平成１３年度決算検査報告
船員保険特別会計は、船員保険特別会計法（昭和２２年法律第２３６号）に基づき、国が経営する船員保険事業に関する経理を一般会計と区分して行うため設置されている。
船員保険事業は、船員法（昭和２２年法律第１００号）第１条に規定する船員として船舶所有者に使用される者等を被保険者とする総合保険であり、〔1〕疾病部門は健康保険又は労働者災害補償保険に、〔2〕失業部門は雇用保険に、〔3〕年金部門は労働者災害補償保険にそれぞれ相当する。
船員保険事業に要する費用は、被保険者から徴収する保険料を充てるほか、主に疾病部門及び失業部門の保険給付に要する費用の一部については国庫が負担しており、毎年度、一般会計から受け入れている。
なお、従前、船員保険事業において運営していた職務外の事故を原因とする障害年金等の支給が、昭和６１年度から厚生年金保険に統合されたことに伴い、これに関する経理は、厚生保険特別会計で行うこととなっている。
平成１３年度決算では、歳入８２５億円、歳出８５６億円で、３１億円の不足を生じている。このうち、船員保険法（昭和１４年法律第７３号）に基づいて計算される国庫負担金の金額を上回る超過受入額２億円を控除した不足金３４億円を、財政法第４４条の資金である積立金で補足している。
主な歳入は、保険料収入７０９億円、一般会計からの受入れ５６億円、財政融資資金預託金の運用収入３０億円である。
主な歳出は、保険給付費４２６億円、厚生保険特別会計年金勘定への繰入れ１４２億円、老人保健拠出金１３３億円である。
歳入歳出の近年の動きをみると、昭和６１年度に職務外年金部門が厚生年金保険に統合されたのに伴い、財政規模は大幅に縮小している。また、６２年度以降も、保険料収入、保険給付費ともおおむね漸減傾向が続いている。これは、年度末現在の被保険者が６２年度の１４６，Ｏ００人から平成１３年度の７１，０００人へと半減していることなどによる。
さらに、本会計の積立金は、昭和６１年度の職務外年金部門の統合に際して、３６１６億円を厚生保険特別会計年金勘定の積立金に移換した。このため、６１年度末の積立金３９４２億円は、翌年度には６６９億円に急減し、運用収入の水準も低下している。
国庫負担金の超過受入額控除後の剰余又は不足の状況をみると、平成２年度以降は剰余が続いていたため、１０年度末の積立金は１２２７億円に達していた。
しかし、その後、保険の各部門で収支不足を生じ、歳入歳出全体としても不足を生じる状況となっており、１３年度末の積立金は１１１７億円で、前記の国庫負担金超過受入額を含めた不足金３４億円を補足すると１０８３億円に減少している。
積立金は、本会計法第１６条の規定により、財政融資資金に預託して運用することができるとされており、また、本会計において支払う現金に不足がある場合には、一部が繰替使用されている。１３年度末では、積立金のうち９７２億円を財政融資資金に預託し、１４４億円を繰替使用している。
損益の状況をみると、単年度利益は６年度から減少傾向にある。１０年度からは損失を計上し、１２年度は固定資産の価格改定の影響もあり、損失幅は１４６億円に拡大したが、１３年度は２４億円に減少しでいる。
１３年度末の資産計は１６６９億円で、現金預金１０８６億円（構成比６５．１％）、土地、建物等の固定資産４５６億円（同２７．３％）となっている。
固定資産について、５年ごとの国有財産の価格改定の結果生じた評価差益又は差損の状況をみると、昭和５５年度３８億円、６０年度▲１３億円、平成２年度７８億円、７年度▲２３億円、１２年度▲１０２億円となっている。
一方、負債は繰越利益１６０５億円が９６％を占めている。
１３年度における一般会計からの受入額は５６億円で、歳入に占める割合は６％である。
一般会計から受け入れている国庫負担額のうち、疾病保険給付分は予算で定める定額補助である。失業保険給付分は、求職者等給付（再就職手当及び高齢求職者給付金を除く。）の４分の１、雇用継続給付の８分の１となっている。このほか、年金保険給付分のうち、昭和１９年から２２年までの間に戦争危険海域航行中等に発生した傷病等に起因する職務上の年金である戦争危険給付費については全額国庫負担とされ、業務取扱費にっいても予算の範囲内で国庫負担が行われている。
本会計は、被保険者等が年々減少する中で事業規模が縮小し、これに伴って平成１０年度以降、歳入歳出は全体として収入不足となっている。
現時点で、積立金の残高は年間の歳出を上回る水準となっているが、年金の将来支払を考慮すれば必ずしも十分な金額とはいえないため、引き続き本会計の財政状況に留意する要がある。