政府関係機関は、国が資本金の全額を出資している公法上の法人のうち、その予算の国会の議決に関して国の予算の議決の例によることとされ、また、決算を国の歳入歳出の決算とともに内閣が国会に提出しなければならないことされている法人である。
平成12年次に検査の対象となった政府関係機関14のうち5機関は11年度中に解散し、その権利、義務は同年度中に新たに設立されるなどした政府関係機関に承継された。これにより同年度末における政府関係機関は9機関となっており、その平成11年度決算についてみると、次のとおりである。