肉骨粉適正処分緊急対策事業における焼却費に係る消費税等柏当額の取扱いに当たり、補助金の交付が適切かつ経済的なものとなるよう改善させたもの

（２）肉骨粉適正処分緊急対策事業における焼却費に係る消費税等柏当額の取扱いに当たり、補助金の交付が適切かつ経済的なものとなるよう改善させたもの

１　事業の概要

（肉骨粉適正処分緊急対策事業の概要）

　農畜産業振興事業団（以下「事業団」という。）では、平成１３年９月１０日に発生が確認された牛海綿状脳症（以下「ＢＳＥ」という。）の関連対策の一環として、畜産副産物需給安定体制整備事業助成実施要綱（平成１２年１２農畜団第２５０号。以下「実施要綱」という。）に基づき、社団法人日本畜産副産物協会（以下「協会」という。）が事業主体となって実施している肉骨粉適正処分緊急対策事業（以下「処分事業」という。）に対して補助金を交付している。
　この事業は、ＢＳＥ発生の事態を受けて、肉骨粉等（注） については１３年１０月４日以降、牛への誤用・流用を防止するため、飼料用・肥料用としての利用を停止されたことから、取引が困難となった肉骨粉等の適正な処分を推進することにより、円滑な畜産副産物の処理の継続を通じ、と畜場機能の維持及び肉畜出荷の安定化を図ることを目的として、１３年１０月に実施要綱を一部改正し追加されたものである。
　そして、この事業では、協会の会員で、継続的に肉骨粉等を製造している者のうち、化製場等に関する法律（昭和２３年法律第１４０号）に基づく化製場設置の許可を受けていることなどの要件を満たす者（以下「肉骨粉等製造事業者」という。）が畜産副産物のレンダリング処理（注） 及び肉骨粉等の焼却処分を行うのに必要な経費を助成しており、協会では、１３、１４両年度に、９３の肉骨粉等製造事業者に対して計２８６億８０３５万余円の助成金を交付し、事業団から同額の補助金の交付を受けている。

（処分事業における消費税等の取扱い）

　消費税法（昭和６３年法律第１０８号）の定めるところにより、消費税の課税事業者は、課税期間（納付する消費税額の計算の基礎となる期間で、個人事業者は暦年、法人は事業年度）における課税売上高に対する消費税額から課税仕入れに係る消費税額を控除した額を消費税として納付することとなっている。このうち控除することができる課税仕入れに係る消費税額（以下「消費税仕入控除税額」という。）は、課税期間における課税売上高を総売上高で除した課税売上割合が１００分の９５以上のときは課税仕入れに係る消費税額の全額、１００分の９５未満のときは課税売上高に対応する部分の金額となっている。この課税仕入れの控除を行うには、みなし仕入率により計算する簡易課税制度の適用を選択した事業者以外は、帳簿への課税仕入れとしての記載とその保存等が要件となっている。
　上記のことから、処分事業における消費税及び地方消費税（以下「消費税等」という。）の取扱いについては、実施要綱等により、次のように取り扱うこととされている。
　すなわち、肉骨粉等製造事業者は、レンダリング処理及び焼却処分の実績報告書を協会に提出するに当たり、助成金に係る消費税仕入控除税額が明らかな場合には、その金額と当該金額に地方消費税率を乗じて得た額との合計額（以下「消費税等相当額」という。）を経費の実績額から減額して報告すること、また、上記の消費税仕入控除税額が実績報告書の提出後に消費税等の確定申告により確定した場合には、それに係る消費税等相当額を速やかに協会に報告するとともに、当該金額を返還し、協会はこれと同額を事業団に返還しなければならないことなどとされている。

（助成金の支払方式）

　協会では、肉骨粉等製造事業者から、一定期間ごとに助成対象となる経費について消費税等相当額を減額させた実績額を徴し、その都度助成金を支払うこととしている。
　ただし、焼却処分を行うのに必要な経費のうち焼却費については、肉骨粉等製造事業者が肉骨粉等を焼却場に持ち込んだ際に焼却事業者がその都度支払を求める場合を除き、協会から焼却費に消費税等を含めて焼却事業者に支払うこととしていて、協会では、その支払をもって肉骨粉等製造事業者への助成金の交付としている。
　こうした焼却費の取扱いは、処分事業の発足当時、焼却事業者から迅速な支払を求められたことなどから採られたもので、次の定めにより行われているものである。すなわち、協会が事業団の承認を受けて定めた畜産副産物需給安定体制整備事業（肉骨粉適正処分事業）助成実施要領（以下「助成実施要領」という。）において、肉骨粉等製造事業者は同要領に定める焼却委託契約書（様式）により焼却事業者と焼却委託契約を締結すること、そして、上記焼却委託契約書（様式）において、焼却費は焼却事業者が肉骨粉等製造事業者に請求し、肉骨粉等製造事業者はこれを協会に通知し、協会から焼却事業者の口座に振込みを行うことと規定されている。

