平成１０年度決算検査報告
この研究所は、科学技術に関する試験研究を総合的に行い、及びその成果を普及することを目的として設置されているものである。その資本金は１０事業年度末現在で３９７６億６５７０万余円（うち国の出資３６５０億１２３６万余円）となっている。
同研究所の１０事業年度の収入支出決算、損益及び主な業務実績は次のとおりである。
１ 収入支出決算
| 区分 | 10事業年度 | (9事業年度) |
| 千円 | 千円 | |
| (収入) | ||
| 収入決定済額 | 101,087,050 | 46,905,641 |
| (支出) | ||
| 支出予算現額 | 101,235,749 | 48,325,335 |
| 支出決定済額 | 68,199,821 | 44,936,766 |
| 翌事業年度繰越額 | 32,864,834 | 1,943,050 |
| 不用額 | 171,093 | 1,445,518 |
翌事業年度繰越額の主なものは、施設等建設整備費（支出予算現額３６７億００５０万余円）の１６８億５０５６万余円、研究事業費（同２０５億６３８２万余円）の４９億２１５０万余円及び播磨地区研究推進事業費（同１１５億９２４５万余円）の３６億９１３２万余円である。
２ 損益
| 区分 | 10事業年度 | (9事業年度) |
経常収益 (うち国庫補助金収入) |
千円 14,941,973 (10,312,492) |
千円 13,854,944 (9,559,123) |
| 経常費用 (うち研究費) |
47,635,449 (33,959,422) |
36,630,151 (23,621,789) |
| 特別損失 | 698,923 | 134,620 |
| 当期損失金 | 33,392,399 | 22,909,827 |
| (損失金の処理) | ||
| 翌事業年度に繰越欠損金として整理 | 33,392,399 | 22,909,827 |
| (繰越欠損金 | 172,448,421 | 149,538,594） |
３ 主な業務実績
基礎科学研究
原子力関係研究
ライフサイエンス研究推進事業
脳科学総合研究推進事業
なお、この研究所について検査した結果、「第３章 個別の検査結果」に「大型超精密加工装置の調達に当たり、設置場所の検討が十分でなかったため、搬入、据付け・調整等が完了していないのに契約代金の全額を支払うなどしていて適切を欠いているもの」（参照） を掲記した。