この特別会計は、一般会計、特別会計等からの繰入資金による国債、借入金等の償還及び利子等の支払に関する経理を一般会計と区分して行うため設置されているものである。
56年度の歳入歳出決算についてみると、歳入では、徴収決定済額、収納済歳入額ともに24兆3086億0342万余円、歳出では、支出済歳出額20兆7942億6597万余円、翌年度繰越額3兆5082億8517万余円、不用額2777億5929万余円となっている。翌年度繰越額及び不用額はすべて国債整理基金支出(歳出予算現額24兆5803億1043万余円)の分である。
上記の支出によって、国債2兆2254億9728万余円、借入金9兆2486億9141万余円及び短期証券2兆2330億円が償還され、また、国債利子5兆4188億9538万余円、借入金利子7747億9332万余円及び短期証券割引料8457億7851万余円が支払われている。