この特別会計は、国が管掌する船員保険事業を経営するため及び船舶所有者からの児童手当拠出金に関する経理を行うため設置されているものである。
56年度の歳入歳出決算についてみると、歳入では、徴収決定済額2465億1821万余円、収納済歳入額2403億5654万余円、不納欠損額6億2558万余円、収納未済歳入額55億3608万余円、歳出では、支出済歳出額2223億9098万余円、不用額238億6665万余円となっている。
不納欠損額の主なものは、保険料収入(徴収決定済額1803億1480万余円)の4億0549万余円及び雑収入(同16億6754万余円)の2億1838万余円、収納未済歳入額の主なものは、保険料収入の49億6324万余円及び雑収入の5億5381万余円であり、また、不用額の主なものは、保険給付費(歳出予算現額2236億7261万余円)の138億6288万余円及び福祉施設費(同96億4151万余円)の10億7202万余円である。
前記の経理の基礎となった船員保険の被保険者は56年度末で19万余人となっており、また、前記の支出に係る業務実績の主なものは、医療の給付に係る597億7848万余円の支払、傷病手当金等の現金給付193億1716万余円、失業保険金等122億1138万余円及び老齢年金等1185億0269万余円の支給である。
なお、56年度における損益についてみると、保険料等の利益2410億3027万余円、保険給付費等の損失2212億9331万余円で、197億3696万余円の利益を生じており、前年度からの繰越利益と合わせ4639億5144万余円が翌年度へ繰り越されている。また、56年度末における積立金の現在額は4106億7885万余円となっている。