水資源開発公団の昭和39事業年度末資本金は7億円(全額政府出資)で、前事業年度末に比べて2億円増加している。
39事業年度においては、前事業年度に引き続き、利根川水系における矢木沢ダム、下久保ダム、利根導水路の各建設事業および群馬用水、印旛沼開発の各事業ならびに淀川水系における高山ダム建設事業、長柄可動堰改築事業を実施している。
しかして、その建設事業実施額は、ダム建設事業82億6871万余円、用水路等建設事業94億1770万余円、印旛沼開発事業27億6436万余円計204億5078万余円の計画に対し、ダム建設事業49億6133万余円、用水路等建設事業66億5947万余円、印旛沼開発事業17億7933万余円計134億0015万余円となっている。このように計画に比べて実施額が少なかったのは、高山ダム建設事業等で用地買収がはかどらなかったことなどによるものである。
また、上記事業のうち利根導水路建設事業については、荒川取水施設等の早期完成をはかり、39年8月から40年3月までの間に荒川および利根川から総量7363万余立米を取水して東京都の上水道用水に供給している。
39事業年度の所要資金156億8145万余円については、政府出資金2億円、資金運用部資金の借入金17億円、政府交付金22億7563万余円、国庫補助金2億9990万余円、債券発行による収入金24億9375万円、負担金収入42億5809万余円、受託業務収入23億4130万余円等を充当している。