国の機関における会計監査は、会計経理と予算執行に対する内部統制の手段であり、国の会計経理、事務・事業の執行等を適切に評価し、また、不適切な事態の是正とその再発防止に努めることにより国の事業目的の達成に寄与することが要請されている。
会計監査機構は、前項までにみたように、その権限及び業務について一定の独立性を確保し、又は監査計画、監査マニュアル等の作成等による監査内容の標準化、監査結果の有効活用等により監査の実効性の向上を図り、もって会計監査が本来備えるべき機能を十分に発揮することができるよう会計監査の実施体制について一層の整備を図ることが望まれる。
国の機関の会計監査と本院の会計検査とは、その権限等に相違があるものの、国の会計経理と予算執行の適正化を図るという基本的な目的とこれを達成するための監査・検査の観点で共通している。この共通の目的の達成のため、本院としては、今後とも会計監査機構との連携を図りつつ、国の機関における有効な会計監査体制の整備とその運用の状況について、引き続き注視していくこととする。