不動産の所有権の保存登記に課される登録免許税の額の算定において、算定の基礎となる新築建物等に係る不動産の価額が、各法務局等の長が管内の登記所に通知する認定基準表における認定基準単価の設定が適切でないことから、固定資産課税台帳に登録された類似する不動産の価格を基礎として適切に認定されているとはいえない事態が見受けられた。
したがって、法務省において、各法務局等に対して、認定基準表の改訂に当たり、登録免許税の額の算定を適切なものとするために、算定の基礎となる不動産の価額は登記の時の当該不動産の価額であることなどを十分に踏まえた上で、新築建物の再建築費評点数等を集計した都道府県概要調書等を用いるなどして適切な認定基準単価を算出するように指示するよう、法務大臣に対して平成21年10月に、会計検査院法第36条の規定により意見を表示した。
本院は、法務本省において、その後の処置状況について会計実地検査を行った。
検査の結果、法務省は、本院指摘の趣旨に沿い、適切な認定基準単価を算出するための方策について検討を行ってきたが、認定基準表は固定資産の評価替えに合わせて3年ごとに改訂する取扱いとしていることから、次回の改訂時期である24年4月までに、各法務局等に対して、都道府県概要調書等を用いるなどして適切な認定基準単価を算出するように指示できるよう、引き続き検討を行っていくこととしている。