会計検査院は、下記の特別会計の決算額を確認した。
| 所管及び会計名 | 歳入 | 歳出 |
| 円 | 円 | |
| 総理府、大蔵省及び通商産業省 | ||
| 電源開発促進対策 | ||
| 電源立地勘定 | 332,321,054,738 | 123,283,666,495 |
| 電源多様化勘定 | 260,383,814,393 | 205,169,438,529 |
| 総理府、大蔵省及び自治省 | ||
| 交付税及び譲与税配付金 | ||
| 交付税及び譲与税配付金 | 18,699,809,006,538 | 18,258,703,145,200 |
| 交通安全対策特別交付金勘定 | 97,797,845,549 | 89,661,999,777 |
| 法務省 | ||
| 登記 | 139,951,937,481 | 133,850,030,499 |
| 大蔵省 | ||
| 造幣局 | 25,624,736,942 | 24,127,226,310 |
| 印刷局 | 101,387,511,698 | 88,682,131,317 |
| 資金運用部 | 17,081,975,952,140 | 17,011,261,380,738 |
| 国債整理基金 | 47,400,352,333,463 | 41,834,205,435,834 |
| 外国為替資金 | 971,944,380,877 | 537,238,356,048 |
| 産業投資 | ||
| 産業投資勘定 | 103,703,530,453 | 70,557,789,038 |
| 社会資本整備勘定 | 366,402,166,747 | 301,625,288,423 |
| 地震再保険 | 30,654,380,706 | 59,533,630 |
| 大蔵省、通商産業省及び労働省 | ||
| 石炭並びに石油及び石油代替エネルギー対策 | ||
| 石炭勘定 | 114,632,494,308 | 78,362,300,650 |
| 石油及び石油代替エネルギー勘定 | 686,823,039,480 | 456,601,583,642 |
| 大蔵省及び建設省 | ||
| 特定国有財産整備 | 359,497,378,561 | 297,738,358,676 |
| 文部省 | ||
| 国立学校 | 2,380,948,528,098 | 2,245,629,635,781 |
| 厚生省 | ||
| 厚生保険 | ||
| 健康勘定 | 7,579,201,352,185 | 7,551,147,479,345 |
| 年金勘定 | 31,661,907,420,517 | 24,544,664,855,441 |
| 制度間調整勘定 | 8,362,740,560,838 | 8,362,740,560,838 |
| 児童手当勘定 | 223,324,136,220 | 185,566,475,846 |
| 業務勘定 | 635,529,470,700 | 611,377,285,418 |
| 船員保険 | 115,630,345,173 | 103,597,775,828 |
| 国立病院 | ||
| 病院勘定 | 546,347,613,189 | 528,463,176,482 |
| 療養所勘定 | 433,755,984,449 | 424,549,246,977 |
| 国民年金 | ||
| 基礎年金勘定 | 9,497,338,940,539 | 8,626,711,702,156 |
| 国民年金勘定 | 6,456,652,179,634 | 5,456,229,100,892 |
| 福祉年金勘定 | 328,580,318,825 | 272,967,314,584 |
| 業務勘定 | 1,649,783,569,728 | 1,644,132,749,292 |
| 農林水産省 | ||
| 食糧管理 | ||
| 国内米管理勘定 | 901,935,657,053 | 887,647,771,408 |
| 国内麦管理勘定 | 128,995,352,734 | 128,346,484,044 |
| 輸入食糧管理勘定 | 279,176,898,311 | 278,440,461,530 |
| 農産物等安定勘定 | 0 | 0 |
| 輸入飼料勘定 | 92,259,708,073 | 91,701,652,019 |
| 業務勘定 | 143,173,407,672 | 141,194,319,846 |
| 調整勘定 | 842,557,550,733 | 842,557,550,733 |
| 農業共済再保険 | ||
| 再保険金支払基金勘定 | 10,079,197,883 | 0 |
| 農業勘定 | 49,784,797,361 | 28,421,665,248 |
| 家畜勘定 | 51,006,813,038 | 40,072,054,078 |
| 果樹勘定 | 4,585,574,191 | 2,536,174,340 |
| 園芸施設勘定 | 3,405,719,328 | 2,579,041,666 |
| 業務勘定 | 1,330,596,111 | 1,330,595,673 |
| 森林保険 | 12,963,765,643 | 3,531,848,089 |
| 漁船再保険及漁業共済保険 | ||
| 漁船普通保険勘定 | 39,334,221,876 | 22,493,999,841 |
| 漁船特殊保険勘定 | 234,360,700 | 30,057,521 |
| 漁船乗組員給与保険勘定 | 59,722,993 | 0 |
| 漁業共済保険勘定 | 8,120,814,824 | 7,057,711,716 |
| 業務勘定 | 1,014,665,624 | 1,014,634,492 |
| 農業経営基盤強化措置 | 53,676,671,607 | 18,313,587,389 |
| 国有林野事業 | ||
| 国有林野事業勘定 | 572,979,772,205 | 579,426,235,131 |
| 治山勘定 | 211,634,928,959 | 211,550,184,282 |
| 国営土地改良事業 | 518,485,856,738 | 502,636,959,251 |
| 通商産業省 | ||
| アルコール専売事業 | 42,419,347,130 | 29,047,855,626 |
| 貿易保険 | 865,564,416,246 | 826,216,306,272 |
| 特許 | 70,036,971,741 | 66,380,159,117 |
| 運輸省 | ||
| 自動車損害賠償責任再保険 | ||
| 保険勘定 | 3,291,055,406,240 | 512,321,209,189 |
| 保障勘定 | 134,338,657,157 | 7,663,182,738 |
| 業務勘定 | 2,366,784,372 | 2,289,001,195 |
| 港湾整備 | ||
| 港湾整備勘定 | 513,691,818,555 | 501,418,068,420 |
| 特定港湾施設工事勘定 | 18,342,193,758 | 17,914,113,620 |
| 自動車検査登録 | 48,120,377,759 | 40,236,092,572 |
| 空港整備 | 553,536,510,309 | 505,868,614,463 |
| 郵政省 | ||
| 郵政事業 | 6,228,711,108,662 | 6,229,103,343,174 |
| 郵便貯金 | ||
| 一般勘定 | 12,276,921,071,216 | 9,719,863,084,331 |
| 金融自由化対策特別勘定 | 6,374,915,444,160 | 6,367,275,653,414 |
| 簡易生命保険 | 15,267,003,093,880 | 7,553,327,170,569 |
| 労働省 | ||
| 労働保険 | ||
| 労災勘定 | 2,245,026,363,698 | 1,170,554,373,491 |
| 雇用勘定 | 2,459,449,876,085 | 1,795,483,412,726 |
| 徴収勘定 | 3,680,043,605,802 | 3,679,541,940,702 |
| 建設省 | ||
| 道路整備 | 4,205,561,382,105 | 4,046,263,548,385 |
| 治水 | ||
| 治水勘定 | 1,465,029,540,096 | 1,409,632,766,249 |
| 特定多目的ダム建設工事勘定 | 309,356,913,476 | 288,433,139,388 |
| 都市開発資金融通 | 169,728,247,250 | 169,597,692,820 |
| 計 | 220,793,017,167,523 | 188,798,218,740,444 |