特別交付税の額の算定に当たり、他の算定事項で算定した経費を重複して含めていたこと、算定の対象とならない経費を含めていたこと、特定財源として国庫補助金を控除していなかったことなどにより、特別交付税が過大に交付されていたもの［総務本省］(28)―(31)

佐世保市は、令和元年度に、地方創生経費の算定資料の作成に当たり、市町村負担額を83,199,000円として、地方創生経費に係る算定額を含む特別交付税1,917,434,000円の交付を受けていた。

しかし、同市は、元年度の地方創生推進交付金事業として実施した公共施設整備事業が、地方創生経費の算定の対象とならない地方債を起こすことができる事業であったにもかかわらず、同事業に係る経費を誤って地方創生経費の算定の対象としていたため、地方創生経費に係る市町村負担額43,802,000円が過大となっていた。

したがって、適正な市町村負担額に基づいて特別交付税の額を算定すると、1,883,444,000円となることから、特別交付税33,990,000円が過大に交付されていた。

大分県は、平成30、令和元両年度に、移住定住経費及び地方創生経費の算定資料の作成に当たり、県負担額をそれぞれ平成30年度241,866,000円、400,302,000円、令和元年度404,733,000円、640,328,000円として、両経費に係る算定額を含む特別交付税、平成30年度3,002,984,000円、令和元年度3,504,751,000円、計6,507,735,000円の交付を受けていた。また、同県は、2、3両年度に、大学連携経費の算定資料の作成に当たり、県負担額をそれぞれ6,613,000円、4,447,000円として、大学連携経費に係る算定額を含む特別交付税、2年度3,539,452,000円、3年度3,589,538,000円、計7,128,990,000円の交付を受けていた（平成30年度から令和3年度までの特別交付税交付額計13,636,725,000円）。

しかし、平成30、令和元両年度の地方創生経費の算定資料の作成において、地方創生推進交付金事業として実施した事業に係る経費、平成30年度63,548,000円、令和元年度80,945,000円を移住定住経費に係る県負担額に含めているのに、これを地方創生経費に係る県負担額にも重複して含めており、地方創生経費に係る県負担額、平成30年度63,548,000円、令和元年度80,945,000円が過大となっていた。

また、同県は、2、3両年度の大学連携経費の算定資料の作成においても、地方創生推進交付金事業として実施した事業に係る経費、2年度6,613,000円、3年度4,447,000円を地方創生経費に係る県負担額に含めているのに、これを大学連携経費に係る県負担額にも重複して含めており、大学連携経費に係る県負担額、2年度6,613,000円、3年度4,447,000円が過大となっていた。

さらに、平成30、令和元両年度の移住定住経費の算定資料の作成において、算定対象とした事業に係る地方創生推進交付金の交付決定額を把握していたのに、それよりも金額の大きい予算額に基づく経費を計上したため、移住定住経費に係る県負担額が過大となっていた。

したがって、適正な県負担額に基づいて特別交付税の額を算定すると、平成30年度2,967,000,000円、令和元年度3,464,182,000円、2年度3,534,162,000円、3年度3,585,980,000円、計13,551,324,000円となり、特別交付税、平成30年度35,984,000円、令和元年度40,569,000円、2年度5,290,000円、3年度3,558,000円、計85,401,000円が過大に交付されていた。