独立行政法人中小企業基盤整備機構（以下「機構」という。）は、国から交付される交付金等を財源として、独立行政法人中小企業基盤整備機構法（平成14年法律第147号）に基づき、創業を行う者又は経営の革新を行う中小企業者等の事業等に要する経費について、直接又は間接に事業主体に対して補助金等を交付している。
本院は、合規性等の観点から、補助事業が適切に実施されているかなどに着眼して、334会社、29個人事業主及び3団体において、実績報告書、決算書等の書類によるなどして会計実地検査を行った。
その結果、21会社、3個人事業主、計24事業主体（うち1事業主体が補助事業者と間接補助事業者の両方に該当する。）が中小企業等事業再構築促進補助金及びものづくり・商業・サービス生産性向上促進補助金を受けて実施した事業において、補助金が過大に交付されているなどしていて、これらに係る機構の補助金381,995,762円が不当と認められる。
これを補助金別に掲げると次のとおりである。