決算額と日本銀行証明額とを対照した結果、歳入において次表のとおり不符合がある。
| 所管および会計名 | 歳入決算額 | 日本銀行証明額 | 決算額に対する日本銀行証明額の差増△減 | 事由 | 
| 円 | 円 | 円 | ||
| 文部省 国立学校 | 140,808,963,353 | 140,809,069,853 | 106,500 | 40年度歳入を39年度歳入として誤納したもの | 
| 農林省 国有林野事業 | 111,381,067,959 | 111,374,466,887 | △6,601,072 | 出納整理期限までに日本銀行に払込未済のもの | 
| △16,158,916円 | ||||
| 前年度において出納整理期限までに払込未済であったものを39年度において払い込んだもの | ||||
| 9,557,844円 | 
なお、郵政事業特別会計では、他の会計と異なり、その歳入歳出を日本銀行において歳入または歳出として取り扱わないものがあるため、決算額と日本銀行証明額とは符合していない。