会計検査院は、下記の特別会計の決算額を確認した。
| 所管及び会計名 | 歳入 | 歳出 |
| 円 | 円 | |
| 総理府、大蔵省及び通商産業省 | ||
| 電源開発促進対策 | ||
| 電源立地勘定 | 233,151,779,915 | 63,961,771,186 |
| 電源多様化勘定 | 227,792,232,725 | 170,135,979,686 |
| 総理府、大蔵省及び自治省 | ||
| 交付税及び譲与税配付金 | ||
| 交付税及び譲与税配付金勘定 | 18,501,717,864,186 | 17,912,910,451,999 |
| 交通安全対策特別交付金勘定 | 89,328,102,155 | 83,792,130,282 |
| 法務省 | ||
| 登記 | 110,532,942,618 | 98,001,117,601 |
| 大蔵省 | ||
| 造幣局 | 24,758,855,851 | 24,722,019,582 |
| 印刷局 | 79,877,750,586 | 69,937,553,796 |
| 資金運用部 | 13,321,247,486,889 | 13,313,146,716,140 |
| 国債整理基金 | 45,950,592,598,006 | 39,396,064,933,352 |
| 外国為替資金 | 1,160,603,009,208 | 461,092,359,279 |
| 産業投資 | ||
| 産業投資勘定 | 367,189,880,586 | 312,628,706,052 |
| 社会資本整備勘定 | 1,345,225,173,011 | 1,118,558,326,904 |
| 地震再保険 | 25,123,906,344 | 45,353,561 |
| 大蔵省、通商産業省及び労働省 | ||
| 石炭並びに石油及び石油代替エネルギー対策 | ||
| 石炭勘定 | 135,353,687,772 | 110,426,389,686 |
| 石油及び石油代替エネルギー勘定 | 542,041,866,676 | 313,430,203,420 |
| 大蔵省及び建設省 | ||
| 特定国有財産整備 | 214,279,874,185 | 97,520,871,627 |
| 文部省 | ||
| 国立学校 | 1,869,115,821,191 | 1,817,629,816,275 |
| 厚生省 | ||
| 厚生保険 | ||
| 健康勘定 | 5,848,049,494,297 | 5,798,896,610,400 |
| 年金勘定 | 18,209,098,827,000 | 12,560,743,049,283 |
| 児童手当勘定 | 152,188,744,080 | 122,769,694,866 |
| 業務勘定 | 423,384,547,203 | 417,717,216,261 |
| 船員保険 | 115,191,437,678 | 115,294,163,152 |
| 国立病院 | ||
| 病院勘定 | 421,945,883,428 | 414,722,290,107 |
| 療養所勘定 | 362,376,032,042 | 351,903,368,660 |
| 国民年金 | ||
| 基礎年金勘定 | 6,763,813,655,460 | 6,236,313,545,921 |
| 国民年金勘定 | 5,538,908,282,824 | 4,982,114,600,351 |
| 福祉年金勘定 | 558,253,772,498 | 461,062,984,800 |
| 業務勘定 | 1,368,609,918,318 | 1,367,337,194,484 |
| 農林水産省 | ||
| 食糧管理 | ||
| 国内米管理勘定 | 1,951,082,900,555 | 1,943,371,497,850 |
| 国内麦管理勘定 | 215,626,086,248 | 215,348,580,604 |
| 輸入食糧管理勘定 | 477,267,506,979 | 474,449,981,393 |
| 農産物等安定勘定 | 1,726,702,774 | 1,726,702,774 |
| 輸入飼料勘定 | 93,778,075,362 | 87,712,560,669 |
| 業務勘定 | 140,523,390,801 | 139,553,319,309 |
| 調整勘定 | 2,575,945,319,548 | 2,575,945,319,548 |
| 農業共済再保険 | ||
| 再保険金支払基金勘定 | 12,033,233,648 | 0 |
| 農業勘定 | 87,638,849,948 | 87,411,084,671 |
| 家畜勘定 | 42,524,552,505 | 28,288,504,903 |
| 果樹勘定 | 6,052,460,453 | 2,859,750,941 |
| 園芸施設勘定 | 2,667,456,005 | 1,856,651,837 |
| 業務勘定 | 1,146,121,063 | 1,146,120,894 |
| 森林保険 | 12,115,780,222 | 2,175,657,610 |
| 漁船再保険及漁業共済保険 | ||
| 漁船普通保険勘定 | 37,955,248,589 | 22,060,239,339 |
| 漁船特殊保険勘定 | 256,597,124 | 72,129,605 |
| 漁船乗組員給与保険勘定 | 50,518,551 | 467,998 |
| 漁業共済保険勘定 | 7,487,795,368 | 4,819,548,572 |
| 業務勘定 | 879,288,899 | 879,277,975 |
| 農業経営基盤強化措置 | 56,693,911,302 | 20,218,487,887 |
| 国有林野事業 | ||
| 国有林野事業勘定 | 569,941,104,649 | 563,326,132,640 |
| 治山勘定 | 172,624,895,479 | 172,530,204,447 |
| 国営土地改良事業 | 465,905,304,280 | 457,209,333,555 |
| 通商産業省 | ||
| アルコール専売事業 | 32,404,813,102 | 22,848,047,942 |
| 貿易保険 | 468,717,776,650 | 402,156,467,435 |
| 特許 | 67,002,431,226 | 59,281,374,498 |
| 運輸省 | ||
| 自動車損害賠償責任再保険 | ||
| 保険勘定 | 2,320,821,933,969 | 453,327,524,432 |
| 保障勘定 | 113,826,801,129 | 8,062,191,764 |
| 業務勘定 | 1,614,593,401 | 1,602,939,880 |
| 港湾整備 | ||
| 港湾整備勘定 | 377,015,040,653 | 371,659,031,273 |
| 特定港湾施設工事勘定 | 16,670,102,577 | 15,799,525,231 |
| 自動車検査登録 | 43,693,802,142 | 32,591,911,876 |
| 空港整備 | 358,565,753,026 | 275,826,320,202 |
| 郵政省 | ||
| 郵政事業 | 5,412,975,971,228 | 5,374,398,528,933 |
| 郵便貯金 | ||
| 一般勘定 | 8,558,518,141,041 | 7,673,354,139,609 |
| 金融自由化対策特別勘定 | 2,693,612,786,904 | 2,681,256,803,115 |
| 簡易生命保険及郵便年金 | ||
| 保険勘定 | 9,399,641,152,052 | 5,058,451,437,273 |
| 年金勘定 | 365,864,252,576 | 43,967,017,882 |
| 労働省 | ||
| 労働保険 | ||
| 労災勘定 | 1,858,452,185,858 | 1,021,500,920,163 |
| 雇用勘定 | 1,980,755,046,223 | 1,600,044,001,050 |
| 徴収勘定 | 2,879,825,432,762 | 2,857,032,936,391 |
| 建設省 | ||
| 道路整備 | 3,151,172,106,265 | 3,071,414,067,230 |
| 治水 | ||
| 治水勘定 | 1,148,248,994,232 | 1,124,695,324,963 |
| 特定多目的ダム建設工事勘定 | 266,492,078,932 | 253,319,079,248 |
| 都市開発資金融通 | 93,964,103,255 | 93,797,243,058 |
| 計 | 172,501,531,826,287 | 147,492,227,807,182 |