この特別会計は、国立学校の充実に資するとともに、その経理を一般会計と区分して行うため設置されているものである。
同特別会計の60年度の歳入歳出決算、借入金等及び主な業務実績は次のとおりである。
1 歳入歳出決算
| 区分 | 60年度 | (59年度) |
| (歳入) | ||
| 徴収決定済額 | 千円 1,688,663,741 |
千円 1,663,264,634 |
| 収納済歳入額 | 1,676,095,980 | 1,652,332,693 |
| 不納欠損額 | 12,327,078 | 10,715,477 |
| 収納未済歳入額 | 240,682 | 216,462 |
| (歳出) | ||
| 歳出予算現額 | 1,632,960,571 | 1,638,402,937 |
| 支出済歳出額 | 1,612,597,530 | 1,591,828,302 |
| 翌年度繰越額 | 7,051,004 | 14,220,779 |
| 不用額 | 13,312,036 | 32,353,855 |
不納欠損額の主なものは授業料及入学検定料(徴収決定済額1332億1019万余円)の123億2637万余円であり、また、不用額の主なものは、国立学校(歳出予算現額9335億8567万余円)の100億1361万余円及び大学附属病院(同3913億9415万余円)の17億5299万余円である。
2 借入金等
| 区分 | 60年度 | (59年度) |
| 借入金現在額 | 千円 393,617,500 |
千円 386,419,000 |
| (資金運用部資金) | ||
| 積立金現在額 | 11,415,095 | 13,715,095 |
3 主な業務実績
| 区分 | 60年度 | (59年度) |
| (国立大学等における教育、研究) | ||
| 国立大学 | 95校 | 95校 |
| 国立高等専門学校 | 54校 | 54校 |
| 国立大学共同利用機関 | 10箇所 | 9箇所 |
| (国立大学医学部等附属病院の運営) | ||
| 附属病院 | 67箇所 | 67箇所 |