定め、市町村が集落に対して指導を行えるように周知した。