昭和39事業年度においては、豊川事業区域にかかる事業において、前事業年度に引き続き幹線水路工事23億8863万余円、支線水路工事9億6053万余円、えん堤工事8億3754万余円、開墾工事4億1771万余円および補助ため池工事6351万余円を施行したほか、一般管理費4億8957万余円等を合わせ54億2741万余円を使用して総事業費335億5200万円の16%を実施し、40年3月末における事業進ちょく状況は総事業計画の55%となっており、このほか、水道事業者に対し、その専用施設新設に必要な資金として1億円を供給している。
また、木曾川事業区域にかかる事業においては、愛知、岐阜両県、水道事業者、電気事業者の負担金等および受益農家に対する賦課金等24億8916万余円を徴収決定し、17億1858万余円(うち既往事業年度分1億2246万余円)を収納し、資金運用部資金の借入金等に対する元利返済金28億9689万余円を支払ったほか、管理業務等に必要な経費として1億7340万余円を使用している。
39事業年度の所要資金89億1690万余円については、豊川事業区域にかかる事業のための資金運用部資金の借入金28億4700万円および同事業に対する国庫補助金30億8644万余円ならびに木曾川事業区域にかかる事業に対する国庫補助金28億9652万余円等を充当している。
39事業年度の損益は、建設負担金収入20億5915万余円、受取利息7億0180万余円、豊川用水部門繰延勘定への繰入7億5449万余円等の収益39億8814万余円、支払利息23億5438万余円、減価償却引当損8億8135万余円、一般管理費5億5980万余円等の費用38億4646万余円で、差引き当期純益金は1億4168万余円となっている。
受益農家に対する賦課金等は、39事業年度分として9億0615万余円を徴収決定したが、うち収納したのは1412万余円にすぎず、同事業年度末におけるその未収金総額は既往事業年度徴収決定分15億9156万余円を合わせ24億8359万余円となっている。