昭和39年度の貸付計画は145億円で、これに対し貸付実行額は3,213件145億0395万円となっている。貸付実行額を資金使途別にみると新築資金649件48億1300万円、増改築資金781件76億7918万円、機械購入資金1,167件17億0901万円および長期運転資金616件3億0276万円となっており、また、これを施設別にみると病院945件110億8629万円、一般診療所1,939件30億7540万円、歯科診療所309件3億1624万円および共同利用施設等20件2602万円となっている。
39年度から新たに直接貸付を実施したが、その貸付実行額は病院の増改築資金11件7億7500万円および機械購入資金1件1000万円計12件7億8500万円である。
貸付実行額から回収額30億4619万余円を差し引いた年間純増加額は114億5775万余円であり、年度末貸付残高は394億0049万余円となっている。
39年度の貸付金の原資については、政府出資金29億円、資金運用部資金の借入金85億円および回収金等21億円を充当している。
39年度においては、貸付金利息21億9609万余円等の利益23億1237万余円、借入金利息13億9513万余円、業務委託費4億6406万余円、事務費1億7611万余円、滞貸償却引当金繰入2億7481万余円等の損失23億1237万余円で、利益損失同額となっており、利益金を生じなかったので国庫納付金はなかった。