（3）子育て支援対策臨時特例交付金により造成した基金を活用して実施する賃貸物件による保育所整備事業における消費税の取扱いが適切に行われ、これにより同基金が効率的に活用されるよう是正改善の処置を求めたもの

貴省は、「平成20年度子育て支援対策臨時特例交付金（安心こども基金）の交付について」（平成21年厚生労働省発雇児第0305005号）等に基づき、保育所の整備等を実施することなどにより、子どもを安心して育てることができるような体制整備を行うことを目的として、都道府県に対して、平成20年度以降、子育て支援対策臨時特例交付金（以下「交付金」という。）を交付して基金を造成させている。そして、その交付額は、20年度958億6700万円、21年度1631億7500万円、22年度967億8700万円、23年度1276億9751万余円、24年度1675億0764万余円、計6510億3415万余円となっている。

都道府県に造成された基金を活用して行われる保育所の整備等の事業については、「平成20年度子育て支援対策臨時特例交付金（安心こども基金）の運営について」（平成21年雇児発第0305005号。以下「管理運営要領」という。）等に基づき、都道府県が、事業に必要な経費を必要に応じ基金から取り崩して市町村（特別区を含む。以下同じ。）に助成金として助成することとなっている。そして、都道府県は、市町村が行う当該助成金を活用した事業に係る助成金の助成申請及び助成決定の事務に係る手続等について助成要綱を定めることとなっている。また、市町村は、保育所の整備等を行う事業者に対して当該助成金を助成する場合に、管理運営要領に定められた助成に当たっての条件（以下「助成条件」という。）を付すこととなっている。

都道府県に造成された前記の基金を活用して行われる保育所の整備等の事業のうち、賃貸物件による保育所整備事業は、都市部を中心とした保育所の整備が困難な状況の地域において、同事業の実施主体である市町村が、保育所の設置主体となる事業者に対して、保育所の設置に当たって必要な建物の賃借料、借上時における改修費等の費用（以下「助成対象事業費」という。）の一部を助成するものである。そして、同事業における事業者は、市町村以外の者であって、継続的に保育を実施できる者とされているため、従来、保育所の設置等を行っている社会福祉法人等だけでなく、株式会社が事業者となることがある。

消費税法（昭和63年法律第108号）等に基づき、消費税（地方消費税を含む。以下同じ。）は、事業者が課税対象となる取引を行った場合に納税義務が生ずるが、生産及び流通の各段階の取引で重ねて課税されないように、事業者による確定申告において、課税売上げ（消費税の課税対象となる資産の譲渡等）に係る消費税額から課税仕入れ（消費税の課税対象となる資産の譲受け等）に係る消費税額を控除（以下「仕入税額控除」という。）する仕組みとなっている。

賃貸物件による保育所整備事業の事業者が消費税の課税事業者であり、かつ、同事業の対象となる建物の賃借、改修等により事業者が得る売上げが課税売上げとなるなどの場合、当該建物の賃借、改修等は課税仕入れに該当する。そして、事業者が確定申告の際に課税仕入れに係る消費税額を仕入税額控除した場合、事業者はこれらに係る消費税額を実質的に負担していないことになる。

このため、管理運営要領では、保育所の整備等を行う事業者に対し市町村が助成することにより実施する事業に対して都道府県が助成金を助成する場合、都道府県は、市町村に対して、助成要綱において、アの消費税の取扱いに関する条件（以下「消費税取扱条件」という。）を付し、イのとおり事業者が仕入税額控除した消費税額に係る助成金相当額を納付させることとなっている。

• ア　市町村において、事業者に対して、事業完了後に消費税の確定申告により仕入税額控除した消費税額に係る助成金相当額が確定した場合、事業者は速やかに市町村長に対して報告を行うこと、当該助成金相当額を市町村に納付することなどを、助成条件として付すこと
• イ　上記の助成条件により事業者から市町村に当該助成金相当額の納付があった場合には、都道府県は市町村に対してこれを納付させること

しかし、事業者が仕入税額控除した消費税額に係る助成金相当額が確定した場合に当該事業者が行う報告及び当該助成金相当額の納付に関する具体的な事務処理の手続については、都道府県及び市町村に対して示されていない。

東京都は、事業の実施に当たり、消費税取扱条件を助成要綱において管内の市町村に明示しておらず、事業の実施主体である管内の23市区も、事業者に助成するに当たり定めた要綱、要領等に消費税取扱条件を助成条件として明示していなかった。このため、上記205事業のうち23市区に係る126事業において仕入税額控除された消費税額に係る助成金相当額計3071万余円が、事業者に対して交付されたままとなっていた。

大阪府、神奈川県、愛知県及び兵庫県は、事業の実施に当たり、消費税取扱条件を助成要綱において管内の市町村に明示していたが、事業の実施主体である4府県管内の6市は、事業者に助成するに当たり定めた要綱、要領等に消費税取扱条件を助成条件として明示していなかった。このため、前記205事業のうち6市に係る79事業において仕入税額控除された消費税額に係る助成金相当額計3247万余円が、事業者に対して交付されたままとなっていた。