平成１０年度決算検査報告
この研究所は、原子力の開発に関する研究等を総合的かつ効率的に行うとともに、併せて原子力船の開発のために必要な研究を行い、原子力の研究、開発及び利用の促進に寄与することを目的として設置されているものである。その資本金は１０事業年度末現在で１兆７１３３億７７２７万余円（うち国の出資１兆７０９８億６１６１万余円）となっている。
同研究所の１０事業年度の収入支出決算、損益及び主な業務実績は次のとおりである。
１ 収入支出決算
| 区分 | 10事業年度 | (9事業年度) |
| 千円 | 千円 | |
| (収入) | ||
| 収入決定済額 | 156,277,477 | 127,983,318 |
| (支出) | ||
| 支出予算現額 | 155,846,549 | 129,901,983 |
| 支出決定済額 | 135,262,380 | 124,405,881 |
| 翌事業年度繰越額 | 18,806,156 | 3,262,299 |
| 不用額 | 1,778,011 | 2,233,803 |
翌事業年度繰越額の主なものは、原子力試験研究費（支出予算現額７９２億８４５７万余円）の１４４億４１０３万余円、核融合研究費（同１８２億０３００万余円）の２１億０３２７万余円及び放射線利用研究費（同４９億７５７４万余円）の１９億３５０３万余円である。
２ 損益
| 区分 | 10事業年度 | (9事業年度) |
経常収益 (うち国庫補助金収入) |
千円 46,502,156 (35,243,961) |
千円 49,065,686 (35,139,695) |
| 経常費用 (うち試験研究費) |
139,312,742 (95,136,581) |
121,413,486 (76,115,236) |
| 特別利益 | 1,111 | − |
| 特別損失 | 833,639 | 719,711 |
| 当期損失金 | 93,643,114 | 73,067,511 |
| (損失金の処理) | ||
| 翌事業年度に繰越欠損金として整理 | 93,643,114 | 73,067,511 |
| (繰越欠損金 | 1,256,662,481 | 1,183,594,969) |
３ 主な業務実績
| 区分 | 10事業年度末 | (9事業年度末) |
安全性の研究 |
(研究者数) 198人 |
(研究者数) 201人 |
| 高温工学試験研究 | 65人 | 63人 |
| 核融合の研究開発 | 244人 | 246人 |
| 放射線利用研究 | 107人 | 101人 |