日本鉄道建設公団の昭和39事業年度末資本金は256億5356万余円(政府出資15億円、日本国有鉄道出資241億5356万余円(現物出資171億9795万余円を含む。))で、前事業年度末に比べて71億5153万余円増加している。
39事業年度に実施した鉄道新線建設は、工事線では、前事業年度から継続の生橋線ほか19線および39事業年度に新規着手した久慈線ほか43線計64線、調査線では、前事業年度から継続の津軽海峡連絡調査ほか2線であり、その決算額は予算現額88億7066万余円に対し、76億8605万余円で、11億8460万余円を翌事業年度に繰り越している。同事業年度中に日本国有鉄道に譲渡しまたは貸し付けた鉄道施設は、能登線(譲渡)、根岸線(有償貸付)、生橋線、辺富内線、美幸線、白糠線(いずれも無償貸付)である。
39事業年度の所要資金111億9084万余円については、政府出資金10億円、日本国有鉄道出資金61億5153万余円、資金運用部資金の借入金15億円および業務収入12億1618万余円等を充当している。
39事業年度の損益は、鉄道譲渡収入12億4210万余円、鉄道貸付収入1億1618万余円等の収益14億0073万余円に対し鉄道建設原価12億4210万余円、事業資産減価償却費1億5015万余円等の費用14億0544万余円で、差引き471万余円の損失となっている。