日本原子力研究所の昭和40事業年度末資本金は462億9244万余円(うち政府出資445億7984万余円)で、前事業年度末に比べて65億0950万円増加している。
40事業年度において、原子炉等の建設については、新たに大洗地区において材料試験炉等の建設を行なっており、東海地区においては高速炉臨界実験装置特別研究棟の第1期工事が41年1月完成し、引続き第2期工事を施行中である。また、試験研究等については、研究炉等の運転および利用、動力炉の開発研究、各種の基礎研究等を行なっている。
これらの建設費および試験研究費等の決算額は、予算現額82億7848万余円に対し、原子炉等施設費13億9488万余円、研究施設等の建設、改修に要した施設費21億8898万余円、原子炉の運転、各種の試験研究等に要した経費32億1209万余円計67億9596万余円で、12億5218万余円を翌事業年度に繰り越し、2億3033万余円を不用額としている。
40事業年度の所要資金については、政府出資金64億6100万円、民間出資金及び寄付金1億0614万円等を充当している。
40事業年度の損益は、施設利用収入1431万余円、受取利息6597万余円等の利益2億0067万余円、試験研究費44億3047万余円等の損失54億1903万余円で、差引52億1835万余円の損失を生じ、これに前事業年度からの繰越欠損金168億0278万余円を合わせ220億2113万余円を繰越欠損金として翌事業年度に繰り越している。