林野庁においては、国有林野事業特別会計に属する国有財産について、各森林管理局長等がその管理等の事務を分掌している。しかし、各森林管理局管内の森林管理署等において、国が所有する建物は表示に関する登記の申請義務の適用が除外されているとして、借地に新築等した建物について、財産の保全のため第三者に対する対抗要件を備える必要があるかどうか十分検討することなく、登記所への登記の嘱託を行わないままとなっている事態が多数見受けられた。
したがって、林野庁において、借地に新築等した建物について、どのような場合に登記の嘱託を行わなければならないかを明確に定め、これを森林管理署等の長に周知するとともに、登記の嘱託を行うことが必要と判断された建物については登記の嘱託を行わせるなどの処置を講ずるよう、林野庁長官に対して平成21年10月に、会計検査院法第36条の規定により改善の処置を要求した。
本院は、林野庁において、その後の処置状況について会計実地検査を行った。
検査の結果、林野庁は、本院指摘の趣旨に沿い、21年12月に、林野庁長官通知を発して、国等以外の者からの借地に建物を新築等した場合は登記の嘱託を行うことを明確に定め、各森林管理局長等に周知するなどの処置を講じていた。
そして、借地上の既存の建物について登記の嘱託を行うことについては、政府において、国有林野事業特別会計の一般会計化等の検討が行われているところであり、国有林野事業の将来の組織構成が明らかになっていないことから、林野庁は、個々の組織の存続の方向を見極めながら、順次行っていくこととしている。