（13）介護基盤緊急整備等臨時特例交付金により造成した基金を活用して実施した事業において、仕入税額控除した消費税に係る交付金相当額が基金に返還されていなかったもの［厚生労働本省］（283）（284）

介護基盤緊急整備等臨時特例交付金（以下「交付金」という。）は、「平成21年度介護基盤緊急整備等臨時特例交付金の交付について」（平成21年厚生労働省発老0701第19号）等に基づき、地域密着型サービスの拠点等の施設等を整備するために市町村（特別区を含む。以下同じ。）が策定する面的整備計画に基づく事業を支援することなどを目的として、都道府県に設置する介護基盤緊急整備等臨時特例基金（以下「基金」という。）の造成に必要な経費を国が交付するものである。

都道府県は、「平成21年度介護基盤緊急整備等臨時特例交付金の運営について」（平成21年老発0820第5号）等に基づき、管内の市町村が基金を活用して実施する事業（以下「特別対策事業」という。）に必要な経費を基金から取り崩し、市町村に交付することなどとなっており（以下、基金を取り崩して市町村に交付する資金を「県交付金」という。）、市町村は、県交付金を財源の全部又は一部として、民間事業者等に対して補助金（以下「市補助金」という。）を交付するなどしている（以下、市補助金の交付を受けた民間事業者等を「事業者」という。）。

なお、特別対策事業の実施期限は平成26年度末までとなっているが、27年12月末日までその期限を延長することができることとなっている。そして、特別対策事業を終了して基金を解散する場合には、解散するときに保有する残余額を国庫に返還しなければならないこととなっている。

消費税（地方消費税を含む。以下同じ。）は、消費税法（昭和63年法律第108号）等に基づき消費税の課税事業者が課税対象となる取引を行った場合に納税義務が生ずるが、生産及び流通の各段階の取引で重ねて課税されないように、確定申告において、課税売上げ（消費税の課税対象となる資産の譲渡等）に係る消費税額から課税仕入れ（消費税の課税対象となる資産の譲受け等）に係る消費税額を控除（以下「仕入税額控除」という。）する仕組みとなっている。

そして、消費税の課税事業者である事業者が、市補助金の交付を受けて事業を実施するに当たり、建物を取得するなどした場合であって、確定申告の際に当該建物の取得等の課税仕入れに係る消費税額を仕入税額控除した場合には、これらに係る消費税額を実質的に負担していないこととなる。

このため、事業者は、実績報告書の提出後に消費税の確定申告により仕入税額控除した消費税に係る市補助金相当額が確定したときには、市町村にその額を速やかに報告するとともに、当該金額を返還しなければならないこととなっている。また、市町村は、当該事業者から返還を受けたときには、当該金額に係る県交付金相当額を都道府県に返還しなければならないこととなっている。さらに、都道府県は、当該市町村から返還を受けたときには、当該金額を基金に積み立てることになっている。

本院が、山形、大分両県及びこれらの2県から県交付金の交付を受けた管内の12市において会計実地検査を行ったところ、鶴岡、大分両市において次のとおり適切とは認められない事態が見受けられた。

両市は、それぞれ市補助金を交付した2事業者が消費税の確定申告の際に特別対策事業に係る消費税額計8,877,636円を仕入税額控除しており、これに係る市補助金相当額が鶴岡市2,757,999円、大分市1,923,939円、計4,681,938円（県交付金相当額同額）と確定していたのに、事業者から当該金額の報告及び返還を受けていなかった。このため、両県は、それぞれ当該市補助金相当額に係る県交付金相当額山形県2,757,999円、大分県1,923,939円、計4,681,938円（交付金相当額同額）の返還を受けておらず、当該県交付金相当額を基金に積み立てていなかったもので、不当と認められる。

このような事態が生じていたのは、両市において、事業者に対して消費税の取扱いに関する指導等が十分でなく、仕入税額控除した消費税に係る市補助金相当額の有無等について確認していなかったこと、山形県及び大分県において、それぞれ鶴岡市、大分市に対して消費税の取扱いに関する指導等が十分でなく、当該市補助金相当額に係る県交付金相当額の有無等について確認していなかったことなどによると認められる。

上記の事態について、事例を示すと次のとおりである。

以上を事業主体別に示すと次のとおりである。