独立行政法人水資源機構(以下「機構」という。)は、独立行政法人水資源機構法(平成14年法律第182号)等に基づき、新築又は改築から生じた施設等(以下「水資源開発施設等」という。)の保有及び管理を行っている。しかし、機構の業務の目的に沿った用途に供されておらず、使用承認等により機構以外の者が使用しているなどしていて今後使用する見込みがない土地、構築物等を水資源開発施設等として保有して管理していたり、水資源開発施設等のうちの管理用道路で公道と兼用のもの(以下「兼用道路」という。)について道路管理者との間の管理費用が応分の負担となっていなかったりしている事態が見受けられた。
したがって、機構において、水資源開発施設等の保有の必要性について検証を実施して、不要と認められる水資源開発施設等については、その使用実態等を踏まえて地方公共団体や使用承認により使用している者等への売却等の検討及び協議を行うとともに、水資源開発施設等の必要性について不断に見直しを行う体制を整備したり、兼用道路の橋りょう等の大規模な工事等を実施する場合の道路管理者との間の費用の標準的な負担方法等に係る協議方針を定めて、機構の関係部署への周知徹底を図るとともに、応分の負担を求められるよう道路管理者と協定の見直しの協議等を行ったりするよう、独立行政法人水資源機構理事長に対して平成24年10月に、会計検査院法第36条の規定により改善の処置を要求した。
本院は、機構本社において、その後の処置状況について会計実地検査を行った。
検査の結果、機構は、本院指摘の趣旨に沿い、次のような処置を講じていた。