平成１３年度決算検査報告
この独立行政法人は、博物館を設置して、自然史に関する科学その他の自然科学及びその応用に関する調査及び研究並びにこれらに関する資料の収集、保管（育成を含む。）及び公衆への供覧等を行うことにより、自然科学及び社会教育の振興を図ることを目的として設置されているものである。その資本金は１３事業年度末現在で６５５億０３７６万余円（全額国の出資）となっている。
同法人の１３事業年度の貸借対照表、損益計算書及び主な業務実績は次のとおりである。
なお、同法人は、１３年４月１日、独立行政法人国立科学博物館法（平成１１年法律第１７２号）附則第５条の規定により国が有する権利及び義務のうち文部科学省の国立科学博物館に関する権利及び義務を承継して設立されたものである。
１ 貸借対照表
| 区分 | 13事業年度末 | |
| 千円 | ||
| 資産 | 68,511,892 | |
| （うち建物） | (10,093,857) | |
| （うち土地） | (53,789,298) | |
| 負債 | 1,238,796 | |
| （うち未払金） | (172,339) | |
| （うち資産見返負債） | (570,773) | |
| 資本 | 67,273,096 | |
| （うち資本金） | (65,503,767) | |
| （うち資本剰余金） | (1,764,606)（注） |
２ 損益計算書
| 区分 | 13事業年度 | |
| 千円 | ||
| 経常費用 | 3,190,164 | |
| （うち博物館業務費） | (2,402,407) | |
| 経常収益 | 3,194,886 | |
| （うち運営費交付金収益） | (2,682,890) | |
| （うち入場料収入） | (173,567) | |
| 経常利益 | 4,722 | |
| 当期総利益 | 4,722 | |
| （利益の処分） | ||
| 積立金 | 4,722 |
３ 主な業務実績
| 区分 | 13事業年度 | |
| 延べ入場者数 | 899,595人 |
なお、この法人について検査した結果、「第３章 個別の検査結果」に「独立行政法人の会計経理について、資産及び費用等の認識・計上処理を適切に行い、正確な財務諸表等の作成を期するよう是正改善の処置を要求したもの」 を掲記した。