２　検査の結果

（検査の着眼点）

　肉骨粉等の焼却費に係る助成金については、上記のように、一部を除き、肉骨粉等製造事業者に支払われず、協会から焼却事業者に支払う焼却費に充当されている。そして、その消費税等を含む焼却費の支払額が肉骨粉等製造事業者に対する助成金交付額となる。
　そこで、協会及び肉骨粉等製造事業者において、焼却費に係る消費税等の取扱いが適切に行われているかなどに着眼して検査した。

（検査の結果）

　１３、１４両年度に助成金の交付を受けた９３事業者のうち両年度に肉骨粉等の焼却費に係る助成金の交付を受けていたのは８８事業者（これらの焼却費計１０１億２２５２万余円、うち消費税等相当額４億８２０２万余円）であり、このうち免税事業者及び簡易課税制度の適用を選択した事業者等を除く、いずれも課税売上割合が１００分の９５以上の７０事業者について検査したところ、次のような事態が見受けられた。
（ア）７０事業者のうち、肉骨粉等を焼却場に持ち込んだ際に焼却費のすべてを自ら支払った１事業者を除く６９事業者では、協会から焼却事業者に支払われる焼却費について、これを自らの費用として認識しておらず、課税仕入れとして帳簿に記載していなかった。また、上記６９事業者の中には、肉骨粉等を焼却場に持ち込んだ際に焼却費を自ら支払った事業者もいるが、そのうち１４事業者では、自ら支払った焼却費を協会が支払うべき焼却費の立替金、仮払金などと認識していて、課税仕入れとして帳簿に記載していなかった。そして、これらは消費税等の確定申告においても、焼却費に係る消費税相当額を消費税仕入控除税額に含めていなかった。
　このため、これらの消費税等相当額４億３８７５万余円（事業団の補助金相当額同額）については、実績報告書の焼却費の実績額から減額できず、また、返還の手続もできず、助成金に含めて交付されたままになっていた。
（イ）７０事業者のうち前記焼却費のすべてが自己支払であった１事業者と、６９事業者のうちの２事業者では、焼却事業者に焼却費を自ら支払ったとき、これを自らの費用として認識し、課税仕入れとして帳簿に記載していたが、実績報告書の提出に当たって、その消費税等相当額１８１万余円（事業団の補助金相当額同額）を減額しておらず、消費税等の確定申告において、その消費税を消費税仕入控除税額に含めて申告しているのに、消費税等相当額を協会に報告せず、返還していなかった。
　したがって、焼却費に係る消費税等相当額の取扱いに当たり、補助金の交付が適切かつ経済的なものとなるよう、所要の処置を講じる要があると認められた。

（発生原因）

　このような事態が生じていたのは、肉骨粉等製造事業者において処分事業における消費税等の取扱い等に対する認識が十分でなかったことにもよるが、次のことなどによると認められた。

ア　協会において

（ア）肉骨粉等製造事業者に対して、焼却費は同事業者の費用であること、したがって、消費税等の確定申告に際して焼却費に係る消費税相当額を控除できるように、焼却費を課税仕入れとして帳簿に記載することなどを指導していなかったこと
（イ）肉骨粉等製造事業者からの実績報告書に記載された焼却費に係る消費税等の取扱いについて、審査確認を十分に行わなかったこと

イ　事業団において

（ア）助成実施要領の承認に当たり、協会が焼却費を支払う方式では、肉骨粉等製造事業者が、費用の発生等を認識せず、課税仕入れとして帳簿に記載しないこと、その場合、助成金や補助金が過大に交付される結果になることが想定できたのに、それに対する検討を十分に行っていなかったこと
（イ）協会に対する消費税等の取扱いについての指導が十分でなかったこと

３　当局が講じた改善の処置

　上記についての本院の指摘に基づき、事業団では、１５年６月、協会に対し、助成実施要領における焼却委託契約書（様式）を改正させ、肉骨粉等製造事業者が焼却費を焼却事業者に支払うようにさせるとともに、処分事業における消費税等相当額の取扱いが適切に行われるよう、肉骨粉等製造事業者に周知徹底を図ることなどを指導する処置を講じた。
　なお、焼却費に係る消費税相当額を消費税仕入控除税額に含めて確定申告を行っていた３事業者については、１５年１０月までに、その消費税等相当額１８１万余円を返還させた。