この特別会計は、国が管掌する船員保険事業を経営するため及び船舶所有者からの児童手当拠出金に関する経理を行うため設置されているものである。
53年度の歳入歳出決算についてみると、歳入では、徴収決定済額1932億4751万余円、収納済歳入額1892億6152万余円、不納欠損額3億6917万余円、収納未済歳入額36億1681万余円、歳出では、支出済歳出額1622億1185万余円、翌年度繰越額1億5860万円、不用額345億9096万余円となっている。
不納欠損額の主なものは保険料収入(徴収決定済額1455億0711万余円)の3億2984万余円、収納未済歳入額の主なものは、保険料収入の31億9234万余円、雑収入(同14億8224万余円)の4億0840万余円であり、また、不用額の主なものは、保険給付費(歳出予算現額1673億5590万余円)の140億2005万余円、福祉施設費(同79億0254万余円)の16億9984万余円である。
前記の経理の基礎となった船員保険の被保険者は53年度末で21万余人となっており、また、前記の支出に係る業務実績の主なものは、医療の給付に係る516億1435万余円の支払、傷病手当金等の現金給付200億2968万余円、失業保険金等116億6857万余円及び老齢年金等700億2323万余円の支給である。
なお、53年度における損益についてみると、保険料等の利益1904億6444万余円、保険給付費等の損失1617億6311万余円で、287億0132万余円の利益を生じており、前年度からの繰越利益と合わせ4013億5429万余円が翌年度へ繰り越されている。また、53年度末における積立金の現在額は3515億3408万余円となっている。